+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6b7l | ||||||
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Title | Aeromonas veronii immune modulator A | ||||||
Components | immune modulator A | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Calycin / Lipocalin-like / anti-inflammatory / AimA | ||||||
Function / homology | FORMIC ACID / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Aeromonas veronii Hm21 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Sweeney, E.S. / Remington, S.J. / Perkins, A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2018 Title: A bacterial immunomodulatory protein with lipocalin-like domains facilitates host-bacteria mutualism in larval zebrafish. Authors: Rolig, A.S. / Sweeney, E.G. / Kaye, L.E. / DeSantis, M.D. / Perkins, A. / Banse, A.V. / Hamilton, M.K. / Guillemin, K. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6b7l.cif.gz | 125.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6b7l.ent.gz | 103.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6b7l.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6b7l_validation.pdf.gz | 435.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6b7l_full_validation.pdf.gz | 439.1 KB | Display | |
Data in XML | 6b7l_validation.xml.gz | 13.5 KB | Display | |
Data in CIF | 6b7l_validation.cif.gz | 17.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/6b7l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/6b7l | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32443.416 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Aeromonas veronii Hm21 (bacteria) / Gene: M001_14185 / Plasmid: pET21b / Production host: Escherichia coli BL21 (bacteria) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: A0A0E2LFP6 |
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#2: Chemical | ChemComp-CL / |
#3: Chemical | ChemComp-FMT / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.76 Å3/Da / Density % sol: 67.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 3.5 M sodium formate 15% PEG 200 75 mM NaCl, 25 mM HEPES pH 7.9, 2.5 mM BME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 16, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→48.246 Å / Num. obs: 22818 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 70.2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 16.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.3 Å / Redundancy: 71.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3244 / CC1/2: 0.9 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.3→41.142 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: NONE / σ(F): 0.66 / Phase error: 24.55 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→41.142 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 16.6611 Å / Origin y: 116.8554 Å / Origin z: 87.0166 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |