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- PDB-6b7g: Solution NMR structure of BCoR in complex with AF9 (BCoR-AF9) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b7g
タイトルSolution NMR structure of BCoR in complex with AF9 (BCoR-AF9)
要素
  • BCL-6 corepressor
  • Protein AF-9
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of tooth mineralization / BCOR complex / specification of axis polarity / modification-dependent protein binding / regulation of stem cell division / segment specification / blastocyst hatching / regulation of chromatin organization / negative regulation of bone mineralization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway ...negative regulation of tooth mineralization / BCOR complex / specification of axis polarity / modification-dependent protein binding / regulation of stem cell division / segment specification / blastocyst hatching / regulation of chromatin organization / negative regulation of bone mineralization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / 歯の発生 / anterior/posterior pattern specification / roof of mouth development / hematopoietic stem cell differentiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / heat shock protein binding / transcription elongation factor complex / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / lysine-acetylated histone binding / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / histone deacetylase binding / transcription corepressor activity / 染色体 / heart development / 遺伝子発現 / histone binding / DNA-binding transcription factor binding / molecular adaptor activity / transcription cis-regulatory region binding / クロマチンリモデリング / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular exosome / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
BCL-6 corepressor, non-ankyrin-repeat domain / BCL-6 co-repressor, non-ankyrin-repeat region / BCL-6 corepressor, PCGF1 binding domain / PCGF Ub-like fold discriminator superfamily / : / BCORL-PCGF1-binding domain / AF-9, ANC1 homology domain / ANC1 homology domain (AHD) / ウィリアム・バトラー・イェイツ / YEATS superfamily ...BCL-6 corepressor, non-ankyrin-repeat domain / BCL-6 co-repressor, non-ankyrin-repeat region / BCL-6 corepressor, PCGF1 binding domain / PCGF Ub-like fold discriminator superfamily / : / BCORL-PCGF1-binding domain / AF-9, ANC1 homology domain / ANC1 homology domain (AHD) / ウィリアム・バトラー・イェイツ / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein AF-9 / BCL-6 corepressor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Schmidt, C.R. / Kuntimaddi, A. / Leach, B.I. / Bushweller, J.H.
引用ジャーナル: Blood Cancer Discov / 年: 2020
タイトル: BCOR Binding to MLL-AF9 Is Essential for Leukemia via Altered EYA1, SIX, and MYC Activity.
著者: Schmidt, C.R. / Achille, N.J. / Kuntimaddi, A. / Boulton, A.M. / Leach, B.I. / Zhang, S. / Zeleznik-Le, N.J. / Bushweller, J.H.
履歴
登録2017年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.formula_weight / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein AF-9
B: BCL-6 corepressor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9922
ポリマ－11,9922
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1440 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8700 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein AF-9 / ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated ...ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated to chromosome 3 protein / YEATS domain-containing protein 3


分子量: 8278.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT3, AF9, YEATS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42568
#2: タンパク質・ペプチド BCL-6 corepressor / / BCoR


分子量: 3713.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCOR, KIAA1575 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6W2J9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HNHA
151isotropic13D HN(CA)CB
1111isotropic13D CBCA(CO)NH
1101isotropic23D (H)CCH-TOCSY
191isotropic33D C(CO)NH
181isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
171isotropic33D 1H-13C NOESY aromatic
161isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 750 uM [U-13C; U-15N] BCoR, 750 uM [U-13C; U-15N] AF9, 9.3 mM Bis-Tris, 15.8 mM MES, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 5 % [U-99% 2H] D2O, 95 % H2O, 95% H2O/5% D2O
Label: BCoR-AF9 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
750 uMBCoR[U-13C; U-15N]1
750 uMAF9[U-13C; U-15N]1
9.3 mMBis-Trisnatural abundance1
15.8 mMMESnatural abundance1
100 mMNaClnatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
5 %D2O[U-99% 2H]1
95 %H2Onatural abundance1
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: BCoR-AF9 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
AnalysisCCPNpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
VNMRVariancollection
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
PyMOLSchroedingerデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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