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- PDB-2n4q: Solution NMR structure of CBX8 in complex with AF9 (CBX8-AF9) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n4q
タイトルSolution NMR structure of CBX8 in complex with AF9 (CBX8-AF9)
要素
  • Chromobox protein homolog 8
  • Protein AF-9
キーワードTRANSCRIPTION / AF9 / MLLT3 / CBX8 / hPC3 / H3K27me3 / DOT1L / AF4 / Mixed Lineage Leukemia / MLL-AF9 / MLL / Intrinsically Disordered Protein / IDP / PRC1 / Polycomb / Polycomb Group Proteins / chromobox homolog 8 / Leukemia
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K9ac reader activity / modification-dependent protein binding / histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / regulation of stem cell division / PRC1 complex / segment specification / ubiquitin-protein transferase activator activity / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway ...histone H3K9ac reader activity / modification-dependent protein binding / histone H3K18ac reader activity / histone H3K27ac reader activity / regulation of stem cell division / PRC1 complex / segment specification / ubiquitin-protein transferase activator activity / regulation of chromatin organization / positive regulation of Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / PcG protein complex / SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of RNA binding proteins / anterior/posterior pattern specification / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of collagen biosynthetic process / hematopoietic stem cell differentiation / : / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / heterochromatin / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / : / SUMOylation of transcription cofactors / SUMOylation of chromatin organization proteins / positive regulation of DNA repair / transcription elongation factor complex / Regulation of PTEN gene transcription / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cellular response to hydrogen peroxide / chromosome / chromatin organization / Oxidative Stress Induced Senescence / molecular adaptor activity / histone binding / gene expression / single-stranded RNA binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / CBX family C-terminal motif / CBX family C-terminal motif / AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. ...: / CBX family C-terminal motif / CBX family C-terminal motif / AF-9, ANC1 homology domain / : / ANC1 homology domain (AHD) / : / YEATS superfamily / YEATS family / YEATS domain profile. / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein AF-9 / Chromobox protein homolog 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Kuntimaddi, A. / Leach, B.I. / Bushweller, J.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of CBX8 in complex with AF9 (CBX8-AF9)
著者: Kuntimaddi, A. / Leach, B.I. / Bushweller, J.H.
履歴
登録2015年6月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromobox protein homolog 8
B: Protein AF-9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8562
ポリマ－10,8562
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1156 Å2
ΔGint-10.8 kcal/mol
Surface area7746.6 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Chromobox protein homolog 8 / Polycomb 3 homolog / Pc3 / hPc3 / Rectachrome 1


分子量: 2577.911 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 327-349 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX8, PC3, RC1 / プラスミド: PETDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2 DE3 / 参照: UniProt: Q9HC52
#2: タンパク質 Protein AF-9 / ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated ...ALL1-fused gene from chromosome 9 protein / Myeloid/lymphoid or mixed-lineage leukemia translocated to chromosome 3 protein / YEATS domain-containing protein 3


分子量: 8278.414 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 500-568 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLLT3, AF9, YEATS3 / プラスミド: PETDUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2 DE3 / 参照: UniProt: P42568

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CA)CB
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D 1H-13C NOESY aliphatic
1913D 1H-13C NOESY aromatic
11013D H(CCO)NH

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試料調製

詳細内容: 750 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Chromobox protein homolog 8, 750 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein AF, 9.5 mM BIS-TRIS, 15.8 mM MES, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
750 uMChromobox protein homolog 8-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
750 uMProtein AF-9-2[U-100% 13C; U-100% 15N]1
9.5 mMBIS-TRIS-31
15.8 mMMES-41
100 mMsodium chloride-51
1 mMDTT-61
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLOR NIH精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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