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万見
- PDB-6b76: Crystal Structure of human NAMPT in complex with NVP-LVR596 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b76
タイトルCrystal Structure of human NAMPT in complex with NVP-LVR596
要素Nicotinamide phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Nicotinamide salvaging / NAD biosynthetic process / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression ...nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAD biosynthesis via nicotinamide riboside salvage pathway / Nicotinamide salvaging / NAD biosynthetic process / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell junction / cell-cell signaling / nuclear speck / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide phosphoribosyl transferase / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CVJ / PHOSPHATE ION / Nicotinamide phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Weihofen, W.A. / Thigale, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Identification and structure based design of cellularly active cyclo-propyl carboxamide Nicotinamide phosphoribosyltransferase (NAMPT) inhibitors
著者: Palacios, D. / Meredith, E. / Kawanami, T. / Adams, C. / Chen, X. / Darsigny, V. / Geno, E. / Palermo, M. / Guy, C. / Hewett, J. / Tierney, L. / THigale, S. / Weihofen, W.A. / Agrikar, U. / ...著者: Palacios, D. / Meredith, E. / Kawanami, T. / Adams, C. / Chen, X. / Darsigny, V. / Geno, E. / Palermo, M. / Guy, C. / Hewett, J. / Tierney, L. / THigale, S. / Weihofen, W.A. / Agrikar, U. / Boynton, G. / George, E. / Wang, L.
履歴
登録2017年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
C: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
D: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,16419
ポリマ－227,7704
非ポリマー2,39415
水15,745874
1
A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,12910
ポリマ－113,8852
非ポリマー1,2458
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10350 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area32370 Å2
手法PISA
2
C: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
D: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,0349
ポリマ－113,8852
非ポリマー1,1507
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10050 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area32600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.870, 96.830, 248.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nampt / Pre-B-cell colony-enhancing factor 1 / Pre-B cell-enhancing factor / Visfatin


分子量: 56942.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAMPT, PBEF, PBEF1 / プラスミド: pET41 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P43490, nicotinamide phosphoribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-CVJ / (1S,2S)-N-{4-[(1S)-1-(propanoylamino)ethyl]phenyl}-2-(pyridin-3-yl)cyclopropane-1-carboxamide


分子量: 337.416 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 874 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 25 % (w/v) PEG 3350, 200 mM NaCl, 100 mM Tris/HCl pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→248.3 Å / Num. obs: 81287 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 61.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 2.44→2.57 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.582 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 11185 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER2.11.4精密化
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6atb

6atb


解像度: 2.44→124.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9363 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9175 / SU R Cruickshank DPI: 0.424 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.457 / SU Rfree Blow DPI: 0.252 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.252
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2327 4070 5.01 %RANDOM
Rwork0.1787 ---
obs0.1814 81198 99.68 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3529 Å20 Å20 Å2
2---15.3302 Å20 Å2
3---11.9774 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.284 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→124.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15028 0 1031 876 16935
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0115532HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1521048HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5366SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes395HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2190HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15532HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.47
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1979SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact18770SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.44→2.5 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3015 331 5.82 %
Rwork0.2237 5359 -
all0.228 5690 -
obs--99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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