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万見
- PDB-6b6j: Structure of profilin Art v4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b6j
タイトルStructure of profilin Art v4
要素Profilin-1
キーワードALLERGEN / mugwort / plant protein / pollen
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptide binding / actin monomer binding / cell cortex / cytoskeleton
類似検索 - 分子機能
Profilin conserved site / Profilin signature. / Profilin / Profilin / : / Profilin / Profilin superfamily / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Beta-Lactamase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Artemisia vulgaris (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pye, S.E. / Pote, S.S. / Chruszcz, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI077653 米国
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2019
タイトル: Comparative structural and thermal stability studies of Cuc m 2.0101, Art v 4.0101 and other allergenic profilins.
著者: Kapingidza, A.B. / Pye, S.E. / Hyduke, N. / Dolamore, C. / Pote, S. / Schlachter, C.R. / Commins, S.P. / Kowal, K. / Chruszcz, M.
履歴
登録2017年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Profilin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3761
ポリマ－14,3761
非ポリマー00
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)32.675, 32.675, 81.782
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Profilin-1 / Pollen allergen Art v 4.01


分子量: 14376.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Artemisia vulgaris (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8H2C9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 0.49 M Sodium phosphate monobasic monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 7348 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.065 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 27.99
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 3.52 / Num. unique obs: 374 / Rpim(I) all: 0.233 / Rrim(I) all: 0.368 / Rsym value: 0.327 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5em0

5em0


解像度: 1.9→28.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21411 390 5.3 %RANDOM
Rwork0.16699 ---
obs0.16976 6957 95.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→28.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1007 0 0 27 1034
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191028
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.02940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7031.9531387
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.86632190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6855135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6725.71442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.38615168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.636152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021170
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02200
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2392.884543
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2312.884542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0044.319677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.0044.319678
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5823.08485
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5823.081485
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4514.556710
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.86433.8651091
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.85633.8321090
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.902→1.952 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 22 -
Rwork0.226 538 -
obs--97.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
116.3568-5.0173-2.66764.58783.442.69310.24450.36250.4993-0.63520.1104-0.4655-0.53430.1245-0.35490.19370.01860.08830.06350.00690.058124.218-5.431-7.093
23.0252-1.294-1.59233.54360.5925.3002-0.1663-0.0967-0.40070.1716-0.14180.26760.4133-0.09080.30820.10570.02350.03210.03710.00330.058417.356-17.9721.857
37.711-6.4083-5.90198.10827.08859.36990.06120.25940.31470.0123-0.0051-0.3426-0.40350.5382-0.05610.0996-0.0397-0.02790.16270.03730.047425.279-7.0711.795
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2A22 - 108
3X-RAY DIFFRACTION3A109 - 132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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