PDB-6b5r: Structure of PfCSP peptide 21 with human antibody CIS42

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b5r

タイトル

Structure of PfCSP peptide 21 with human antibody CIS42

要素

CIS42 Fab Heavy chain
CIS42 Fab Light chain
PfCSP peptide 21: ASN-PRO-ASP-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN-VAL-ASP-PRO-ASN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / pfCSP / vaccine / antibodies

機能・相同性

機能・相同性情報

entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.775 Å

データ登録者

Pancera, M. / Weidle, C.

引用

ジャーナル: Nat. Med. / 年: 2018
タイトル: A human monoclonal antibody prevents malaria infection by targeting a new site of vulnerability on the parasite.
著者: Kisalu, N.K. / Idris, A.H. / Weidle, C. / Flores-Garcia, Y. / Flynn, B.J. / Sack, B.K. / Murphy, S. / Schon, A. / Freire, E. / Francica, J.R. / Miller, A.B. / Gregory, J. / March, S. / Liao, ...

履歴

登録	2017年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b5r.cif.gz	253.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b5r.ent.gz	217.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b5r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b5r_validation.pdf.gz	442.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b5r_full_validation.pdf.gz	446 KB	表示
XML形式データ	6b5r_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	6b5r_validation.cif.gz	32.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6b5lC 6b5mC 6b5nC 6b5oC 6b5pC 6b5sC 6b5tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mlt-1 6db5-2 3nac-d 6b5p-d 2fb4-d 4eow-d 7kfg-d 6pef-1 4osu-d 4oaw-1 4n8c-2 4n8c-1 3mlr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (2) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1)

登録構造単位

H: CIS42 Fab Heavy chain

L: CIS42 Fab Light chain

A: PfCSP peptide 21: ASN-PRO-ASP-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN-VAL-ASP-PRO-ASN

47.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.131, 70.570, 165.379
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	CIS42 Fab Heavy chain 分子量: 23617.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	CIS42 Fab Light chain 分子量: 22755.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	PfCSP peptide 21: ASN-PRO-ASP-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN-VAL-ASP-PRO-ASN 分子量: 1562.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P02893*PLUS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 15% PEG3350, 9% Isopropanol, 0.12M Ammonium Citrate pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→26.949 Å / Num. obs: 35657 / % possible obs: 74.1 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 15

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.775→26.949 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2371	1810	5.08 %
R_work	0.1906	-	-
obs	0.193	35651	75.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.775→26.949 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3269	0	0	408	3677

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3378
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.78	4628
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.489	2012
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	526
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	590

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7754-1.8234	0.3525	24	0.3194	401	X-RAY DIFFRACTION	12
1.8234-1.877	0.2592	69	0.2872	1214	X-RAY DIFFRACTION	36
1.877-1.9376	0.3027	94	0.2454	1966	X-RAY DIFFRACTION	57
1.9376-2.0068	0.2778	135	0.2215	2435	X-RAY DIFFRACTION	71
2.0068-2.0871	0.269	153	0.22	2821	X-RAY DIFFRACTION	82
2.0871-2.1821	0.2862	167	0.2018	3179	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1821-2.2971	0.236	156	0.1974	3304	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2971-2.4409	0.2667	154	0.209	3197	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4409-2.6292	0.2533	165	0.2082	3117	X-RAY DIFFRACTION	90
2.6292-2.8935	0.2713	170	0.2091	2982	X-RAY DIFFRACTION	86
2.8935-3.3116	0.2657	173	0.1936	2871	X-RAY DIFFRACTION	83
3.3116-4.1698	0.2083	153	0.1761	2828	X-RAY DIFFRACTION	79
4.1698-26.9524	0.1911	197	0.1567	3526	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8566	-0.1295	0.2798	1.0109	-0.321	1.7352	-0.0058	-0.0317	0.0415	0.145	-0.0132	0.1214	0.0723	0.0137	0.0179	0.1572	-0.0036	-0.0019	0.1181	-0.0415	0.1517	84.7242	132.0474	172.2122
2	0.9928	-0.3546	0.6841	0.9972	-0.0861	1.4718	-0.0191	-0.0747	-0.0354	0.1465	-0.0035	0.0677	0.0518	0.0737	0.0282	0.1475	-0.0097	0.0118	0.117	-0.012	0.1076	88.1495	132.1218	174.5439
3	3.5683	0.5636	-0.239	5.9116	2.5332	4.0539	0.0684	-0.1001	0.3339	-0.0696	-0.1766	0.7945	-0.1313	-0.1593	0.0592	0.2263	0.0035	-0.018	0.1982	-0.0197	0.2483	98.9411	136.914	206.6354
4	3.4713	0.3911	-0.7227	7.0247	3.1875	6.805	0.1657	-0.3323	0.4356	0.1917	-0.3042	0.7217	-0.1644	0.0367	0.1394	0.2308	-0.0327	-0.0277	0.2339	-0.0185	0.2802	97.3791	137.9245	208.7854
5	2.0756	-2.2547	-1.4412	4.626	3.4863	6.2926	0.0913	-0.532	0.6881	0.4544	-0.1163	0.4018	0.0777	0.6093	-0.5151	0.2815	-0.1052	0.103	0.2134	-0.1805	0.4522	89.1538	158.4181	177.3145
6	6.4738	2.6229	2.7096	4.686	-2.9991	6.6912	0.0894	0.2139	0.3423	0.0122	-0.0028	-0.5779	-0.1032	0.3307	-0.0821	0.1064	-0.0048	-0.0194	0.1217	0.0279	0.2652	88.8682	156.4687	166.4099
7	2.655	-0.2855	1.4461	3.2205	-0.4914	3.6376	0.1099	-0.2827	0.2838	0.2856	0.1198	0.4535	-0.2121	-0.2394	-0.1579	0.1548	0.0066	0.0375	0.1091	-0.0454	0.2361	78.7876	153.6133	172.2483
8	1.5971	0.144	0.8065	2.5321	-0.7561	2.3762	0.0213	-0.2316	0.3546	0.2101	-0.0661	0.3342	-0.149	-0.2445	0.0421	0.09	0	0.0404	0.1624	-0.0547	0.2466	84.1821	150.2432	173.4033
9	3.9393	-0.7498	3.7645	0.1448	-0.7548	3.7504	-0.4844	-0.7112	0.2535	-0.0155	-0.4971	0.1715	-0.3702	-1.2318	0.7471	0.3453	0.0209	-0.0843	0.3951	-0.1483	0.3688	89.7022	159.6456	191.9729
10	7.6201	-4.0515	2.8263	7.0073	-1.144	3.2641	0.0644	0.0113	-0.1411	-0.107	0.0744	-0.0464	0.1126	0.1928	-0.1869	0.2086	-0.0397	-0.038	0.1723	-0.0125	0.133	106.7953	146.9985	203.3827
11	7.3848	-0.5245	1.2317	7.4891	0.3654	5.884	-0.0911	0.2699	0.0061	-0.397	0.0626	-0.2975	-0.1538	0.0478	0.07	0.2375	0.0082	0.0494	0.1514	0.021	0.195	107.4448	147.1553	199.2431
12	3.2089	-2.7624	1.7653	3.4521	-0.8923	3.2673	-0.1838	0.0962	0.4176	0.0475	0.364	-1.1316	-0.2593	0.442	-0.1181	0.4548	0.0341	-0.0401	0.3164	0.0198	0.4861	110.9095	155.4757	202.5299
13	4.8251	-0.2804	-0.8331	2.1007	0.0775	3.4241	-0.0804	0.4048	0.1488	-0.8292	-0.1193	-0.0188	-0.4268	0.1808	0.1141	0.2604	-0.037	-0.0577	0.2303	0.0357	0.1447	76.2384	139.3471	155.8865

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN H AND RESID 2:59 )	H	2 - 59
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN H AND RESID 60:119 )	H	60 - 119
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN H AND RESID 120:157 )	H	120 - 157
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN H AND RESID 158:214 )	H	158 - 214
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN L AND RESID 1:18 )	L	1 - 18
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN L AND RESID 19:27 )	L	19 - 27
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN L AND RESID 28:75 )	L	28 - 75
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN L AND RESID 76:101 )	L	76 - 101
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN L AND RESID 102:114 )	L	102 - 114
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN L AND RESID 115:151 )	L	115 - 151
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN L AND RESID 152:188 )	L	152 - 188
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN L AND RESID 189:209 )	L	189 - 209
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN A AND RESID 1:13 )	A	1 - 13

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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