PDB-6b5m: Structure of PfCSP peptide 21 with human protective antibody CIS43

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b5m

タイトル

Structure of PfCSP peptide 21 with human protective antibody CIS43

要素

CIS43 Fab Heavy chain
CIS43 Fab Light chain
pfCSP peptide 21: ASN-PRO-ASP-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN-VAL-ASP-PRO-ASN

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / pfCSP / vaccine / antibodies

機能・相同性

機能・相同性情報

entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Plasmodium Falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Pancera, M. / Weidle, C.

引用

ジャーナル: Nat. Med. / 年: 2018
タイトル: A human monoclonal antibody prevents malaria infection by targeting a new site of vulnerability on the parasite.
著者: Kisalu, N.K. / Idris, A.H. / Weidle, C. / Flores-Garcia, Y. / Flynn, B.J. / Sack, B.K. / Murphy, S. / Schon, A. / Freire, E. / Francica, J.R. / Miller, A.B. / Gregory, J. / March, S. / Liao, ...

履歴

登録	2017年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b5m.cif.gz	267.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b5m.ent.gz	219.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6b5m_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b5m_full_validation.pdf.gz	463.3 KB	表示
XML形式データ	6b5m_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	6b5m_validation.cif.gz	31.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6b5lC 6b5nC 6b5oC 6b5pC 6b5rC 6b5sC 6b5tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3inu-1 5mv4-4 6b5n-d 5mvj-1 6cdm-1 5ik3-1 5mp5-3 6foe-1 5mub-2 6wg0-d 6ell-2 5mp1-4 4jzn-3 6wwc-1 5mx3-2 6wx2-2 5mub-4 4odt-d 2vl5-2 5mv3-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (2) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1)

登録構造単位

H: CIS43 Fab Heavy chain

L: CIS43 Fab Light chain

A: pfCSP peptide 21: ASN-PRO-ASP-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN-VAL-ASP-PRO-ASN

ヘテロ分子

50.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.477, 61.861, 75.055
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.51, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	H-402- HOH

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 A

#3: タンパク質・ペプチド	pfCSP peptide 21: ASN-PRO-ASP-PRO-ASN-ALA-ASN-PRO-ASN-VAL-ASP-PRO-ASN 分子量: 1562.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Plasmodium Falciparum (マラリア病原虫) 参照: UniProt: P02893*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体	CIS43 Fab Heavy chain 分子量: 24223.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	CIS43 Fab Light chain 分子量: 24138.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 326分子

#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Sodium Acetate Trihydrate pH 4.6, 2M Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→38.988 Å / Num. obs: 37099 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 9.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 1.79→38.988 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.21

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2347	1856	5 %
R_work	0.2067	-	-
obs	0.2082	37095	94.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→38.988 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3427	0	24	321	3772

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3540
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.715	4832
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.701	2123
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	547
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	615

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7854-1.8337	0.312	132	0.279	2679	X-RAY DIFFRACTION	93
1.8337-1.8877	0.3133	136	0.2632	2861	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8877-1.9486	0.3693	139	0.3133	2685	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9486-2.0182	0.3092	133	0.2393	2862	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0182-2.099	0.2676	148	0.2326	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.099-2.1946	0.2606	149	0.2145	2880	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1946-2.3103	0.28	142	0.2285	2490	X-RAY DIFFRACTION	87
2.3103-2.455	0.2304	166	0.2192	2854	X-RAY DIFFRACTION	100
2.455-2.6445	0.255	151	0.217	2836	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6445-2.9105	0.2329	146	0.2157	2812	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9105-3.3315	0.2446	138	0.2189	2655	X-RAY DIFFRACTION	92
3.3315-4.1966	0.2312	109	0.1848	2191	X-RAY DIFFRACTION	76
4.1966-38.9975	0.1808	167	0.1653	2598	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8151	0.5352	-0.3992	1.9401	-0.5972	5.1955	0.2889	-0.2165	-0.2629	-0.041	0.0023	0.2556	0.692	-0.6626	-0.3314	0.3887	-0.1032	-0.0556	0.3958	0.0788	0.2897	-35.3098	-6.7509	166.5857
2	9.3194	2.771	-2.6051	2.5219	-1.0072	8.1372	-0.1055	-0.0875	-0.1649	-0.0653	0.2346	-0.1304	-0.2907	-0.9727	-0.4035	0.3368	0.0203	0.0047	0.3898	0.0711	0.2921	-32.0305	-0.0473	174.2881
3	8.9873	3.1582	0.5467	6.8217	1.9422	7.314	0.2499	-0.218	0.2695	-0.0157	0.0705	0.3968	0.0078	-1.677	-0.3551	0.281	-0.0211	-0.012	0.6058	0.1192	0.2924	-39.5082	-0.842	170.561
4	3.231	-2.1382	-2.5409	6.5261	0.6767	2.5611	1.0823	0.1041	0.4615	0.1058	-0.7284	0.07	-0.6634	-0.0805	-0.2659	0.5397	0.0014	0.0543	0.4069	-0.0202	0.331	-31.9591	3.8061	162.3231
5	3.7524	-3.2407	4.0853	2.8408	-2.7081	9.3281	0.3579	0.1547	-0.3637	0.1586	-0.2706	0.1465	0.5945	0.3201	-0.021	0.507	-0.1371	-0.0581	0.2945	0.0185	0.3101	-27.8921	-10.2482	171.8069
6	1.9633	-2.3782	-0.4949	6.1881	1.196	1.4862	0.0986	0.1361	0.0474	-0.2678	-0.1417	0.0841	-0.1249	-0.0828	0.0424	0.201	-0.0088	-0.0329	0.2121	0.0039	0.2112	-23.0224	-12.6272	142.1767
7	7.2522	-2.7196	-5.9214	2.7597	2.9242	5.0491	-0.048	0.8077	-0.2458	-0.2298	-0.1015	0.533	0.5686	-0.7879	0.4582	0.3464	-0.0073	-0.0533	0.3453	-0.098	0.4203	-29.9009	-17.9656	139.4013
8	4.133	-1.7096	-3.9712	1.6033	2.4527	5.4507	0.1179	-0.3046	0.1423	-0.096	0.1115	-0.0878	0.013	0.2898	-0.1867	0.3991	-0.0037	-0.0949	0.264	0.0089	0.2885	-10.3705	-1.792	177.8718
9	5.4495	-0.2892	0.2762	3.5389	0.5579	6.5439	0.0388	0.1022	-0.351	0.0037	0.0494	-0.0038	0.4735	-0.0141	-0.0956	0.4521	-0.02	-0.0273	0.1864	0.0132	0.2252	-13.3257	-10.375	174.8973
10	0.3347	-0.0464	-0.2837	0.3744	0.1573	1.6008	0.0528	0.017	-0.0027	0.0185	0.0371	-0.0183	0.0547	-0.0098	-0.0923	0.2912	-0.0172	-0.0112	0.2167	0.0005	0.264	-12.2908	-5.4431	148.6647
11	3.2924	-0.8987	2.7261	0.4292	-0.756	4.5389	-0.0213	0.2785	0.0876	-0.0838	-0.0481	-0.0259	0.1601	0.055	0.0619	0.2765	-0.0114	0.0225	0.1646	-0.0069	0.2594	-10.1803	-6.3494	134.9473
12	7.6595	5.1147	4.7859	9.8039	8.2366	8.9571	0.0958	-0.1933	0.255	0.6037	-0.1351	0.4094	0.3588	-0.4425	0.1788	0.3544	-0.0648	0.0353	0.3319	0.053	0.2612	-27.8572	-2.8056	185.7677

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 2 through 40 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 41 through 59 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 60 through 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 83 through 93 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 94 through 111 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 112 through 203 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 204 through 213 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 1 through 32 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 33 through 75 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 76 through 163 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 164 through 211 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 1 through 10 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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