PDB-6b4s: Crystal Structure of Brazil nut (Bertholletia excelsa) allergen B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b4s

タイトル

Crystal Structure of Brazil nut (Bertholletia excelsa) allergen Ber e 2

要素

11S globulin

キーワード

ALLERGEN / seed storage protein / Brazil nut / 11S globulin

機能・相同性

機能・相同性情報

seed development / nutrient reservoir activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bertholletia excelsa (ブラジルナットノキ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.035 Å

データ登録者

Zhang, Y.Z. / Guo, F.

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Brazil nut (Bertholletia excelsa) allergen Ber e 2
著者: Zhang, Y.Z. / Guo, F.

履歴

登録	2017年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b4s.cif.gz	398 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b4s.ent.gz	344.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b4s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b4s_validation.pdf.gz	438.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b4s_full_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示
XML形式データ	6b4s_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	6b4s_validation.cif.gz	37.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/6b4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b4/6b4s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ehk-d 1xgf-1 1od5-1 3c3v-1 5xty-1 3fz3-d 5wpw-1 4aq2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 11S globulin

B: 11S globulin

96 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 11S globulin

B: 11S globulin

A: 11S globulin

B: 11S globulin

A: 11S globulin

B: 11S globulin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
288 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.428, 92.428, 213.189
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	11S globulin 分子量: 47983.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: seeds 由来: (天然) Bertholletia excelsa (ブラジルナットノキ) 組織: seed / 参照: UniProt: Q84ND2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.64 % / Mosaicity: 1.511 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.45 M sodium chloride

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	110	1
2	110	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	22-BM	1	1
シンクロトロン	APS	22-BM	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD	1996年10月25日
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	1996年10月25日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID	モノクロメーター
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	2	Bending magnet

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1	1

Reflection twin

Operator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.26

反射

解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 43199 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.148 / R_pim(I) all: 0.077 / R_rim(I) all: 0.168 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 204337

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.03-2.07	4.6	0.926	2231	0.536	0.491	1.05	0.97	100
2.07-2.1	4.6	0.757	2180	0.594	0.401	0.858	1.003	100
2.1-2.14	4.6	0.754	2148	0.661	0.397	0.853	1.004	100
2.14-2.19	4.7	0.847	2186	0.716	0.444	0.958	1.003	100
2.19-2.23	4.7	0.959	2138	0.732	0.504	1.085	1.008	100
2.23-2.29	4.7	0.455	2207	0.613	0.237	0.514	1.001	100
2.29-2.34	4.7	0.699	2189	0.786	0.362	0.788	1.005	100
2.34-2.41	4.8	0.37	2162	0.868	0.191	0.417	1.005	100
2.41-2.48	4.8	0.325	2151	0.899	0.167	0.366	0.998	100
2.48-2.56	4.8	0.281	2209	0.899	0.145	0.317	1.013	100
2.56-2.65	4.8	0.251	2140	0.905	0.129	0.283	1.007	100
2.65-2.76	4.8	0.213	2190	0.937	0.11	0.24	0.995	100
2.76-2.88	4.8	0.194	2185	0.938	0.1	0.218	0.98	100
2.88-3.03	4.8	0.183	2179	0.945	0.093	0.206	0.977	100
3.03-3.22	4.8	0.162	2161	0.953	0.083	0.182	0.977	100
3.22-3.47	4.8	0.151	2170	0.959	0.077	0.17	1.006	100
3.47-3.82	4.8	0.145	2174	0.96	0.074	0.163	1.031	100
3.82-4.37	4.7	0.136	2171	0.959	0.07	0.153	1.007	98.9
4.37-5.51	4.7	0.125	2117	0.966	0.065	0.141	0.99	97.3
5.51-50	4.4	0.109	1911	0.969	0.058	0.124	1.015	87.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.035→46.214 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 36.94 / 位相誤差: 43.08

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2696	2020	4.68 %
R_work	0.2502	-	-
obs	0.2601	43163	99.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 194.37 Å² / B_iso mean: 57.93 Å² / B_iso min: 29.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.035→46.214 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5542	0	0	76	5618
B_iso mean	-	-	-	52.54	-
残基数	-	-	-	-	715

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5645
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.701	7666
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	868
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1014
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.065	3384

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.0366-2.0876	0.3287	158	0.3418	2957	95
2.0876-2.144	0.3729	124	0.3508	2989	96
2.144-2.2071	0.4652	169	0.4214	2945	94
2.2071-2.2783	0.4374	136	0.4334	2976	95
2.2783-2.3597	0.4551	129	0.5072	2942	95
2.3597-2.4541	0.3885	136	0.3607	2947	96
2.4541-2.5657	0.3872	144	0.3774	2987	95
2.5657-2.7009	0.3615	147	0.3468	2959	95
2.7009-2.87	0.352	146	0.3213	2956	95
2.87-3.0913	0.2782	130	0.2881	2963	96
3.0913-3.402	0.2376	149	0.2478	2949	95
3.402-3.8933	0.2251	147	0.2036	2957	95
3.8933-4.9013	0.2034	160	0.1635	2884	93
4.9013-29.1075	0.2921	138	0.2174	2684	86

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -12.3948 Å / Origin y: 35.5099 Å / Origin z: 39.4326 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2949 Å²	-0.0444 Å²	0.0118 Å²	-	0.3172 Å²	0.039 Å²	-	-	0.3783 Å²
L	0.6801 °²	-0.0552 °²	-0.0384 °²	-	0.7429 °²	0.0375 °²	-	-	0.5247 °²
S	-0.008 Å °	-0.0316 Å °	-0.1566 Å °	0.0158 Å °	-0.0209 Å °	0.0443 Å °	0.1625 Å °	-0.1036 Å °	0.0437 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	29 - 454
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	30 - 454
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 76

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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