PDB-4aq2: resting state of homogentisate 1,2-dioxygenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4aq2

タイトル

resting state of homogentisate 1,2-dioxygenase

要素

HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

homogentisate 1,2-dioxygenase / homogentisate 1,2-dioxygenase activity / L-tyrosine catabolic process / L-phenylalanine catabolic process / DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / iron ion binding / negative regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Jeoung, J.-H. / Lin, T.-Y. / Bommer, M. / Dobbek, H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Visualizing the Substrate-, Superoxo-, Alkylperoxo-, and Product-Bound States at the Nonheme Fe(II) Site of Homogentisate Dioxygenase.
著者: Jeoung, J.-H. / Bommer, M. / Lin, T.-Y. / Dobbek, H.

履歴

登録	2012年4月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月24日	Group: Database references / Other
改定 1.2	2013年8月14日	Group: Database references
改定 1.3	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4aq2.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4aq2.ent.gz	904.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4aq2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/4aq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/4aq2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zdsC 4aq6C 1eybS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zds-1 3zds-4 3zds-3 3zds-2 4aq6-1 1ey2-1 3zds-5 1eyb-1 10418 4aq6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

B: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

C: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

D: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

E: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

F: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

G: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

H: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

I: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

J: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

K: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

L: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

ヘテロ分子

578 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

B: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

C: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

D: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

E: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

F: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
289 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

H: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

I: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

J: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

K: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

L: HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
289 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.737, 93.901, 162.810
Angle α, β, γ (deg.)	87.46, 80.45, 68.33
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1
9	1
10	1
11	1
12	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 9:433 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 9:433 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 9:433 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 9:433 )
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 9:433 )
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 9:433 )
7	1	1	CHAIN G AND (RESSEQ 9:433 )
8	1	1	CHAIN H AND (RESSEQ 9:433 )
9	1	1	CHAIN I AND (RESSEQ 9:433 )
10	1	1	CHAIN J AND (RESSEQ 9:433 )
11	1	1	CHAIN K AND (RESSEQ 9:433 )
12	1	1	CHAIN L AND (RESSEQ 9:433 )

#1: タンパク質	HOMOGENTISATE 1,2-DIOXYGENASE / HOMOGENTISATE OXYGENASE / HOMOGENTISIC ACID OXIDASE / HOMOGENTISICASE 分子量: 48060.422 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 株: KT2440 / 解説: DSM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q88E47, homogentisate 1,2-dioxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル] 分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₂₆N₂O₆ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5676 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.98 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: VAPOUR DIFFUSION(1:1): 17 % PEG 3350, 0.02 M NAK PHOSPHATE, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 8.0, 1 MM TCEP 15 MG/ML PROTEIN

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→34 Å / Num. obs: 359608 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 16.33 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / % possible all: 80

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EYB

1eyb

解像度: 1.95→33.936 Å / SU ML: 0.64 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.31 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2573	17580	5 %
R_work	0.1925	-	-
obs	0.1958	351605	94.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 62.245 Å² / k_sol: 0.353 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.431 Å²	0.5355 Å²	0.7097 Å²
2-	-	1.5511 Å²	0.0005 Å²
3-	-	-	1.2577 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→33.936 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	39464	0	31	5676	45171

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	41226
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.109	56342
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.053	15234
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	5876
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	7546

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3293	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	3293	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
1	3	C	3241	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	4	D	3276	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.049
1	5	E	3278	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	6	F	3246	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	7	G	3252	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	8	H	3255	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
1	9	I	3278	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	10	J	3276	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
1	11	K	3331	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
1	12	L	3260	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.0197	0.3193	1550	0.2299	29444	X-RAY DIFFRACTION	84
2.0197-2.1005	0.2995	1772	0.2127	33672	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1005-2.1961	0.2899	1782	0.2007	33854	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1961-2.3119	0.2847	1759	0.1972	33425	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3119-2.4567	0.2863	1795	0.193	34114	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4567-2.6463	0.2704	1791	0.1875	34026	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6463-2.9125	0.268	1800	0.1905	34201	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9125-3.3336	0.2448	1794	0.1868	34078	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3336-4.1988	0.2274	1777	0.182	33767	X-RAY DIFFRACTION	96
4.1988-33.9409	0.2208	1760	0.1896	33444	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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