PDB-6b2k: E45A/R132T mutant of HIV-1 capsid protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b2k

タイトル

E45A/R132T mutant of HIV-1 capsid protein

要素

HIV-1 capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / HIV-1 capsid protein / hexamer / E45A/R132T mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding via host ESCRT complex / host multivesicular body / ISG15 antiviral mechanism / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Gres, A.T. / Kirby, K.A. / Sarafianos, S.G.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Multidisciplinary studies with mutated HIV-1 capsid proteins reveal structural mechanisms of lattice stabilization.
著者: Gres, A.T. / Kirby, K.A. / McFadden, W.M. / Du, H. / Liu, D. / Xu, C. / Bryer, A.J. / Perilla, J.R. / Shi, J. / Aiken, C. / Fu, X. / Zhang, P. / Francis, A.C. / Melikyan, G.B. / Sarafianos, S.G.

履歴

登録	2017年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/6b2k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/6b2k	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ay9C 6ayaC 6b2gC 6b2hC 6b2iC 6b2jC 4xfx C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6axr-1 6axw-1 6axx-1 6b2j-1 6b2h-1 4xfx-1 6mqa-1 6b2g-1 6mqo-1 4xfz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (3) #87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: HIV-1 capsid protein

ヘテロ分子

26.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HIV-1 capsid protein

ヘテロ分子

x 6

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
161 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-y,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-x+y,-x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	5_555	y,-x+y,z	1
crystal symmetry operation	6_555	x-y,x,z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.431, 92.431, 57.702
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

#1: タンパク質	HIV-1 capsid protein 分子量: 25516.301 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 133-363 / 変異: E45A, R132T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: NL4-3 / 遺伝子: gag / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B6DRA0, UniProt: P12493*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.89 % / Mosaicity: 0.07 °
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, NaI, Sodium cacodylate, Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03319 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03319 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→47 Å / Num. obs: 19130 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 23.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2-2.05	7	0.992	1416	0.589	0.395	1.071	99.3
8.94-46.81	9.1	0.037	235	0.999	0.013	0.04	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.5.24	データスケーリング
REFMAC	5.8.0155	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
Aimless	0.5.24	データ削減
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 8.672 / SU ML: 0.121 / SU R Cruickshank DPI: 0.1679 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.142
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2183	918	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1973	-	-	-
obs	0.1984	18210	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 187.82 Å² / B_iso mean: 58.501 Å² / B_iso min: 33.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.19 Å²	-0.09 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1679	0	15	145	1839
B_iso mean	-	-	66.13	56.81	-
残基数	-	-	-	-	216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	1752
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.106	1.959	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.862	3	3916
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.267	5	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.648	24.795	73
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.494	15	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.952	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1977
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	375
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	25.721	5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	37.517	5	11

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	77	-
R_work	0.308	1335	-
all	-	1412	-
obs	-	-	99.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2533	2.9087	-1.8389	8.4438	-5.1337	3.1478	0.8985	-1.0675	-0.2758	0.8517	-1.7935	-1.5564	-0.6774	1.2289	0.895	1.6987	-0.8742	0.3617	2.1894	-0.4664	0.7658	0.6005	-13.1581	3.1359
2	4.4487	-1.7672	6.5189	16.7925	-28.5295	51.4911	0.6824	-0.1691	0.9616	0.9643	0.6203	1.2905	-0.8209	-0.9027	-1.3027	0.5776	0.3171	0.1925	0.5012	0.0068	0.4116	-5.1983	-11.3847	-5.3158
3	6.9357	-5.1628	-2.6975	13.8336	6.2491	17.2546	-0.1151	0.2286	0.415	-0.2315	-0.238	-0.0276	-0.3149	-0.3044	0.3531	0.0339	-0.0173	-0.0029	0.0859	0.084	0.2286	-0.8461	-13.8519	-19.2488
4	2.5354	-0.1811	-0.6382	4.1435	-2.2744	1.4684	-0.0454	0.2396	0.1218	0.424	-0.0264	-0.1624	-0.2378	-0.0494	0.0719	0.0928	-0.0281	-0.0279	0.035	0.0088	0.1463	2.3671	-20.5655	-13.4142
5	2.0393	-3.0428	-0.5803	5.6737	3.5624	6.5986	-0.0215	0.0361	-0.0728	-0.1532	0.0127	0.0921	-0.4045	0.1398	0.0088	0.0751	-0.032	0.034	0.0788	0.0892	0.1965	-5.6133	-24.3755	-19.8355
6	2.7965	-0.8943	1.8804	2.5034	-5.9087	21.0271	-0.1357	0.0908	-0.2607	0.127	-0.0014	-0.0297	0.5984	0.0429	0.1371	0.1266	0.0083	0.0301	0.019	0.0382	0.1795	-2.6736	-36.292	-10.2538
7	13.1161	-5.7872	-6.7562	14.7238	0.0206	25.3267	-0.3747	-0.4547	-0.2138	0.6447	-0.4543	0.3629	0.6604	-0.7757	0.829	0.3217	0.0528	0.0514	0.1849	0.0243	0.1817	-1.4299	-41.5638	2.782
8	13.1929	-2.834	0.9047	1.4546	-1.3969	14.5245	0.1154	0.1122	0.0007	0.0034	-0.0466	-0.5656	-0.0579	0.0647	-0.0688	0.3202	-0.0005	0.0383	0.2272	0.0363	0.4498	-9.2371	-33.0254	12.6074
9	2.1292	-1.465	0.3188	9.0754	-0.8356	4.6943	-0.1737	-0.2599	-0.337	0.1544	0.3021	0.3319	-0.0079	-0.7346	-0.1284	0.0877	0.0696	0.0932	0.1714	0.0987	0.1143	-8.6565	-30.6412	-0.8717
10	19.3221	3.7949	6.2356	17.1526	-9.8316	9.4635	-0.1916	-0.9708	-0.365	1.9381	0.2841	-0.1255	-1.4	-0.6406	-0.0925	0.5765	0.3054	-0.005	0.2588	-0.022	0.0575	-5.8134	-23.4393	5.8091
11	4.2536	-0.9429	-3.5824	4.2034	3.4183	9.4354	-0.1211	-0.4829	0.0854	0.5605	0.1827	-0.1487	0.0292	0.621	-0.0615	0.1285	0.0232	-0.0036	0.0897	0.0521	0.1467	2.6676	-28.0093	-4.5905
12	11.3383	2.0155	-15.8845	6.1178	0.1773	31.9874	-0.1869	0.5532	-0.79	-0.466	-0.1016	-0.0459	1.1239	0.1536	0.2886	0.286	0.1022	-0.0652	0.2447	-0.0895	0.2653	6.3293	-31.9778	-24.2331
13	18.4956	-5.3952	-17.8964	18.0757	-1.1362	24.3751	-0.7095	0.8209	-0.3309	0.2947	0.4656	0.3829	0.4617	-0.7966	0.2439	0.2243	-0.0062	-0.0909	0.088	-0.0189	0.0999	18.9241	-33.4782	-31.1197
14	16.1018	-7.6368	4.7311	24.6378	3.3583	22.5756	0.2754	0.5293	-0.4638	-1.0599	-0.293	-0.3063	0.8266	0.9569	0.0177	0.1738	0.1317	-0.0104	0.1674	-0.0409	0.0523	27.4404	-26.9813	-39.3647
15	6.9552	0.2769	-5.1979	3.3984	-0.0153	9.8916	0.2185	-0.0211	0.3123	-0.3007	0.2552	0.032	-0.1589	0.3091	-0.4737	0.138	0.0218	-0.0588	0.0832	0.0045	0.128	25.1805	-23.0334	-30.812
16	15.1109	-0.3703	-2.876	16.2005	2.0453	5.4316	0.0213	-0.1763	-0.8735	0.0592	-0.2366	1.0166	0.5179	-0.0906	0.2153	0.137	0.0292	-0.052	0.0706	0.0296	0.2158	15.7931	-29.1236	-23.078
17	20.3838	1.4917	-8.2297	11.4052	-9.967	12.6878	0.1945	0.5179	0.5712	0.986	-0.7479	-0.341	-0.528	0.0296	0.5533	0.3426	-0.0307	0.0431	0.3104	-0.0418	0.2436	23.6366	-35.2783	-18.7407
18	14.1099	-0.7372	-4.6121	6.2289	2.8203	5.9903	0.0037	0.1261	-0.9356	0.0151	0.2132	-0.1802	0.1645	0.2979	-0.2169	0.11	0.1087	-0.0406	0.1434	-0.029	0.1822	32.9111	-30.7363	-31.9044
19	16.547	-2.5485	-3.9304	4.1162	7.7018	14.4799	-0.3255	-0.6246	-1.1204	0.5103	0.4144	-0.0178	0.9223	0.6951	-0.0889	0.2611	0.1477	-0.0731	0.2439	0.0627	0.2356	38.8208	-28.9871	-24.4451
20	14.4196	5.4906	-1.5605	19.6064	4.6114	21.6445	-0.164	0.9507	1.1384	-1.0959	0.691	-0.2773	-0.5293	1.1704	-0.527	0.0865	0.0063	-0.007	0.262	-0.0439	0.2153	35.0142	-20.052	-27.9968

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	12 - 17
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	18 - 29
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	30 - 54
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	55 - 66
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	67 - 81
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	82 - 86
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	87 - 98
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	99 - 111
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	112 - 120
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	121 - 139
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	140 - 147
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	148 - 153
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	154 - 158
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	159 - 169
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	170 - 176
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	177 - 186
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	187 - 202
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	203 - 210
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	211 - 221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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