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- PDB-6b2e: Structure of full length human AMPK (a2b2g1) in complex with a sm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b2e
タイトルStructure of full length human AMPK (a2b2g1) in complex with a small molecule activator SC4.
要素
  • (5'-AMP-activated protein kinase subunit ...) x 2
  • 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
キーワードTRANSFERASE / Phosphorylated / Active / Heterotrimer / Kinase.
機能・相同性
機能・相同性情報


[hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / histone H2BS36 kinase activity / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / lipid droplet disassembly / Lipophagy / import into nucleus / cAMP-dependent protein kinase regulator activity ...[hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / histone H2BS36 kinase activity / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / positive regulation of peptidyl-lysine acetylation / lipid droplet disassembly / Lipophagy / import into nucleus / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / nucleotide-activated protein kinase complex / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Carnitine shuttle / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / protein kinase regulator activity / negative regulation of TOR signaling / protein localization to lipid droplet / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / response to muscle activity / regulation of glycolytic process / Nuclear events mediated by NFE2L2 / cAMP-dependent protein kinase activity / lipid biosynthetic process / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of tubulin deacetylation / Macroautophagy / cholesterol biosynthetic process / AMP binding / positive regulation of macroautophagy / positive regulation of protein kinase activity / fatty acid homeostasis / regulation of macroautophagy / cellular response to nutrient levels / positive regulation of autophagy / cellular response to glucose starvation / regulation of microtubule cytoskeleton organization / Activation of AMPK downstream of NMDARs / positive regulation of protein localization / energy homeostasis / negative regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of glycolytic process / cellular response to calcium ion / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / cellular response to glucose stimulus / ADP binding / regulation of circadian rhythm / Wnt signaling pathway / fatty acid biosynthetic process / autophagy / cytoplasmic stress granule / cellular response to prostaglandin E stimulus / rhythmic process / cellular response to xenobiotic stimulus / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / spermatogenesis / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / nuclear speck / protein phosphorylation / axon / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / dendrite / chromatin binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PRKAA2, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain ...PRKAA2, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / : / Association with the SNF1 complex (ASC) domain / ASC domain superfamily / : / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interaction domain / 5'-AMP-activated protein kinase beta subunit, interation domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / AMP-activated protein kinase, glycogen-binding domain / Glycogen recognition site of AMP-activated protein kinase / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Immunoglobulin E-set / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cyclodextrin / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Chem-CG7 / STAUROSPORINE / 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2 / 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Ngoei, K.R.W. / Langendorf, C.G. / Ling, N.X.Y. / Hoque, A. / Johnson, S. / Camerino, M.C. / Walker, S.R. / Bozikis, Y.E. / Dite, T.A. / Ovens, A.J. ...Ngoei, K.R.W. / Langendorf, C.G. / Ling, N.X.Y. / Hoque, A. / Johnson, S. / Camerino, M.C. / Walker, S.R. / Bozikis, Y.E. / Dite, T.A. / Ovens, A.J. / Smiles, W.J. / Jacobs, R. / Huang, H. / Parker, M.W. / Scott, J.W. / Rider, M.H. / Kemp, B.E. / Foitzik, R.C. / Baell, J.B. / Oakhill, J.S.
資金援助 オーストラリア, 4件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1098459 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT130100988 オーストラリア
The Marian and EH Flack TrustEH Flack Fellowship オーストラリア
Jack Brockhoff FoundationJBF 4206, 2016 オーストラリア
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2018
タイトル: Structural Determinants for Small-Molecule Activation of Skeletal Muscle AMPK alpha 2 beta 2 gamma 1 by the Glucose Importagog SC4.
著者: Ngoei, K.R.W. / Langendorf, C.G. / Ling, N.X.Y. / Hoque, A. / Varghese, S. / Camerino, M.A. / Walker, S.R. / Bozikis, Y.E. / Dite, T.A. / Ovens, A.J. / Smiles, W.J. / Jacobs, R. / Huang, H. / ...著者: Ngoei, K.R.W. / Langendorf, C.G. / Ling, N.X.Y. / Hoque, A. / Varghese, S. / Camerino, M.A. / Walker, S.R. / Bozikis, Y.E. / Dite, T.A. / Ovens, A.J. / Smiles, W.J. / Jacobs, R. / Huang, H. / Parker, M.W. / Scott, J.W. / Rider, M.H. / Foitzik, R.C. / Kemp, B.E. / Baell, J.B. / Oakhill, J.S.
履歴
登録2017年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年7月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2
B: 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2
C: 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,3528
ポリマ－132,5663
非ポリマー2,7865
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14990 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area44300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.936, 118.848, 138.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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5'-AMP-activated protein kinase subunit ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit beta-2 / AMPK subunit beta-2


分子量: 30422.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAB2 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: O43741
#3: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1 / AMPKg


分子量: 38225.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAG1 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P54619

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-2 / AMPK subunit alpha-2 / Acetyl-CoA carboxylase kinase / ACACA kinase / Hydroxymethylglutaryl-CoA ...AMPK subunit alpha-2 / Acetyl-CoA carboxylase kinase / ACACA kinase / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase kinase / HMGCR kinase


分子量: 63918.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAA2, AMPK, AMPK2 / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)
参照: UniProt: P54646, non-specific serine/threonine protein kinase, EC: 2.7.11.27, [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase
#4: 多糖 Cycloheptakis-(1-4)-(alpha-D-glucopyranose) / beta-cyclodextrin


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 薬物デリバリー / 分子量: 1153.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cyclic oligosaccharide / 参照: beta-cyclodextrin
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/1,7,7/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1-1-1/a1-g4_a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0

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非ポリマー , 3種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン


分子量: 466.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O3
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#6: 化合物 ChemComp-CG7 / 5-{[6-chloro-5-(2'-hydroxy[1,1'-biphenyl]-4-yl)-1H-imidazo[4,5-b]pyridin-2-yl]oxy}-2-methylbenzoic acid


分子量: 471.892 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H18ClN3O4
#7: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 6-8% PEG 3350, 0.1 M MgCl2, 0.001% cocamidopropyl betaine and 0.1 M imidazole

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→48.15 Å / Num. obs: 17814 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 89.66 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.202 / Rpim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 3.8→4.25 Å / Rmerge(I) obs: 0.868 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 4750 / CC1/2: 0.659 / Rpim(I) all: 0.447 / % possible all: 89.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6BIU, 4RER

6biu
PDB 未公開エントリ

4rer


解像度: 3.8→48.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / Rfactor Rfree error: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.658
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 920 5.18 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.246 17764 93.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 136.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.5224 Å20 Å20 Å2
2---16.357 Å20 Å2
3---4.8347 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.63 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.8→48.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6721 0 213 0 6934
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0087098HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.019751HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2232SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes115HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1050HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7098HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.34
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.56
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1031SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7482SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.8→4.03 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 133 5.29 %
Rwork0.267 2379 -
all0.268 2512 -
obs--83.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1155-0.4531-0.86573.25362.06522.8008-0.00870.0066-0.14550.3517-0.05020.26230.2468-0.03670.0589-0.48470.14380.0672-0.17690.0757-0.2514-18.6611-20.549615.8347
20.92870.51280.28942.22932.61673.3594-0.0331-0.1364-0.58520.7034-0.08310.24230.7823-0.21770.1162-0.3950.00250.2156-0.41190.1044-0.1499-31.4872-34.320413.2296
32.4124-1.8865-1.18676.48082.29764.53120.24450.33940.2515-1.2246-0.41720.1296-0.946-0.31320.1727-0.51810.22370.0469-0.46280.1203-0.7714-32.685819.685526.1641
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|9 - A|552 A|601 - A|601 }A9 - 552
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|9 - A|552 A|601 - A|601 }A601
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|59 - B|272 }B59 - 272
4X-RAY DIFFRACTION3{ B|301 - B|301 }B301

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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