PDB-6azx: Crystal structure of the neutralizing anti-circumsporozoite prote...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6azx

タイトル

Crystal structure of the neutralizing anti-circumsporozoite protein 663 antibody

要素

663 antibody, heavy chain
663 antibody, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Malaria / Circumsporozoite protein / Fab

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Scally, S.W. / Bosch, A. / Triller, G. / Wardemann, H. / Julien, J.P.

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2017
タイトル: Natural Parasite Exposure Induces Protective Human Anti-Malarial Antibodies.
著者: Triller, G. / Scally, S.W. / Costa, G. / Pissarev, M. / Kreschel, C. / Bosch, A. / Marois, E. / Sack, B.K. / Murugan, R. / Salman, A.M. / Janse, C.J. / Khan, S.M. / Kappe, S.H.I. / Adegnika, ...

履歴

登録	2017年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6azx.cif.gz	344.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6azx.ent.gz	280.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6azx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6azx_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6azx_full_validation.pdf.gz	460.1 KB	表示
XML形式データ	6azx_validation.xml.gz	36 KB	表示
CIF形式データ	6azx_validation.cif.gz	51.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/6azx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/6azx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5bk0C 5bk3C 5bk5C 6azmC 5a3iS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5bk5-2 4r7n-4 3utz-2 6y1n-d 5esa-d 3iet-3 6z3k-1 6ev1-4 4nyl-1 1bfo-2 4kk5-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

C: 663 antibody, heavy chain

D: 663 antibody, light chain

A: 663 antibody, heavy chain

B: 663 antibody, light chain

95.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 663 antibody, heavy chain

B: 663 antibody, light chain

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 663 antibody, heavy chain

D: 663 antibody, light chain

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.283, 138.085, 206.674
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-418- HOH
2	1	A-417- HOH

#1: 抗体	663 antibody, heavy chain 分子量: 23894.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	663 antibody, light chain 分子量: 23984.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.87 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 200 mM di-ammonium hydrogen citrate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 67267 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / R_pim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 9.56
反射シェル	解像度: 2.1→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 8643 / R_pim(I) all: 0.279 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
SHELXPREP		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5A3I

5a3i

解像度: 2.1→39.931 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.28 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2381	1999	2.97 %
R_work	0.206	-	-
obs	0.207	67217	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.931 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6302	0	0	546	6848

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	6463
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.584	8820
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.839	3829
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1007
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1133

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1525	0.319	146	0.2888	4580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1525-2.2107	0.2387	141	0.2613	4618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2107-2.2758	0.3185	139	0.2469	4613	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2758-2.3492	0.3041	140	0.2466	4633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3492-2.4332	0.2475	144	0.2407	4607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4332-2.5306	0.2808	138	0.2394	4600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5306-2.6457	0.2505	144	0.2312	4640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6457-2.7852	0.2568	138	0.2282	4624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7852-2.9596	0.2644	143	0.2243	4686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9596-3.188	0.2421	142	0.2194	4637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.188-3.5087	0.2669	142	0.206	4665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5087-4.016	0.2122	139	0.1891	4708	X-RAY DIFFRACTION	100
4.016-5.0581	0.2019	150	0.1573	4716	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0581-39.9383	0.1937	153	0.1817	4891	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3243	-1.5903	0.1712	4.1733	-0.8444	2.0507	0.0113	-0.1485	0.1127	0.1382	-0.0124	-0.0047	-0.1115	0.0536	-0.0076	0.141	-0.0253	0.0197	0.1358	-0.0167	0.1671	-5.0275	18.1131	-0.2031
2	2.5137	-0.4246	1.9449	3.0763	1.2935	5.0211	-0.1466	0.7671	-0.9452	-0.6456	0.1043	0.6422	1.1258	-0.4685	0.0412	0.6628	-0.2512	0.0438	0.6262	-0.2119	0.6171	-24.8999	20.7946	-24.3632
3	3.6726	-0.1823	0.1377	2.9739	-0.5411	4.5171	0.0271	0.6271	-0.2673	-0.4804	0.0065	-0.2387	0.226	0.2734	-0.0283	0.2276	0.0249	0.0658	0.2366	-0.0525	0.2304	10.785	19.4613	-15.5861
4	0.1341	-0.0561	0.2892	0.0121	-0.1468	0.4166	-0.1352	1.2022	-0.2043	-0.4178	-0.1381	0.1427	0.0864	-0.3656	0.2696	0.6787	0.027	-0.0224	1.3053	-0.0784	0.3451	-7.3463	25.1175	-35.3295
5	7.1058	-1.4466	-1.6275	2.717	-0.198	3.4355	-0.2058	1.1077	0.272	-0.5227	0.1049	0.5159	0.0211	-0.7183	0.0804	0.5708	-0.0398	-0.1843	1.0851	0.044	0.4412	-21.9567	31.926	-32.87
6	1.6561	0.5695	0.16	2.1661	0.1267	3.5933	0.1819	1.9985	0.5731	-1.0195	-0.5866	0.1805	-0.1855	-0.5048	0.3561	0.6519	0.1029	-0.1286	1.1222	0.1801	0.4332	-20.0051	34.1921	-35.2582
7	3.0891	-1.7621	-1.0428	5.8497	1.7566	2.5425	0.0333	-0.0343	-0.1671	0.2438	-0.0992	0.0334	0.0724	-0.07	0.0801	0.1409	-0.0107	-0.0219	0.1458	0.031	0.1445	1.3789	52.4546	-5.0342
8	3.1766	0.3121	-1.1431	2.9618	-2.8354	6.9911	-0.1619	0.5497	0.7787	-0.085	-0.2345	-0.2214	-0.9167	1.436	0.3411	0.4929	-0.2151	-0.1301	0.7424	0.1902	0.4996	20.4617	54.7712	-26.7186
9	1.9925	0.8837	-0.2544	2.8524	-1.5226	4.0443	0.0195	0.4461	0.0197	-0.3189	0.1226	0.2519	-0.0989	-0.3859	-0.1203	0.2475	0.0807	-0.0396	0.3376	0.002	0.2266	-13.4076	52.7019	-20.3813
10	3.7537	-0.0915	0.3535	3.1617	-0.7364	4.5516	-0.0123	0.4967	0.3949	-0.4042	0.1163	0.2979	-0.4514	-0.492	-0.0991	0.2511	0.0771	-0.0342	0.2677	0.0568	0.2409	-13.7846	56.368	-20.4684
11	0.0189	0.0426	-0.033	0.292	-0.0641	0.3231	0.0874	0.4705	0.1251	-0.4516	-0.478	-0.1681	0.441	1.4987	0.2673	0.5081	0.2201	0.1861	1.8045	0.3801	0.2989	14.6101	53.7169	-39.675
12	4.756	-1.1787	-3.5584	4.9777	0.9583	4.3193	0.1421	0.8746	-0.2134	-0.4094	-0.1143	-0.3178	0.4893	1.0399	-0.0535	0.5853	0.1899	-0.056	1.0149	-0.105	0.3084	9.9242	50.1578	-40.9711
13	0.0694	0.0485	-0.0278	0.0867	0.078	0.0153	0.1022	0.6648	-0.3469	-1.0173	-0.3485	-0.2202	1.1176	1.7017	0.1832	0.6608	0.8668	0.5029	2.535	-0.1623	-0.1211	18.9401	48.3854	-47.529

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 1 through 119 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 120 through 213 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 1 through 101 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 102 through 118 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 119 through 150 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 151 through 211 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1 through 106 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 107 through 210 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 48 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 49 through 101 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 102 through 137 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 138 through 174 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 175 through 210 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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