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- PDB-6aw8: 2.25A resolution domain swapped dimer structure of SAH bound cate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aw8
タイトル2.25A resolution domain swapped dimer structure of SAH bound catechol O-methyltransferase (COMT) from Nannospalax galili
要素Catechol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Spalax / COMT / S-adenosylmethionine binding
機能・相同性
機能・相同性情報


catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / catechol O-methyltransferase / developmental process / dopamine metabolic process / methylation / axon / dendrite / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Nannospalax galili (ネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Lovell, S. / Mehzabeen, N. / Battaile, K.P. / Deng, Y. / Hanzlik, R.P. / Shams, I. / Moskovitz, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P30 GM110761 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the catechol-o-methyl transferase (COMT) enzyme of the subterranean mole rat (Spalax) and the effect of L136M substitution
著者: Deng, Y. / Lovell, S. / Mehzabeen, N. / Battaile, K.P. / Hanzlik, R.P. / Shams, I. / Moskovitz, J.
履歴
登録2017年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
B: Catechol O-methyltransferase
C: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4269
ポリマ－77,1523
非ポリマー1,2736
水2,666148
1
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1423
ポリマ－25,7171
非ポリマー4242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1423
ポリマ－25,7171
非ポリマー4242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1423
ポリマ－25,7171
非ポリマー4242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.643, 97.531, 104.909
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Catechol O-methyltransferase / COMT


分子量: 25717.373 Da / 分子数: 3 / 断片: M43-P262 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nannospalax galili (ネズミ) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A452CSQ0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.38 % / Mosaicity: 0.09 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 14.4 % (w/v) PEG 8000, 80 mM sodium cacodylate, 160 mM calcium chloride, 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→48.77 Å / Num. obs: 45368 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 42.41 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 292792 / Scaling rejects: 3
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.906 / Num. unique obs: 4104 / CC1/2: 0.774 / % possible all: 98.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.96 Å48.77 Å
Translation6.96 Å48.77 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
PHENIX(dev_2510: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSdata processing
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZLB

2zlb


解像度: 2.25→46.197 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.05 / 位相誤差: 23.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2102 2205 4.87 %
Rwork0.1832 --
obs0.1846 45286 97.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 151.97 Å2 / Biso mean: 50.0581 Å2 / Biso min: 27.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→46.197 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4947 0 81 148 5176
Biso mean--44.81 53.02 -
残基数----637
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035142
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6276998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041803
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003890
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9333104
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.25-2.29890.30311660.27632584275097
2.2989-2.35240.25581300.241627442874100
2.3524-2.41120.3061400.23727032843100
2.4112-2.47640.23281470.218127102857100
2.4764-2.54930.27041300.205927242854100
2.5493-2.63160.2457930.209427602853100
2.6316-2.72560.26271110.21562286239784
2.7256-2.83470.27011410.192627412882100
2.8347-2.96370.23351640.193627022866100
2.9637-3.11990.21621500.192927432893100
3.1199-3.31540.22151290.182227412870100
3.3154-3.57130.22071200.17612629274994
3.5713-3.93050.18221440.16552490263491
3.9305-4.49880.16241300.143228042934100
4.4988-5.66640.15571370.15728132950100
5.6664-46.20670.22451730.202429073080100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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