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- PDB-6atf: HLA-DRB1*1402 in complex with Vimentin59-71 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6atf
タイトルHLA-DRB1*1402 in complex with Vimentin59-71
要素
  • HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
  • MHC class II antigen
  • Vimentin59-71
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA Class II
機能・相同性
機能・相同性情報


lens fiber cell development / keratin filament binding / intermediate filament organization / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / cellular response to muramyl dipeptide / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity ...lens fiber cell development / keratin filament binding / intermediate filament organization / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / cellular response to muramyl dipeptide / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / structural constituent of eye lens / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / astrocyte development / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of memory T cell differentiation / Striated Muscle Contraction / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament cytoskeleton / microtubule organizing center / transport vesicle membrane / intermediate filament / polysaccharide binding / cell leading edge / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / Bergmann glial cell differentiation / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / PD-1 signaling / positive regulation of collagen biosynthetic process / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / T cell receptor binding / regulation of mRNA stability / MHC class II antigen presentation / phagocytic vesicle / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Late endosomal microautophagy / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / structural constituent of cytoskeleton / cognition / nuclear matrix / cellular response to type II interferon / Aggrephagy / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / Chaperone Mediated Autophagy / MHC class II protein complex / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peroxisome / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / endocytic vesicle membrane / neuron projection development / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / double-stranded RNA binding / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell activation / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / early endosome membrane / scaffold protein binding / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / adaptive immune response / molecular adaptor activity / lysosome / cytoskeleton / endosome membrane / immune response / protein domain specific binding / lysosomal membrane / axon / Golgi membrane / focal adhesion / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Intermediate filament head, DNA-binding domain / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 ...Intermediate filament head, DNA-binding domain / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / HLA class II histocompatibility antigen DR beta chain / HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / Vimentin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Scally, S.W. / Ting, Y.T. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
NHMRC, ARC オーストラリア
引用ジャーナル: Ann. Rheum. Dis. / 年: 2017
タイトル: Molecular basis for increased susceptibility of Indigenous North Americans to seropositive rheumatoid arthritis.
著者: Scally, S.W. / Law, S.C. / Ting, Y.T. / Heemst, J.V. / Sokolove, J. / Deutsch, A.J. / Bridie Clemens, E. / Moustakas, A.K. / Papadopoulos, G.K. / Woude, D.V. / Smolik, I. / Hitchon, C.A. / ...著者: Scally, S.W. / Law, S.C. / Ting, Y.T. / Heemst, J.V. / Sokolove, J. / Deutsch, A.J. / Bridie Clemens, E. / Moustakas, A.K. / Papadopoulos, G.K. / Woude, D.V. / Smolik, I. / Hitchon, C.A. / Robinson, D.B. / Ferucci, E.D. / Bernstein, C.N. / Meng, X. / Anaparti, V. / Huizinga, T. / Kedzierska, K. / Reid, H.H. / Raychaudhuri, S. / Toes, R.E. / Rossjohn, J. / El-Gabalawy, H. / Thomas, R.
履歴
登録2017年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: MHC class II antigen
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: MHC class II antigen
C: Vimentin59-71
F: Vimentin59-71
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,88719
ポリマ－92,8616
非ポリマー2,02613
水18,3211017
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
B: MHC class II antigen
C: Vimentin59-71
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,62511
ポリマ－46,4313
非ポリマー1,1948
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8400 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA
2
D: HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain
E: MHC class II antigen
F: Vimentin59-71
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2628
ポリマ－46,4313
非ポリマー8325
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8920 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area18590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.980, 77.770, 94.540
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / MHC class II antigen DRA


分子量: 21919.594 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-206 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRA, HLA-DRA1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 MHC class II antigen


分子量: 23072.367 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-219 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DRB1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0A1I7H6

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Vimentin59-71


分子量: 1438.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: P08670*PLUS

-
糖 , 2種, 4分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 1026分子

#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1017 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.78 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 26% PEG 3350, 0.2M Potassium Nitrate, 0.1M Bis-Tris-Propane pH 7.3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→33.482 Å / Num. obs: 72027 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / Rpim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 10379 / Rpim(I) all: 0.23 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MCY

4mcy


解像度: 1.9→33.482 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2023 3632 5.04 %
Rwork0.1699 --
obs0.1715 72003 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.482 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6263 0 132 1026 7421
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046626
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9139006
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.952416
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037976
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041173
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.899-1.9240.26511140.23952554X-RAY DIFFRACTION97
1.924-1.95030.24491380.22242590X-RAY DIFFRACTION99
1.9503-1.97820.25151270.20692629X-RAY DIFFRACTION99
1.9782-2.00770.24381380.1942619X-RAY DIFFRACTION100
2.0077-2.03910.23271470.19132627X-RAY DIFFRACTION100
2.0391-2.07250.22091490.19132570X-RAY DIFFRACTION100
2.0725-2.10830.2241560.1862640X-RAY DIFFRACTION100
2.1083-2.14660.2181490.17552599X-RAY DIFFRACTION100
2.1466-2.18790.20841220.17752629X-RAY DIFFRACTION100
2.1879-2.23250.20311440.17682635X-RAY DIFFRACTION100
2.2325-2.2810.20271420.17062606X-RAY DIFFRACTION100
2.281-2.33410.22261390.17232631X-RAY DIFFRACTION100
2.3341-2.39240.22851380.17622631X-RAY DIFFRACTION100
2.3924-2.45710.22581350.18172628X-RAY DIFFRACTION100
2.4571-2.52940.2381380.17792603X-RAY DIFFRACTION100
2.5294-2.6110.21631540.17012636X-RAY DIFFRACTION100
2.611-2.70430.21381370.17762635X-RAY DIFFRACTION100
2.7043-2.81250.19531370.17242617X-RAY DIFFRACTION100
2.8125-2.94040.19231390.17282669X-RAY DIFFRACTION100
2.9404-3.09540.24241260.16822655X-RAY DIFFRACTION100
3.0954-3.28910.191400.16232636X-RAY DIFFRACTION100
3.2891-3.54280.17931340.15452669X-RAY DIFFRACTION100
3.5428-3.89890.17181540.15042622X-RAY DIFFRACTION100
3.8989-4.46190.16131380.13512664X-RAY DIFFRACTION100
4.4619-5.61730.18071360.14432680X-RAY DIFFRACTION100
5.6173-33.48760.18131610.1842697X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93740.15470.94811.5101-1.67672.3719-0.02620.0541-0.1246-0.01830.0161-0.01450.0409-0.00990.03150.09350.02860.00630.0835-0.02570.088244.87484.374114.3068
23.46980.13-1.04952.94241.17052.6927-0.04350.2013-0.71210.0450.037-0.18170.45250.139-0.06210.17220.00140.01370.0957-0.03990.207444.4942-5.4391106.3641
31.28680.43790.52562.0372.78646.12520.0271-0.0391-0.13920.1117-0.0979-0.04760.20360.14950.03710.1270.0108-0.01240.12890.0570.124854.82034.9213123.0097
43.21491.04251.31831.45520.48312.0635-0.25520.0680.2383-0.11450.06710.29840.0886-0.19810.17430.1347-0.0450.02710.09010.05170.077727.78391.9457119.2004
52.51431.06770.01040.48070.22022.0489-0.0580.0371-0.0873-0.0561-0.0027-0.02120.1388-0.09630.03410.11730.00680.01130.05660.00880.101129.3496-2.8826117.45
61.6990.6968-1.11592.0348-0.49190.87320.07940.1497-0.27490.1937-0.00550.11090.4523-0.6433-0.09030.2098-0.15240.02460.29580.03490.192617.0165-9.3731119.6624
71.64750.4442-1.72813.23970.16191.92280.0908-0.55050.2290.0965-0.2460.3560.1915-0.61890.20580.08770.0010.04430.24420.02070.116921.2619-0.7732124.9657
81.48420.2826-0.03620.872-0.26741.9618-0.03240.07210.04380.0167-0.0042-0.0407-0.17390.02450.03880.08340.005-0.00430.07990.01150.084751.500214.2851112.2493
93.3862-1.3576-0.00690.90960.19761.24380.02780.2289-0.074-0.0646-0.05010.1312-0.0972-0.11370.02340.1272-0.029-0.00150.1-0.03470.111614.67417.252798.5826
102.32760.6905-0.53930.72180.1296.9659-0.03180.0330.1230.00110.07380.0173-0.18860.1387-0.01240.06010.0131-0.00780.0676-0.00090.080627.834935.3216114.5136
113.6831-0.02030.98763.1217-0.91943.28260.04030.1190.6620.0419-0.04110.1262-0.505-0.0877-0.04280.16030.013-0.0090.08830.03780.192128.206745.1556106.5348
121.37070.3844-0.67122.3568-2.83866.3124-0.0512-0.11050.17840.17430.04870.0811-0.1556-0.2789-0.02440.11410.0120.01670.1287-0.05760.118717.730534.7548123.7334
132.88050.5629-1.34211.3746-0.25921.6637-0.21010.1277-0.2167-0.1240.0065-0.2866-0.05960.14140.20110.1068-0.0427-0.03890.1283-0.01370.056344.911437.7896119.4162
142.5030.7740.01250.5633-0.29771.6464-0.07380.06580.0776-0.0863-0.0070.0076-0.23450.04660.05220.1415-0.0067-0.00670.0659-0.00570.077443.346742.5925117.6392
152.78081.6257-0.23122.9815-0.55022.14830.2056-0.422-0.050.1365-0.2842-0.2508-0.3550.69310.09590.1455-0.0741-0.02010.2504-0.01150.121952.930644122.6793
161.22630.0271-0.02061.12050.26782.2714-0.00640.0203-0.0719-0.01530.0069-0.03170.06320.0538-0.01150.06660.00620.00490.0834-0.00620.076924.622524.9498114.8585
172.47081.1179-1.21331.9143-0.69712.6823-0.05610.2325-0.03530.04390.06040.14010.1647-0.23140.02460.08750.0132-0.00460.0981-0.02960.08216.490426.0611108.9023
183.2446-1.53010.0310.9146-0.27790.92690.04870.30190.1171-0.0514-0.0914-0.14690.07910.09150.03930.1244-0.02530.00460.11820.03160.114157.933132.626398.6132
193.02571.63382.73322.99513.21075.4895-0.0230.1596-0.25370.18480.262-0.30390.07130.403-0.25650.11070.0222-0.01430.10550.01030.114956.27626.7543113.7522
202.13340.7958-1.16521.7834-1.63683.20180.11570.05310.27430.30780.17030.3597-0.2924-0.2484-0.30160.11780.01950.04110.119-0.01140.123616.424332.956113.9199
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 26 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 55 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 56 through 76 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 77 through 101 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 102 through 154 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 155 through 166 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 167 through 181 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 89 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 90 through 190 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 3 through 26 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 27 through 55 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 56 through 76 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 77 through 101 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 102 through 154 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 155 through 181 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 2 through 51 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 52 through 89 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 90 through 190 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 1 through 13 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 1 through 13 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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