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万見
- PDB-6as3: Structure of a phage anti-CRISPR protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6as3
タイトルStructure of a phage anti-CRISPR protein
要素NHis AcrE1 protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / phage protein
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage JBD5 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shah, M. / Calmettes, C. / Pawluk, A. / Mejdani, M. / Davidson, A.R. / Maxwell, K.L. / Moraes, T.F.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-130482 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)MOP-136845 カナダ
引用ジャーナル: MBio / 年: 2017
タイトル: Disabling a Type I-E CRISPR-Cas Nuclease with a Bacteriophage-Encoded Anti-CRISPR Protein.
著者: Pawluk, A. / Shah, M. / Mejdani, M. / Calmettes, C. / Moraes, T.F. / Davidson, A.R. / Maxwell, K.L.
履歴
登録2017年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NHis AcrE1 protein
B: NHis AcrE1 protein
C: NHis AcrE1 protein
D: NHis AcrE1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5864
ポリマ－48,5864
非ポリマー00
水7,782432
1
A: NHis AcrE1 protein
C: NHis AcrE1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2932
ポリマ－24,2932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area10850 Å2
手法PISA
2
B: NHis AcrE1 protein
D: NHis AcrE1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2932
ポリマ－24,2932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area10870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.799, 87.462, 91.102
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
NHis AcrE1 protein


分子量: 12146.588 Da / 分子数: 4 / 変異: H86Y / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Phage
由来: (組換発現) Pseudomonas phage JBD5 (ファージ)
遺伝子: JBD5_034 / プラスミド: pET21d(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: L7P7L6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Tris pH 7.0, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→63.09 Å / Num. obs: 34051 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 22.73 Å2 / Net I/σ(I): 18.91
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 1.363 / Mean I/σ(I) obs: 3.97 / Num. unique obs: 3351 / CC1/2: 0.703 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSdata processing
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ARZ

6arz


解像度: 2→63.09 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2141 1742 5.12 %
Rwork0.164 --
obs0.1666 34044 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.95 Å2 / Biso mean: 31.9875 Å2 / Biso min: 12.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→63.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2954 0 0 432 3386
Biso mean---39.03 -
残基数----374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073126
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8774261
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038482
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004561
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.071206
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2-2.05890.26421440.208626452789
2.0589-2.12530.22661430.18726402783
2.1253-2.20130.2161550.167326552810
2.2013-2.28940.21651260.163326712797
2.2894-2.39360.23171340.164426612795
2.3936-2.51980.21871560.157826552811
2.5198-2.67770.191390.163926882827
2.6777-2.88440.22911470.179126592806
2.8844-3.17470.24671590.171626802839
3.1747-3.63410.20991210.157327522873
3.6341-4.57830.19621630.143227342897
4.5783-63.1240.19551550.165628623017
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2474-0.9289-0.21162.5771-0.04511.09960.1039-0.08730.05960.17890.00320.1363-0.0893-0.0362-0.08880.1443-0.03910.03120.1483-0.00590.153619.0164-15.0716-1.1196
22.0668-1.7780.77352.3924-0.84970.71020.0147-0.1342-0.06510.07140.04490.01-0.0114-0.0791-0.0670.1532-0.02790.01360.18780.02070.189535.469614.82330.2912
31.8833-0.74220.03632.4810.13491.53010.17830.2046-0.0521-0.1233-0.04550.0537-0.02340.058-0.15530.13550.00150.00850.19570.00730.1223.0532-13.2918-12.3618
42.2072-0.54290.50721.695-0.46861.05980.28210.0841-0.3556-0.166-0.0685-0.01890.1803-0.0132-0.14460.18360.0002-0.03390.187-0.00940.197831.131511.1657-10.4377
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:96)A2 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 2:95)B2 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 2:92)C2 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resid 3:92)D3 - 92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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