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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ar7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative uncharacterized protein from Burkholderia thailandensis | ||||||
![]() | Uncharacterized protein | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / SSGCID / Burkholderia thailandensis / unknown protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | Lysozyme inhibitor LprI, N-terminal / Lysozyme inhibitor LprI / LprI domain-containing protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a Putative uncharacterized protein from Burkholderia thailandensis 著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 347.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 297 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 456 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 460.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 51 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26291.902 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 35-238 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / 遺伝子: BTH_I0862, DR63_2637 / プラスミド: ButhA.17069.a.A2 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % Preparation: For the anomalous data set, two 360-degree scans were merged to solve the structure at 2.5 Angstrom resolution, while the structure was refined against the first 360-degree scan at 2.1 Angstrom resolution. |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.26 詳細: 21.4 mg/mL ButhA.17069.a.A2.PS38198 (SeMet protein) against RigakuReagents JCSG+ A2 optimization screen (20.2% PEG3350, 100 mM sodium citrate tribasic / citric acid, pH 5.26) cryoprotectant: ...詳細: 21.4 mg/mL ButhA.17069.a.A2.PS38198 (SeMet protein) against RigakuReagents JCSG+ A2 optimization screen (20.2% PEG3350, 100 mM sodium citrate tribasic / citric acid, pH 5.26) cryoprotectant: 20% glycerol (2 steps), tray 249240c7, puck pcm7-6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月18日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→48.311 Å / Num. obs: 61171 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.872 % / Biso Wilson estimate: 36.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 10.07 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 3.57 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / % possible all: 96.6 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.31 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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