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- PDB-6ar7: Crystal structure of a putative uncharacterized protein from Burk... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ar7
タイトルCrystal structure of a putative uncharacterized protein from Burkholderia thailandensis
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / SSGCID / Burkholderia thailandensis / unknown protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性Lysozyme inhibitor LprI, N-terminal / Lysozyme inhibitor LprI / Lysozyme inhibitor LprI-like N-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a Putative uncharacterized protein from Burkholderia thailandensis
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,1684
ポリマ－105,1684
非ポリマー00
水10,233568
1
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2921
ポリマ－26,2921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2921
ポリマ－26,2921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2921
ポリマ－26,2921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2921
ポリマ－26,2921
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.690, 77.580, 80.860
Angle α, β, γ (deg.)65.46, 90.03, 83.51
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(CHAIN A AND (RESID 33 THROUGH 47 OR RESID 49...
211(CHAIN B AND (RESID 33 THROUGH 47 OR RESID 49...
311(CHAIN C AND (RESID 33 THROUGH 47 OR RESID 49...
411(CHAIN D AND (RESID 33 THROUGH 47 OR RESID 49...

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein / ButhA.18069.a.A2


分子量: 26291.902 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 35-238 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (strain ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264) (バクテリア)
株: ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / E264 / 遺伝子: BTH_I0862, DR63_2637 / プラスミド: ButhA.17069.a.A2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2T081
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
Preparation: For the anomalous data set, two 360-degree scans were merged to solve the structure at 2.5 Angstrom resolution, while the structure was refined against the first 360-degree scan at 2.1 Angstrom resolution.
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.26
詳細: 21.4 mg/mL ButhA.17069.a.A2.PS38198 (SeMet protein) against RigakuReagents JCSG+ A2 optimization screen (20.2% PEG3350, 100 mM sodium citrate tribasic / citric acid, pH 5.26) cryoprotectant: ...詳細: 21.4 mg/mL ButhA.17069.a.A2.PS38198 (SeMet protein) against RigakuReagents JCSG+ A2 optimization screen (20.2% PEG3350, 100 mM sodium citrate tribasic / citric acid, pH 5.26) cryoprotectant: 20% glycerol (2 steps), tray 249240c7, puck pcm7-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月18日
放射モノクロメーター: Diamond[111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→48.311 Å / Num. obs: 61171 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.872 % / Biso Wilson estimate: 36.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 10.07
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 3.57 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / % possible all: 96.6

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
ARPモデル構築
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→48.31 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 1964 3.21 %
Rwork0.171 --
obs0.172 61152 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 44.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6389 0 0 568 6957
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086662
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8429033
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7864178
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045954
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061212
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11A3302X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3302X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
13C3302X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
14D3302X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.15250.27941500.26344112X-RAY DIFFRACTION97
2.1525-2.21070.27751360.22314214X-RAY DIFFRACTION97
2.2107-2.27580.2541310.19814190X-RAY DIFFRACTION97
2.2758-2.34920.22811500.1924232X-RAY DIFFRACTION98
2.3492-2.43320.21381220.18134217X-RAY DIFFRACTION98
2.4332-2.53060.23991470.18384208X-RAY DIFFRACTION98
2.5306-2.64580.22141340.18854188X-RAY DIFFRACTION98
2.6458-2.78520.23631560.18574268X-RAY DIFFRACTION98
2.7852-2.95970.24441460.19044230X-RAY DIFFRACTION98
2.9597-3.18820.23541410.18614238X-RAY DIFFRACTION99
3.1882-3.5090.20851490.17794288X-RAY DIFFRACTION99
3.509-4.01650.17991330.14544250X-RAY DIFFRACTION99
4.0165-5.05950.17861480.1344282X-RAY DIFFRACTION99
5.0595-48.32390.16261210.16564271X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4627-0.05860.2091.90680.94873.9737-0.1569-0.0893-0.01560.10090.05860.08260.4196-0.06230.13310.2413-0.03210.03310.18160.00150.22499.713735.569819.0453
22.69320.24990.65823.23580.01324.4999-0.089-0.35030.27010.3614-0.1050.02030.04350.05390.1430.25880.013-0.00290.3279-0.06190.250213.902947.233432.8572
31.20350.044-0.34891.9772-0.52523.2984-0.01050.0835-0.1534-0.13520.0461-0.00630.6235-0.1132-0.0230.303-0.00210.00290.1632-0.00920.21962.584330.921464.1839
42.4383-0.09450.65782.6360.60594.02110.00020.37290.2901-0.4046-0.02120.10140.0175-0.0745-0.02340.24860.02220.01440.27920.04960.23911.667943.957150.7532
53.45550.53571.29091.57560.20962.3075-0.1641-0.05920.39660.0475-0.01240.2213-0.1924-0.25270.15230.25150.04010.01950.1977-0.06750.2753-4.835759.005371.0479
63.5268-0.15741.41982.9008-0.02564.10610.061-0.08820.0197-0.1654-0.0910.4970.2466-0.5373-0.02590.1751-0.0306-0.0220.3841-0.05550.3302-17.282848.276762.5684
73.3545-0.91781.10871.5092-0.23442.1836-0.28130.14240.4659-0.10670.1166-0.2919-0.25080.30280.16720.3024-0.0798-0.02170.22320.04740.356323.162760.935611.9946
84.21570.26111.4512.7224-0.03534.42520.05740.0778-0.1290.0882-0.0118-0.45980.46470.581-0.12130.26650.0843-0.00670.42390.02750.3933.045847.990421.3235
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN 'A' AND RESID 33 THROUGH 150)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN 'A' AND RESID 151 THROUGH 237)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN 'B' AND RESID 32 THROUGH 155)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN 'B' AND RESID 156 THROUGH 237)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN 'C' AND RESID 32 THROUGH 150)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN 'C' AND RESID 151 THROUGH 238)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN 'D' AND RESID 32 THROUGH 148)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN 'D' AND RESID 152 THROUGH 237)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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