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- PDB-6apg: Trans-acting transferase from Disorazole synthase with malonate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6apg
タイトルTrans-acting transferase from Disorazole synthase with malonate
要素DisD protein
キーワードTRANSFERASE / acyl transferase / Disorazole synthase / polyketide synthase / malonate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
PfaD family protein / : / [Acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, inserted helical domain / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / : / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase ...PfaD family protein / : / [Acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase, inserted helical domain / Malonyl CoA-acyl carrier protein transacylase, FabD-type / : / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein, domain 2 / Malonyl-Coenzyme A Acyl Carrier Protein; domain 2 / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Aldolase-type TIM barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Sorangium cellulosum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mathews, I.I. / Lyubimov, A.Y. / Soltis, S.M. / Khosla, C. / Robbins, T. / Cohen, A.E.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-76SF00515 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM103393 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM087934 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2017
タイトル: The Conformational Flexibility of the Acyltransferase from the Disorazole Polyketide Synthase Is Revealed by an X-ray Free-Electron Laser Using a Room-Temperature Sample Delivery Method ...タイトル: The Conformational Flexibility of the Acyltransferase from the Disorazole Polyketide Synthase Is Revealed by an X-ray Free-Electron Laser Using a Room-Temperature Sample Delivery Method for Serial Crystallography.
著者: Mathews, I.I. / Allison, K. / Robbins, T. / Lyubimov, A.Y. / Uervirojnangkoorn, M. / Brunger, A.T. / Khosla, C. / DeMirci, H. / McPhillips, S.E. / Hollenbeck, M. / Soltis, M. / Cohen, A.E.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DisD protein
B: DisD protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6909
ポリマ－61,0702
非ポリマー6207
水6,161342
1
A: DisD protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8655
ポリマ－30,5351
非ポリマー3304
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DisD protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8254
ポリマ－30,5351
非ポリマー2903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.670, 104.670, 138.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DisD protein / DszD


分子量: 30534.912 Da / 分子数: 2 / 断片: transferase domain (UNP residues 1-281) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sorangium cellulosum (バクテリア)
遺伝子: dszD, disD / プラスミド: PET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4U443

-
非ポリマー , 5種, 349分子

#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.6M Ammonium Sulphate, 100mM sodium citrate (pH 4.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9761 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9761 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→39.2 Å / Num. obs: 52610 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.054 % / Biso Wilson estimate: 31.576 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 0.986 / Net I/σ(I): 15.42
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.058.1890.8412.838310.8340.89699.8
2.05-2.118.1880.6693.4737330.8710.71399.9
2.11-2.178.1720.5534.1536230.9040.59100
2.17-2.248.1670.4624.9735320.9370.49399.9
2.24-2.318.1810.3985.8834180.950.42599.9
2.31-2.398.1490.3196.9733430.9660.34100
2.39-2.488.1980.282831950.9750.30199.9
2.48-2.588.1690.2528.8430750.9810.26999.9
2.58-2.78.1390.20210.8729910.9860.216100
2.7-2.838.1260.16213.1628480.9920.173100
2.83-2.988.1250.12516.4427200.9950.134100
2.98-3.168.0630.09720.1325780.9970.103100
3.16-3.388.0380.07325.4624290.9980.078100
3.38-3.657.9840.05731.4122540.9990.061100
3.65-47.9090.04636.8421140.9990.049100
4-4.477.7420.03941.3619130.9990.042100
4.47-5.167.4280.03940.3816930.9990.042100
5.16-6.327.7070.04536.2414760.9990.049100
6.32-8.947.570.03542.4111570.9990.038100
8.94-39.26.7830.02546.1568710.02798.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB code: 3RGI

3rgi


解像度: 2→39.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 6.7 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.124
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1993 2631 5 %RANDOM
Rwork0.1839 ---
obs0.1847 49979 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.7 Å2 / Biso mean: 27.849 Å2 / Biso min: 15.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.85 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.85 Å2-0 Å2
3----1.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→39.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4284 0 37 345 4666
Biso mean--42.39 33.89 -
残基数----562
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194398
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2371.9765935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92539545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1625560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.01622.864199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.27915715
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4341543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214995
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02952
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 191 -
Rwork0.243 3627 -
all-3818 -
obs--99.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4140.05220.02430.912-0.43060.8877-0.0393-0.0291-0.0197-0-0.0065-0.0208-0.02530.09830.04580.0083-0.0006-0.0090.040.00390.0278124.859251.842-122.3701
20.30490.0310.13750.98880.49170.988-0.04040.0406-0.0056-0.001-0.02450.064-0.0182-0.11860.06490.0094-0.0139-0.00870.05280.00180.045284.891148.7405-120.3941
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 281
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 281

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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