PDB-6ap4: Crystal structure of the DNA polymerase III subunit beta from Aci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ap4

タイトル

Crystal structure of the DNA polymerase III subunit beta from Acinetobacter baumannii

要素

DNA polymerase III subunit beta

キーワード

TRANSFERASE / DNA Binding / DNA Directed DNA Polymerase Activity

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

McGrath, A.E. / Oakley, A.J.

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Crystal structures and biochemical characterization of DNA sliding clamps from three Gram-negative bacterial pathogens.
著者: McGrath, A.E. / Martyn, A.P. / Whittell, L.R. / Dawes, F.E. / Beck, J.L. / Dixon, N.E. / Kelso, M.J. / Oakley, A.J.

履歴

登録	2017年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id
改定 1.2	2018年12月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb6ap4.ent.gz	938.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/6ap4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/6ap4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6amqC 6amsC 4k3sS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4k3k-d 6pth-1 6izo-d 6jir-1 6d46-1 4n9a-d 4k3q-d 4k3l-d 4pnw-d 4tsz-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (8)

登録構造単位

A: DNA polymerase III subunit beta

B: DNA polymerase III subunit beta

C: DNA polymerase III subunit beta

D: DNA polymerase III subunit beta

E: DNA polymerase III subunit beta

F: DNA polymerase III subunit beta

G: DNA polymerase III subunit beta

H: DNA polymerase III subunit beta

I: DNA polymerase III subunit beta

J: DNA polymerase III subunit beta

K: DNA polymerase III subunit beta

L: DNA polymerase III subunit beta

M: DNA polymerase III subunit beta

N: DNA polymerase III subunit beta

O: DNA polymerase III subunit beta

P: DNA polymerase III subunit beta

ヘテロ分子

692 kDa, 16 ポリマー
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1

A: DNA polymerase III subunit beta

B: DNA polymerase III subunit beta

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
86.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: DNA polymerase III subunit beta

D: DNA polymerase III subunit beta

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
86.5 kDa, 2 ポリマー
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3

E: DNA polymerase III subunit beta

F: DNA polymerase III subunit beta

登録者が定義した集合体
86.5 kDa, 2 ポリマー
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4

G: DNA polymerase III subunit beta

H: DNA polymerase III subunit beta

登録者が定義した集合体
86.5 kDa, 2 ポリマー
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5

I: DNA polymerase III subunit beta

J: DNA polymerase III subunit beta

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
86.5 kDa, 2 ポリマー
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6

K: DNA polymerase III subunit beta

L: DNA polymerase III subunit beta

登録者が定義した集合体
86.5 kDa, 2 ポリマー
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7

M: DNA polymerase III subunit beta

N: DNA polymerase III subunit beta

登録者が定義した集合体
86.5 kDa, 2 ポリマー
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8

O: DNA polymerase III subunit beta

P: DNA polymerase III subunit beta

登録者が定義した集合体
86.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.713, 328.597, 147.497
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.530, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	0 - 380
2	1	B	0 - 380
1	2	A	0 - 379
2	2	C	0 - 379
1	3	A	0 - 381
2	3	D	0 - 381
1	4	A	0 - 380
2	4	E	0 - 380
1	5	A	0 - 380
2	5	F	0 - 380
1	6	A	0 - 381
2	6	G	0 - 381
1	7	A	0 - 381
2	7	H	0 - 381
1	8	A	0 - 381
2	8	I	0 - 381
1	9	A	0 - 381
2	9	J	0 - 381
1	10	A	1 - 381
2	10	K	1 - 381
1	11	A	0 - 381
2	11	L	0 - 381
1	12	A	0 - 381
2	12	M	0 - 381
1	13	A	0 - 381
2	13	N	0 - 381
1	14	A	0 - 381
2	14	O	0 - 381
1	15	A	0 - 380
2	15	P	0 - 380
1	16	B	-1 - 380
2	16	C	-1 - 380
1	17	B	0 - 380
2	17	D	0 - 380
1	18	B	0 - 379
2	18	E	0 - 379
1	19	B	0 - 380
2	19	F	0 - 380
1	20	B	0 - 380
2	20	G	0 - 380
1	21	B	-1 - 380
2	21	H	-1 - 380
1	22	B	0 - 380
2	22	I	0 - 380
1	23	B	-1 - 379
2	23	J	-1 - 379
1	24	B	1 - 380
2	24	K	1 - 380
1	25	B	-1 - 380
2	25	L	-1 - 380
1	26	B	-1 - 380
2	26	M	-1 - 380
1	27	B	-1 - 380
2	27	N	-1 - 380
1	28	B	0 - 380
2	28	O	0 - 380
1	29	B	0 - 380
2	29	P	0 - 380
1	30	C	0 - 380
2	30	D	0 - 380
1	31	C	0 - 380
2	31	E	0 - 380
1	32	C	0 - 380
2	32	F	0 - 380
1	33	C	0 - 379
2	33	G	0 - 379
1	34	C	-1 - 380
2	34	H	-1 - 380
1	35	C	0 - 380
2	35	I	0 - 380
1	36	C	-1 - 380
2	36	J	-1 - 380
1	37	C	1 - 380
2	37	K	1 - 380
1	38	C	-1 - 380
2	38	L	-1 - 380
1	39	C	-1 - 380
2	39	M	-1 - 380
1	40	C	-1 - 380
2	40	N	-1 - 380
1	41	C	0 - 380
2	41	O	0 - 380
1	42	C	0 - 380
2	42	P	0 - 380
1	43	D	0 - 380
2	43	E	0 - 380
1	44	D	0 - 379
2	44	F	0 - 379
1	45	D	0 - 381
2	45	G	0 - 381
1	46	D	0 - 381
2	46	H	0 - 381
1	47	D	0 - 381
2	47	I	0 - 381
1	48	D	0 - 381
2	48	J	0 - 381
1	49	D	1 - 381
2	49	K	1 - 381
1	50	D	0 - 381
2	50	L	0 - 381
1	51	D	0 - 381
2	51	M	0 - 381
1	52	D	0 - 381
2	52	N	0 - 381
1	53	D	0 - 381
2	53	O	0 - 381
1	54	D	0 - 380
2	54	P	0 - 380
1	55	E	0 - 380
2	55	F	0 - 380
1	56	E	0 - 380
2	56	G	0 - 380
1	57	E	0 - 379
2	57	H	0 - 379
1	58	E	0 - 380
2	58	I	0 - 380
1	59	E	0 - 379
2	59	J	0 - 379
1	60	E	1 - 380
2	60	K	1 - 380
1	61	E	0 - 380
2	61	L	0 - 380
1	62	E	0 - 380
2	62	M	0 - 380
1	63	E	0 - 380
2	63	N	0 - 380
1	64	E	0 - 380
2	64	O	0 - 380
1	65	E	0 - 380
2	65	P	0 - 380
1	66	F	0 - 380
2	66	G	0 - 380
1	67	F	0 - 380
2	67	H	0 - 380
1	68	F	0 - 380
2	68	I	0 - 380
1	69	F	0 - 379
2	69	J	0 - 379
1	70	F	1 - 380
2	70	K	1 - 380
1	71	F	0 - 380
2	71	L	0 - 380
1	72	F	0 - 380
2	72	M	0 - 380
1	73	F	0 - 380
2	73	N	0 - 380
1	74	F	0 - 380
2	74	O	0 - 380
1	75	F	0 - 380
2	75	P	0 - 380
1	76	G	0 - 381
2	76	H	0 - 381
1	77	G	0 - 381
2	77	I	0 - 381
1	78	G	0 - 381
2	78	J	0 - 381
1	79	G	1 - 381
2	79	K	1 - 381
1	80	G	0 - 381
2	80	L	0 - 381
1	81	G	0 - 381
2	81	M	0 - 381
1	82	G	0 - 381
2	82	N	0 - 381
1	83	G	0 - 381
2	83	O	0 - 381
1	84	G	0 - 380
2	84	P	0 - 380
1	85	H	0 - 381
2	85	I	0 - 381
1	86	H	-1 - 381
2	86	J	-1 - 381
1	87	H	1 - 381
2	87	K	1 - 381
1	88	H	-1 - 381
2	88	L	-1 - 381
1	89	H	-1 - 381
2	89	M	-1 - 381
1	90	H	-1 - 381
2	90	N	-1 - 381
1	91	H	0 - 381
2	91	O	0 - 381
1	92	H	0 - 380
2	92	P	0 - 380
1	93	I	0 - 381
2	93	J	0 - 381
1	94	I	1 - 381
2	94	K	1 - 381
1	95	I	0 - 381
2	95	L	0 - 381
1	96	I	0 - 381
2	96	M	0 - 381
1	97	I	0 - 381
2	97	N	0 - 381
1	98	I	0 - 381
2	98	O	0 - 381
1	99	I	0 - 380
2	99	P	0 - 380
1	100	J	1 - 381
2	100	K	1 - 381
1	101	J	-1 - 381
2	101	L	-1 - 381
1	102	J	-1 - 381
2	102	M	-1 - 381
1	103	J	-1 - 381
2	103	N	-1 - 381
1	104	J	0 - 381
2	104	O	0 - 381
1	105	J	0 - 380
2	105	P	0 - 380
1	106	K	1 - 381
2	106	L	1 - 381
1	107	K	1 - 381
2	107	M	1 - 381
1	108	K	1 - 381
2	108	N	1 - 381
1	109	K	1 - 381
2	109	O	1 - 381
1	110	K	1 - 380
2	110	P	1 - 380
1	111	L	-1 - 381
2	111	M	-1 - 381
1	112	L	-1 - 381
2	112	N	-1 - 381
1	113	L	0 - 381
2	113	O	0 - 381
1	114	L	0 - 380
2	114	P	0 - 380
1	115	M	-1 - 381
2	115	N	-1 - 381
1	116	M	0 - 381
2	116	O	0 - 381
1	117	M	0 - 380
2	117	P	0 - 380
1	118	N	0 - 381
2	118	O	0 - 381
1	119	N	0 - 380
2	119	P	0 - 380
1	120	O	0 - 380
2	120	P	0 - 380

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	DNA polymerase III subunit beta 分子量: 43262.219 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: dnaN, A7M79_16225, A7M90_19325, A7N09_15145, AB895_1514, ABUW_0002, APD06_07570, APD31_16715, AZE33_00010, B4R90_12040, B9X95_11540, BGC29_18735, BWP00_10155, CAS83_08665, CBI29_00019, ...遺伝子: dnaN, A7M79_16225, A7M90_19325, A7N09_15145, AB895_1514, ABUW_0002, APD06_07570, APD31_16715, AZE33_00010, B4R90_12040, B9X95_11540, BGC29_18735, BWP00_10155, CAS83_08665, CBI29_00019, CEB38_18810, IX87_14440, LV38_03508 細胞株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: V5V7W3
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.6, 0.1 M MgCl2, 7.5%(w/v) PEG 3350, 1% (v/v) DMSO

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX2 / 波長: 0.71073 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月27日

放射

モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.71073 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.95→164.3 Å / Num. obs: 144290 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.115 / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.13 / Χ²: 0.915 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 670605

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.95-3.06	4.6	0.602	14388	0.786	0.315	0.681	0.806	99.9
3.06-3.18	4.6	0.441	14451	0.874	0.23	0.498	0.873	99.9
3.18-3.32	4.6	0.315	14411	0.924	0.164	0.357	0.932	99.9
3.32-3.5	4.6	0.23	14381	0.956	0.119	0.26	0.939	99.9
3.5-3.72	4.7	0.173	14405	0.97	0.089	0.195	0.962	99.9
3.72-4	4.7	0.134	14439	0.979	0.069	0.151	0.953	99.9
4-4.41	4.7	0.102	14404	0.986	0.052	0.115	0.924	99.8
4.41-5.04	4.7	0.092	14454	0.987	0.046	0.103	0.988	99.9
5.04-6.35	4.7	0.096	14475	0.984	0.048	0.108	0.908	99.8
6.35-50	4.6	0.047	14482	0.995	0.024	0.053	0.862	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
HKL-2000		data processing
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4K3S

4k3s

解像度: 2.95→164.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.873 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.83 / SU B: 23.217 / SU ML: 0.425 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.535 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2867	6719	5 %	RANDOM
R_work	0.2484	-	-	-
obs	0.2503	127602	92.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 165.85 Å² / B_iso mean: 56.624 Å² / B_iso min: 2.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0.01 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.95→164.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	46525	0	2	245	46772
B_iso mean	-	-	30	27.94	-
残基数	-	-	-	-	6002

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	47096
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	45097
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.522	1.981	63828
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.374	3	104564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.935	5	5953
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.514	25.072	2153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.795	15	8640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.283	15	346
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.192	0.2	7800
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	51917
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	8537

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	20708	0.14
1	2	B	20708	0.14
2	1	A	20632	0.14
2	2	C	20632	0.14
3	1	A	20898	0.14
3	2	D	20898	0.14
4	1	A	21122	0.13
4	2	E	21122	0.13
5	1	A	20850	0.14
5	2	F	20850	0.14
6	1	A	20888	0.13
6	2	G	20888	0.13
7	1	A	20884	0.14
7	2	H	20884	0.14
8	1	A	20628	0.13
8	2	I	20628	0.13
9	1	A	20890	0.14
9	2	J	20890	0.14
10	1	A	19698	0.15
10	2	K	19698	0.15
11	1	A	18248	0.15
11	2	L	18248	0.15
12	1	A	20766	0.14
12	2	M	20766	0.14
13	1	A	20614	0.13
13	2	N	20614	0.13
14	1	A	19120	0.15
14	2	O	19120	0.15
15	1	A	20434	0.15
15	2	P	20434	0.15
16	1	B	20576	0.15
16	2	C	20576	0.15
17	1	B	21032	0.14
17	2	D	21032	0.14
18	1	B	21084	0.13
18	2	E	21084	0.13
19	1	B	20856	0.14
19	2	F	20856	0.14
20	1	B	20732	0.14
20	2	G	20732	0.14
21	1	B	20926	0.14
21	2	H	20926	0.14
22	1	B	20290	0.14
22	2	I	20290	0.14
23	1	B	20812	0.14
23	2	J	20812	0.14
24	1	B	19430	0.15
24	2	K	19430	0.15
25	1	B	18508	0.15
25	2	L	18508	0.15
26	1	B	20588	0.15
26	2	M	20588	0.15
27	1	B	20278	0.14
27	2	N	20278	0.14
28	1	B	18944	0.16
28	2	O	18944	0.16
29	1	B	20468	0.13
29	2	P	20468	0.13
30	1	C	20696	0.14
30	2	D	20696	0.14
31	1	C	20726	0.14
31	2	E	20726	0.14
32	1	C	20618	0.14
32	2	F	20618	0.14
33	1	C	20508	0.14
33	2	G	20508	0.14
34	1	C	20422	0.15
34	2	H	20422	0.15
35	1	C	20146	0.13
35	2	I	20146	0.13
36	1	C	20620	0.14
36	2	J	20620	0.14
37	1	C	19224	0.16
37	2	K	19224	0.16
38	1	C	18256	0.15
38	2	L	18256	0.15
39	1	C	20578	0.14
39	2	M	20578	0.14
40	1	C	20234	0.14
40	2	N	20234	0.14
41	1	C	18796	0.16
41	2	O	18796	0.16
42	1	C	20232	0.15
42	2	P	20232	0.15
43	1	D	21144	0.12
43	2	E	21144	0.12
44	1	D	20866	0.14
44	2	F	20866	0.14
45	1	D	21050	0.13
45	2	G	21050	0.13
46	1	D	20914	0.14
46	2	H	20914	0.14
47	1	D	20532	0.13
47	2	I	20532	0.13
48	1	D	20958	0.14
48	2	J	20958	0.14
49	1	D	19712	0.15
49	2	K	19712	0.15
50	1	D	18530	0.14
50	2	L	18530	0.14
51	1	D	20950	0.14
51	2	M	20950	0.14
52	1	D	20508	0.13
52	2	N	20508	0.13
53	1	D	19056	0.16
53	2	O	19056	0.16
54	1	D	20570	0.14
54	2	P	20570	0.14
55	1	E	21166	0.13
55	2	F	21166	0.13
56	1	E	21258	0.12
56	2	G	21258	0.12
57	1	E	21148	0.13
57	2	H	21148	0.13
58	1	E	20762	0.12
58	2	I	20762	0.12
59	1	E	21114	0.13
59	2	J	21114	0.13
60	1	E	19734	0.14
60	2	K	19734	0.14
61	1	E	18488	0.14
61	2	L	18488	0.14
62	1	E	20820	0.13
62	2	M	20820	0.13
63	1	E	20608	0.13
63	2	N	20608	0.13
64	1	E	19040	0.15
64	2	O	19040	0.15
65	1	E	20760	0.13
65	2	P	20760	0.13
66	1	F	20942	0.13
66	2	G	20942	0.13
67	1	F	21000	0.14
67	2	H	21000	0.14
68	1	F	20446	0.13
68	2	I	20446	0.13
69	1	F	20954	0.13
69	2	J	20954	0.13
70	1	F	19372	0.16
70	2	K	19372	0.16
71	1	F	18360	0.15
71	2	L	18360	0.15
72	1	F	20520	0.15
72	2	M	20520	0.15
73	1	F	20434	0.13
73	2	N	20434	0.13
74	1	F	18944	0.15
74	2	O	18944	0.15
75	1	F	20626	0.14
75	2	P	20626	0.14
76	1	G	20950	0.13
76	2	H	20950	0.13
77	1	G	20538	0.13
77	2	I	20538	0.13
78	1	G	20946	0.13
78	2	J	20946	0.13
79	1	G	19756	0.15
79	2	K	19756	0.15
80	1	G	18348	0.15
80	2	L	18348	0.15
81	1	G	20790	0.13
81	2	M	20790	0.13
82	1	G	20464	0.13
82	2	N	20464	0.13
83	1	G	19224	0.15
83	2	O	19224	0.15
84	1	G	20478	0.14
84	2	P	20478	0.14
85	1	H	20628	0.13
85	2	I	20628	0.13
86	1	H	21114	0.13
86	2	J	21114	0.13
87	1	H	19456	0.15
87	2	K	19456	0.15
88	1	H	18502	0.15
88	2	L	18502	0.15
89	1	H	20722	0.14
89	2	M	20722	0.14
90	1	H	20580	0.13
90	2	N	20580	0.13
91	1	H	18998	0.16
91	2	O	18998	0.16
92	1	H	20572	0.14
92	2	P	20572	0.14
93	1	I	20430	0.13
93	2	J	20430	0.13
94	1	I	19462	0.15
94	2	K	19462	0.15
95	1	I	18140	0.14
95	2	L	18140	0.14
96	1	I	20210	0.14
96	2	M	20210	0.14
97	1	I	20110	0.13
97	2	N	20110	0.13
98	1	I	18992	0.15
98	2	O	18992	0.15
99	1	I	20158	0.13
99	2	P	20158	0.13
100	1	J	19358	0.16
100	2	K	19358	0.16
101	1	J	18638	0.14
101	2	L	18638	0.14
102	1	J	20604	0.14
102	2	M	20604	0.14
103	1	J	20494	0.13
103	2	N	20494	0.13
104	1	J	18938	0.15
104	2	O	18938	0.15
105	1	J	20498	0.13
105	2	P	20498	0.13
106	1	K	16942	0.17
106	2	L	16942	0.17
107	1	K	19480	0.16
107	2	M	19480	0.16
108	1	K	19220	0.15
108	2	N	19220	0.15
109	1	K	18190	0.16
109	2	O	18190	0.16
110	1	K	19168	0.16
110	2	P	19168	0.16
111	1	L	18362	0.14
111	2	M	18362	0.14
112	1	L	18240	0.15
112	2	N	18240	0.15
113	1	L	17288	0.16
113	2	O	17288	0.16
114	1	L	17940	0.15
114	2	P	17940	0.15
115	1	M	20468	0.13
115	2	N	20468	0.13
116	1	M	19026	0.15
116	2	O	19026	0.15
117	1	M	20228	0.14
117	2	P	20228	0.14
118	1	N	19030	0.15
118	2	O	19030	0.15
119	1	N	19964	0.14
119	2	P	19964	0.14
120	1	O	18660	0.16
120	2	P	18660	0.16

LS精密化シェル

解像度: 2.946→3.023 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	323	-
R_work	0.331	6262	-
all	-	6585	-
obs	-	-	61.02 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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