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- PDB-6pth: Crystal structure of a DnaN sliding clamp (DNA polymerase III sub... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6pth | ||||||
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Title | Crystal structure of a DnaN sliding clamp (DNA polymerase III subunit beta) from Pseudomonas aeruginosa bound to griselimycin | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / NIAID / structural genomics / natural product / broad spectrum / antibiotic / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / TRANSFERASE / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
Function / homology | ![]() DNA polymerase III complex / DNA strand elongation involved in DNA replication / 3'-5' exonuclease activity / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of a DnaN sliding clamp (DNA polymerase III subunit beta) from Pseudomonas aeruginosa bound to griselimycin Authors: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 167 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 127.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 720.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 722.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 20 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4tszS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 51843.828 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 Gene: dnaN, PA0002 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Protein/peptide | |
#3: Chemical | ChemComp-SO4 / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.59 Å3/Da / Density % sol: 73.23 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: PsaeA.17987.a.EN11.PD38369 at 20.74 mg/mL with 0.8 mM griselimycin against MCSG screen condition A5 optimization screening 0.1 M sodium acetate pH 4.2, 1.4 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium ...Details: PsaeA.17987.a.EN11.PD38369 at 20.74 mg/mL with 0.8 mM griselimycin against MCSG screen condition A5 optimization screening 0.1 M sodium acetate pH 4.2, 1.4 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium chloride, supplemented with 25% ethylene glycol as cryo-protectant; crystal tracking ID 310486b9, unique puck ID bbz4-5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 11, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.05→45.711 Å / Num. obs: 19666 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 8.031 % / Biso Wilson estimate: 82.516 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 21.4 / Num. measured all: 157945 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4TSZ Resolution: 3.05→45.711 Å / SU ML: 0.46 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 24.87
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 173.65 Å2 / Biso mean: 86.6256 Å2 / Biso min: 40.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.05→45.711 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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