PDB-6ao7: Crystal Structure of a GNAT family acetyltransferase from Elizabe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ao7

タイトル

Crystal Structure of a GNAT family acetyltransferase from Elizabethkingia anophelis with acetyl-CoA bound

要素

Acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / GNAT family / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Elizabethkingia anophelis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2021
タイトル: Structural characterization of a GNAT family acetyltransferase from Elizabethkingia anophelis bound to acetyl-CoA reveals a new dimeric interface.
著者: Shirmast, P. / Ghafoori, S.M. / Irwin, R.M. / Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Forwood, J.K.

履歴

登録	2017年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.2	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ao7.cif.gz	83.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ao7.ent.gz	60.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ao7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/6ao7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/6ao7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yvkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2czu-d 4n7d-2 1f6b-d 2gao-d 2hjv-d 6pry-d 5xz6-d 2xkl-1 6p58-d 6rqg-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-ElanA.19303.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Acetyltransferase

ヘテロ分子

19.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Acetyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Sequence validation performed but inconclusive
39.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.160, 67.160, 134.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-334- HOH

#1: タンパク質	Acetyltransferase 分子量: 18773.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis (バクテリア) 遺伝子: BAY10_03400 / プラスミド: ElanA.19303.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1T3E2H1
#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.25 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: ElanA.19303.a.B1.PW38266 in JCSG+ G11 (100 mM Tris/Hcl pH 5.5, 2 M (NH4)2SO4) at 16 mg/ml with 5 mM aetyl-CoA: cryo = 3.2 M (NH4)2SO4 + 5 mM acteyl-CoA

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月7日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 15998 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.841 % / B_iso Wilson estimate: 34.45 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.038 / R_rim(I) all: 0.04 / Χ²: 1.031 / Net I/σ(I): 35.45

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.85-1.9	14.278	0.515	4.88	16420	1150	1150	0.939	0.534	100
1.9-1.95	14.308	0.388	6.54	16211	1133	1133	0.961	0.403	100
1.95-2.01	14.218	0.298	8.57	15398	1083	1083	0.98	0.309	100
2.01-2.07	14.289	0.214	11.91	15146	1060	1060	0.991	0.222	100
2.07-2.14	14.154	0.146	17.47	14593	1031	1031	0.995	0.151	100
2.14-2.21	14.105	0.134	19.07	14063	997	997	0.995	0.139	100
2.21-2.29	14.057	0.109	22.9	13720	976	976	0.997	0.113	100
2.29-2.39	13.935	0.088	27.96	13029	935	935	0.998	0.092	100
2.39-2.49	13.953	0.078	30.99	12781	916	916	0.998	0.081	100
2.49-2.62	13.808	0.065	35.49	11778	853	853	0.999	0.067	100
2.62-2.76	13.858	0.054	43.64	11391	823	822	0.999	0.056	99.9
2.76-2.93	13.736	0.043	51.76	10906	797	794	0.999	0.044	99.6
2.93-3.13	13.637	0.037	59.47	10078	743	739	1	0.038	99.5
3.13-3.38	13.627	0.032	69.75	9389	692	689	1	0.033	99.6
3.38-3.7	13.653	0.029	75.17	8861	652	649	1	0.03	99.5
3.7-4.14	13.507	0.027	78.19	7969	595	590	1	0.028	99.2
4.14-4.78	13.26	0.026	80.43	6935	528	523	1	0.027	99.1
4.78-5.85	12.961	0.024	80.3	5949	465	459	1	0.025	98.7
5.85-8.27	12.411	0.026	78.51	4617	379	372	0.999	0.027	98.2
8.27-32.576	9.648	0.031	70.67	2190	248	227	0.997	0.033	91.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	(1.12_2829)	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YVK

1yvk

解像度: 1.85→50 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.89

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2444	1603	10.03 %
R_work	0.1949	-	-
obs	0.1999	15975	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.72 Å² / B_iso mean: 47.9468 Å² / B_iso min: 25.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1194	0	56	83	1333
B_iso mean	-	-	46.99	51.36	-
残基数	-	-	-	-	153

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1292
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.901	1775
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	201
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	233
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.428	766

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.85-1.9097	0.3353	141	0.2747	1269	100
1.9097-1.978	0.2804	144	0.2523	1286	100
1.978-2.0572	0.2723	124	0.2281	1269	100
2.0572-2.1508	0.259	143	0.2184	1278	100
2.1508-2.2641	0.2742	143	0.2247	1281	100
2.2641-2.406	0.2702	158	0.2182	1280	100
2.406-2.5917	0.3008	147	0.238	1300	100
2.5917-2.8523	0.2931	150	0.2328	1289	100
2.8523-3.2647	0.2726	145	0.2138	1320	100
3.2647-4.1119	0.2339	141	0.166	1351	100
4.1119-50	0.1931	167	0.1641	1449	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8563	-0.8476	-2.1644	2.6471	1.1885	7.4789	-0.2668	-0.3627	-1.289	0.2825	-0.1405	0.0879	0.9411	-0.0259	0.2761	0.6845	0.0829	-0.1612	0.342	0.051	0.4827	1.432	7.9794	68.2191
2	7.603	-1.1681	-2.4043	3.1647	-0.2226	2.1792	-0.2113	0.5815	-0.1617	-0.9257	-0.0132	0.1392	-0.0062	0.0909	0.2039	0.4975	0.0857	-0.169	0.3685	-0.1168	0.4435	0.897	13.2446	54.2776
3	6.5563	-0.4272	0.7073	4.4506	0.6584	2.045	0.0865	0.3632	-0.1452	-0.2767	0.0141	-0.9098	0.0969	0.7824	0.1386	0.4668	0.1687	-0.1507	0.5391	-0.0118	0.4866	10.4825	15.508	56.2303
4	8.2861	-0.8108	-1.4813	5.6104	-0.3017	6.6471	-0.1362	-0.9216	-1.0133	0.7266	-0.0567	0.749	1.2559	0.0174	0.1641	0.7324	0.0607	-0.1146	0.3263	0.0294	0.6087	-0.3816	9.9473	68.3192
5	2.897	-0.1907	-1.2196	4.1828	0.0738	3.8453	0.1366	-0.1206	-0.0428	-0.0358	-0.1046	-0.2559	0.1766	0.2411	0.0404	0.3048	0.0536	-0.1702	0.2532	0.0205	0.3538	4.7632	20.2791	64.5296
6	4.1007	-1.583	-1.5723	8.3288	2.6464	4.6844	-0.2005	1.1066	-1.2898	-0.2074	-0.0364	1.3354	-0.0072	-0.488	-0.0821	0.4246	-0.0504	-0.2055	0.4933	-0.0584	0.897	-12.6856	13.9639	61.2394
7	6.1501	1.14	1.0019	5.0818	-0.1065	4.5874	0.3853	-1.2091	-0.2223	0.9237	-0.4444	0.2255	0.2124	0.1186	-0.1012	0.4357	-0.0293	-0.0446	0.348	0.0543	0.4035	-0.9625	21.0737	72.4543
8	2.6395	-0.3623	-1.0317	3.9369	-1.2802	3.9566	0.2156	-0.1135	-0.0439	0.1856	-0.0191	0.1369	-0.0289	-0.1052	-0.2816	0.3008	0.01	-0.0659	0.2081	0.0242	0.3001	-1.8708	28.6095	63.114
9	4.7121	-0.6562	0.4198	2.9087	-0.4389	8.8062	0.0538	0.4361	-0.1706	0.0297	-0.1025	-0.4805	0.5111	0.8667	-0.2771	0.3272	0.0931	-0.0691	0.2439	-0.0299	0.4301	2.2179	31.8484	55.7387
10	8.2865	-0.9638	3.6584	4.2152	-1.3095	7.0958	1.1744	1.2057	-1.1207	-0.028	-0.2967	-0.6741	1.476	0.6596	-0.331	0.5276	0.0837	-0.205	0.3649	-0.0583	0.4801	-3.04	26.1169	45.1232
11	4.8567	-0.1423	2.289	2.6865	0.483	2.1979	-0.0457	0.184	0.0082	0.4191	-0.2084	-0.168	1.0787	0.8069	-0.2898	0.3996	0.0899	-0.1004	0.2795	-0.0024	0.3753	1.8194	31.9338	63.8916

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 17 )	A	2 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 27 )	A	18 - 27
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 28 through 37 )	A	28 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 38 through 47 )	A	38 - 47
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 48 through 70 )	A	48 - 70
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 71 through 78 )	A	71 - 78
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 79 through 93 )	A	79 - 93
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 94 through 116 )	A	94 - 116
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 117 through 132 )	A	117 - 132
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 133 through 146 )	A	133 - 146
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 147 through 154 )	A	147 - 154

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)