PDB-2gao: Crystal Structure of Human SAR1a in Complex With GDP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gao

タイトル

Crystal Structure of Human SAR1a in Complex With GDP

要素

GTP-binding protein SAR1a

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / gtpase / structural genomics consortium / gdp / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid sensor activity / regulation of COPII vesicle coating / regulation of TORC1 signaling / cellular response to leucine starvation / COPII-coated vesicle cargo loading / vesicle organization / COPII vesicle coating / COPII vesicle coat / membrane organization / Golgi cisterna membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wang, J. / Dimov, S. / Tempel, W. / Yaniw, D. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human SAR1a in Complex With GDP
著者: Wang, J. / Dimov, S. / Tempel, W. / Yaniw, D. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.

履歴

登録	2006年3月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

Author states that biological unit for the protein is not yet known

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gao.cif.gz	83.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gao.ent.gz	61 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gao.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/2gao ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ga/2gao	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1f6bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1f6b-d 1p1b-2 4n7d-2 1dyj-d 1d1q-d 2fmx-d 3d3d-d 2fa9-d 4n7c-2 1p1b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GTP-binding protein SAR1a

B: GTP-binding protein SAR1a

ヘテロ分子

47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.295, 63.814, 62.132
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.94, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

not known

#1: タンパク質	GTP-binding protein SAR1a / COPII-associated small GTPase 分子量: 23208.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SAR1A, SAR1, SARA, SARA1 / プラスミド: p28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE-3)-RIL / 参照: UniProt: Q9NR31
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.71 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30% PEG8000, 0.2M ammonium sulfate, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→30 Å / Num. obs: 29052 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.199 / Χ²: 1.356 / Net I/σ(I): 5

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	Num. unique obs	Χ²	R_merge(I) obs
2-2.07	99.2	4	2875	1.096
2.07-2.15	100	4.2	2883	1.381	0.788
2.15-2.25	100	4.2	2911	1.238	0.627
2.25-2.37	100	4.2	2869	1.192	0.621
2.37-2.52	100	4.3	2899	1.21	0.489
2.52-2.71	100	4.3	2903	1.219	0.406
2.71-2.99	100	4.3	2898	1.272	0.3
2.99-3.42	100	4.4	2916	1.544	0.16
3.42-4.31	100	4.4	2908	1.796	0.092
4.31-30	99.5	4.3	2990	1.56	0.057

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry: 1F6B

1f6b

解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / WR_factor R_free: 0.228 / WR_factor R_work: 0.191 / SU B: 5.341 / SU ML: 0.146 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.175
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, ARP/wARP by LAMZIN,PERRAKIS,MORRIS was also used for refinement

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2694	1470	5.067 %	thin shells
R_work	0.2238	-	-	-
all	0.226	-	-	-
obs	-	29010	99.227 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.669 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.914 Å²	0 Å²	0.138 Å²
2-	-	-1.376 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.538 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2661	0	58	61	2780

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.422	2.007	3742
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.953	3	4560
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.935	5	334
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.112	24.375	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.564	15	508
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.716	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	437
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2952
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	542
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	491
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.187	0.2	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1306
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	1327
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.261	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.205	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.066	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.71	2	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.605	2	692
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.217	3	2682
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.218	2	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.019	3	1058

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.052	0.39	98	0.306	1864	0.31	2146	91.426
2.052-2.108	0.336	98	0.293	1936	0.295	2038	99.804
2.108-2.169	0.355	98	0.283	1936	0.286	2036	99.902
2.169-2.235	0.344	98	0.281	1878	0.284	1976	100
2.235-2.308	0.328	98	0.273	1821	0.276	1923	99.792
2.308-2.388	0.301	98	0.25	1784	0.253	1882	100
2.388-2.478	0.29	98	0.236	1681	0.239	1779	100
2.478-2.578	0.27	98	0.234	1616	0.236	1716	99.883
2.578-2.692	0.251	98	0.23	1562	0.231	1660	100
2.692-2.822	0.258	49	0.23	1525	0.231	1575	99.937
2.822-2.973	0.268	98	0.237	1425	0.239	1523	100
2.973-3.152	0.27	49	0.224	1356	0.226	1410	99.645
3.152-3.367	0.278	98	0.208	1253	0.213	1351	100
3.367-3.633	0.236	49	0.191	1200	0.193	1249	100
3.633-3.974	0.259	49	0.181	1112	0.184	1165	99.657
3.974-4.433	0.232	49	0.167	1002	0.17	1053	99.81
4.433-5.1	0.162	49	0.168	885	0.168	935	99.893
5.1-6.202	0.236	49	0.208	742	0.209	791	100
6.202-8.589	0.227	49	0.221	588	0.221	638	99.843
8.589-30		0	0.207	374	0.207	390	95.897

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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