PDB-6ao0: CAT192 Fab Insertion Mutant H2/L2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ao0

タイトル

CAT192 Fab Insertion Mutant H2/L2

要素

CAT192 Fab Heavy chain
CAT192 Fab Light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Fab / TGF-Beta / protein engineering / antibody engineering

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Lord, D.M. / Wei, R.R.

引用

ジャーナル: MAbs / 年: 2018
タイトル: Structure-based engineering to restore high affinity binding of an isoform-selective anti-TGF beta 1 antibody.
著者: Lord, D.M. / Bird, J.J. / Honey, D.M. / Best, A. / Park, A. / Wei, R.R. / Qiu, H.

履歴

登録	2017年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ao0.cif.gz	181.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ao0.ent.gz	143.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ao0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ao0_validation.pdf.gz	448.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ao0_full_validation.pdf.gz	450.3 KB	表示
XML形式データ	6ao0_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	6ao0_validation.cif.gz	26.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/6ao0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/6ao0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6amjSC 6ammC 6anpC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zgi-d 6sq3-d 4c05-1 5d8i-d 5u78-d 6sqh-d 4qqk-1 6tct-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

L: CAT192 Fab Light chain

H: CAT192 Fab Heavy chain

ヘテロ分子

48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.060, 86.590, 45.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.570, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	L-367- HOH
2	1	H-491- HOH
3	1	H-518- HOH
4	1	H-519- HOH

#1: 抗体	CAT192 Fab Light chain 分子量: 23281.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	CAT192 Fab Heavy chain 分子量: 24706.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.58 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 2M Ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate trihydrate pH 4.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5419 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→31.237 Å / Num. obs: 16303 / B_iso Wilson estimate: 27.15 Å²
反射シェル	解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.332 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 7335 / % possible all: 85.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
CrystalClear		データ収集
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
iMOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6AMJ

6amj

解像度: 2.35→31.237 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	768	4.71 %
R_work	0.2057	15535	-
obs	0.2082	16303	92.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.19 Å² / B_iso mean: 33.8855 Å² / B_iso min: 9.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.35→31.237 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3235	0	25	204	3464
B_iso mean	-	-	65.11	29.88	-
残基数	-	-	-	-	427

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3330
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.483	4532
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	506
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	577
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.732	1952

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.35-2.5314	0.3089	142	0.2757	2890	3032	87
2.5314-2.786	0.3256	167	0.2626	3087	3254	93
2.786-3.1888	0.276	154	0.2339	3124	3278	94
3.1888-4.0162	0.2474	155	0.1828	3177	3332	95
4.0162-31.2394	0.2204	150	0.1702	3257	3407	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3603	0.6512	0.5453	2.3982	0.562	2.8562	-0.0556	0.1075	0.0952	-0.0385	-0.0682	-0.0531	-0.1702	0.0506	0.0793	0.113	-0.0242	0.0129	0.1114	0.035	0.2238	5.571	12.2644	-9.254
2	3.6463	-1.2196	2.8317	0.4402	-0.967	2.2124	0.0419	0.2696	-0.4435	0.3646	-0.0766	0.0263	-0.2593	0.771	0.0005	0.3093	-0.1165	0.0276	0.464	-0.0599	0.753	26.1997	11.9379	-1.583
3	5.0268	-1.2853	0.195	2.5293	-0.2257	2.2	-0.0369	-0.2116	0.3271	0.0566	0.0018	-0.4653	0.0943	0.5361	0.0658	0.1797	0.0533	0.005	0.3986	0.0112	0.385	31.6394	-4.1525	17.5928
4	1.7009	-1.1486	0.8281	5.8747	-3.9132	5.7871	-0.0269	-0.777	-0.6863	0.1942	0.436	0.8041	-0.005	-0.6974	-0.3879	0.2647	-0.1873	0.0479	0.3248	-0.0186	0.2417	-18.1492	-18.079	10.2933
5	1.4082	-1.1411	0.6534	1.3816	-0.4356	3.0327	-0.0179	-0.1574	0.12	0.0117	-0.1683	0.0996	0.4097	-0.3213	0.1189	0.1707	-0.1123	0.0269	0.1303	0.0147	0.2201	-17.4785	-14.998	-1.571
6	7.9819	1.3006	2.8777	1.2549	0.7762	2.6053	-0.0046	-0.2716	0.0446	0.3467	-0.0653	0.3485	0.2154	-0.2384	0.0956	0.2116	-0.0407	0.0414	0.1448	0.0494	0.3756	-17.8916	-21.9193	-0.0061
7	2.544	2.2599	1.1395	7.3385	0.8683	4.3952	0.1813	0.272	0.0847	0.7233	0.0312	0.316	0.0129	0.4644	-0.2046	0.1361	-0.0805	0.0184	0.2661	0.0676	0.2595	-9.6465	-18.1671	7.2487
8	1.1869	-0.0502	1.0811	-0.0094	-0.3728	3.1333	-0.1405	-0.1787	-0.019	0.1355	0.0618	-0.0067	-0.1285	-0.2779	0.0838	0.2759	-0.0473	0.0646	0.1098	-0.0418	0.2614	-10.0604	-8.8248	6.8029
9	2.4813	0.3478	0.5469	4.2323	-0.3016	4.5218	-0.0745	-0.2543	0.2699	0.2946	0.2193	0.0271	-0.1853	0.2225	-0.1504	0.1633	0.0337	0.0134	0.1907	-0.0676	0.3117	18.2172	-0.5845	22.8088
10	2.1724	0.0071	-0.7335	4.2729	0.6586	3.2202	-0.0238	-0.2132	0.7163	0.4412	0.2149	-0.8226	-0.2221	-0.0611	-0.0888	0.0887	0.0665	-0.0157	0.153	-0.0061	0.3919	17.7708	-2.9547	15.9889
11	4.0621	0.1757	0.9286	5.3007	1.0903	6.7619	0.1447	-0.546	0.7111	-0.3117	-0.1877	-0.6645	-0.9615	0.6315	-0.0249	0.2113	-0.0935	0.0464	0.3677	-0.041	0.4751	19.3771	4.0491	22.2426
12	5.5517	0.6124	0.1888	7.1343	1.5797	2.3385	0.2007	-0.9185	0.2269	1.1125	0.1886	0.4793	0.1816	-0.2125	0.0693	0.1959	0.136	0.1534	0.34	-0.0835	0.3036	10.2052	-1.2367	26.226

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'L' and (resid 1 through 102 )	L	1 - 102
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'L' and (resid 103 through 115 )	L	103 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'L' and (resid 116 through 213 )	L	116 - 213
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 1 through 17 )	H	1 - 17
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 18 through 60 )	H	18 - 60
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 61 through 83 )	H	61 - 83
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'H' and (resid 84 through 97 )	H	84 - 97
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'H' and (resid 98 through 131 )	H	98 - 131
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'H' and (resid 132 through 169 )	H	132 - 169
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'H' and (resid 170 through 187 )	H	170 - 187
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'H' and (resid 188 through 206 )	H	188 - 206
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'H' and (resid 207 through 224 )	H	207 - 224

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)