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- PDB-6anv: Crystal structure of anti-CRISPR protein AcrF1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6anv
タイトルCrystal structure of anti-CRISPR protein AcrF1
要素anti-CRISPR protein AcrF1 fused with C-terminal MBP tag
キーワードIMMUNE SYSTEM / Type I-F CRISPR-Cas system: Csy Cascade: Structure: anti-CRISPR protein: Inhibition of Csy complex: Genome editing tool
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate transmembrane transporter activity / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / Anti-CRISPR protein Acr30-35/AcrF1 / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotetraose / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Uncharacterized protein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.265 Å
データ登録者Yang, H. / Patel, D.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)GM104962 米国
Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Core GrantP30CA008748 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Cryo-EM Structures Reveal Mechanism and Inhibition of DNA Targeting by a CRISPR-Cas Surveillance Complex.
著者: Tai Wei Guo / Alberto Bartesaghi / Hui Yang / Veronica Falconieri / Prashant Rao / Alan Merk / Edward T Eng / Ashleigh M Raczkowski / Tara Fox / Lesley A Earl / Dinshaw J Patel / Sriram Subramaniam /
要旨: Prokaryotic cells possess CRISPR-mediated adaptive immune systems that protect them from foreign genetic elements, such as invading viruses. A central element of this immune system is an RNA-guided ...Prokaryotic cells possess CRISPR-mediated adaptive immune systems that protect them from foreign genetic elements, such as invading viruses. A central element of this immune system is an RNA-guided surveillance complex capable of targeting non-self DNA or RNA for degradation in a sequence- and site-specific manner analogous to RNA interference. Although the complexes display considerable diversity in their composition and architecture, many basic mechanisms underlying target recognition and cleavage are highly conserved. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), we show that the binding of target double-stranded DNA (dsDNA) to a type I-F CRISPR system yersinia (Csy) surveillance complex leads to large quaternary and tertiary structural changes in the complex that are likely necessary in the pathway leading to target dsDNA degradation by a trans-acting helicase-nuclease. Comparison of the structure of the surveillance complex before and after dsDNA binding, or in complex with three virally encoded anti-CRISPR suppressors that inhibit dsDNA binding, reveals mechanistic details underlying target recognition and inhibition.
履歴
登録2017年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: anti-CRISPR protein AcrF1 fused with C-terminal MBP tag
B: anti-CRISPR protein AcrF1 fused with C-terminal MBP tag
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,89823
ポリマ－99,5462
非ポリマー3,35121
水4,558253
1
A: anti-CRISPR protein AcrF1 fused with C-terminal MBP tag
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,39611
ポリマ－49,7731
非ポリマー1,62310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: anti-CRISPR protein AcrF1 fused with C-terminal MBP tag
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,50212
ポリマ－49,7731
非ポリマー1,72911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.389, 63.245, 96.733
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 anti-CRISPR protein AcrF1 fused with C-terminal MBP tag / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein


分子量: 49773.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage JBD30 (ファージ), (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
遺伝子: JBD30_035, malE, Z5632, ECs5017 / プラスミド: pRSFDuet-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: L7P7M1, UniProt: P0AEY0
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 5種, 272分子

#3: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.2
詳細: 0.1 M MES (pH 6.2), 2.5% PEG 3000 (v/v), and 42% PEG400 (v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月11日 / 詳細: LR-Design detector positioner
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 47647 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 26.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 1.03 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 195221
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.383.30.41146680.840.2340.4760.84397.2
2.38-2.483.70.35847040.8710.1960.4110.8998.6
2.48-2.594.20.31647820.9120.1610.3570.93599.5
2.59-2.734.30.26447430.9270.1360.2990.97599
2.73-2.94.10.21347530.9550.1110.2411.0798.6
2.9-3.124.10.1747590.9640.0890.1931.12199.2
3.12-3.444.40.13247750.9810.0670.1491.21399.1
3.44-3.934.10.10247540.9830.0550.1171.27398.4
3.93-4.954.40.08348360.9890.0430.0941.07399.3
4.95-504.10.0748730.9910.0370.080.83697.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EXK

4exk


解像度: 2.265→45.871 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 2310 4.85 %
Rwork0.1648 --
obs0.1676 47627 96.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.265→45.871 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7014 0 221 253 7488
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087386
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9359975
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.8762897
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1591088
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061268
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2649-2.31110.2442830.21431619X-RAY DIFFRACTION59
2.3111-2.36130.31711390.19262698X-RAY DIFFRACTION98
2.3613-2.41630.23411340.1852648X-RAY DIFFRACTION98
2.4163-2.47670.26541390.18422725X-RAY DIFFRACTION99
2.4767-2.54360.27151350.17312734X-RAY DIFFRACTION99
2.5436-2.61850.23151240.17272756X-RAY DIFFRACTION99
2.6185-2.7030.25821410.16542710X-RAY DIFFRACTION99
2.703-2.79960.21481350.16592721X-RAY DIFFRACTION99
2.7996-2.91170.2641120.17742740X-RAY DIFFRACTION99
2.9117-3.04420.21991440.18312740X-RAY DIFFRACTION99
3.0442-3.20460.24011600.17452720X-RAY DIFFRACTION99
3.2046-3.40530.22981480.17112714X-RAY DIFFRACTION99
3.4053-3.66820.19431450.15732721X-RAY DIFFRACTION99
3.6682-4.03710.20661340.14192743X-RAY DIFFRACTION98
4.0371-4.62080.20121390.13592785X-RAY DIFFRACTION99
4.6208-5.81990.1941330.16062752X-RAY DIFFRACTION98
5.8199-45.87990.20841650.16982791X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -70.2402 Å / Origin y: -58.7448 Å / Origin z: 25.1715 Å
111213212223313233
T0.1498 Å20.002 Å20.0049 Å2-0.1703 Å2-0.0349 Å2--0.1812 Å2
L0.0296 °20.0091 °2-0.0604 °2-0.2057 °2-0.1941 °2--0.7495 °2
S0.0108 Å °-0.0193 Å °0.0104 Å °-0.0016 Å °-0.0125 Å °-0.0552 Å °0.0092 Å °0.1434 Å °0.0044 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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