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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ans
タイトルCrystal structure of a putative uncharacterized protein from Burkholderia cenocepacia
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / SSGCID / structural genomics / Burkholderia cenocepacia / phosphate / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性Domain of unknown function DUF1214 / Protein of unknown function (DUF1214) / PHOSPHATE ION / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Burkholderia cenocepacia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative uncharacterized protein from Burkholderia cenocepacia
著者: Bowatte, K. / Delker, S.L. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,14122
ポリマ－175,0064
非ポリマー1,13418
水13,890771
1
A: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,07011
ポリマ－87,5032
非ポリマー5679
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area27210 Å2
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,07011
ポリマ－87,5032
非ポリマー5679
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5820 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area27180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.100, 134.470, 98.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.430, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...
21(chain B and ((resid 6 through 7 and (name N...
31(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...
41(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...A6 - 27
121(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...A29 - 52
131(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...A54 - 72
141(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...A74 - 76
151(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...A78 - 101
161(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...A102
171(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...A2 - 401
181(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...A2 - 401
191(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...A2 - 401
1101(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...A2 - 401
211(chain B and ((resid 6 through 7 and (name N...B6 - 7
221(chain B and ((resid 6 through 7 and (name N...B1 - 401
231(chain B and ((resid 6 through 7 and (name N...B1 - 401
241(chain B and ((resid 6 through 7 and (name N...B1 - 401
251(chain B and ((resid 6 through 7 and (name N...B1 - 401
311(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...C6 - 27
321(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...C29 - 52
331(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...C54 - 72
341(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...C74 - 76
351(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...C78 - 140
361(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...C141 - 142
371(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...C6 - 401
381(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...C6 - 401
391(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...C6 - 401
3101(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...C6 - 401
411(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...D6 - 27
421(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...D29 - 52
431(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...D54 - 72
441(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...D74 - 76
451(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...D78 - 101
461(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...D102
471(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...D6 - 401
481(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...D6 - 401
491(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...D6 - 401
4101(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...D6 - 401

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Uncharacterized protein / BuceA.18021.a.A1


分子量: 43751.543 Da / 分子数: 4 / 断片: BuceA.18021.a.A1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (バクテリア)
株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610
遺伝子: BCAL2258 / プラスミド: BuceA.18021.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4EDY7

-
非ポリマー , 5種, 789分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 771 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Microlytic MCSG 1 screen, B1 (100 mM MES/sodium hydroxide, pH 6.5, 20% w/v PEG4000, 0.6 M sodium chloride), 20 mg/mL BuceA.18021.a.A1.PD00490 (SE-MET), cryoprotectant: 20% ethylene glycol, ...詳細: Microlytic MCSG 1 screen, B1 (100 mM MES/sodium hydroxide, pH 6.5, 20% w/v PEG4000, 0.6 M sodium chloride), 20 mg/mL BuceA.18021.a.A1.PD00490 (SE-MET), cryoprotectant: 20% ethylene glycol, tray 290946 B1, puck QUF9-5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月23日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→46.071 Å / Num. obs: 81463 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.863 % / Biso Wilson estimate: 29.6 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 1.262 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.2-2.263.8820.5282.84118970.8790.61299.9
2.26-2.323.8870.4673.37116880.8930.54199.8
2.32-2.393.8930.3754.09112900.9270.43499.9
2.39-2.463.890.3144.85109060.950.364100
2.46-2.543.8930.2735.69106130.9590.316100
2.54-2.633.8980.2386.57102770.9680.276100
2.63-2.733.8980.1878.1399920.980.217100
2.73-2.843.9020.1569.5695300.9850.181100
2.84-2.973.8990.13610.992240.9880.157100
2.97-3.113.8950.11412.8787260.990.132100
3.11-3.283.8860.08715.8283280.9940.102100
3.28-3.483.8680.06918.9978220.9960.081100
3.48-3.723.8570.05821.7374150.9970.06799.9
3.72-4.023.8460.0524.3268440.9970.05899.9
4.02-4.43.8140.04126.7363500.9980.048100
4.4-4.923.7740.03728.2157030.9980.04399.7
4.92-5.683.7580.03827.3150460.9980.04499.6
5.68-6.963.6810.03926.4741640.9980.04697.9
6.96-9.843.680.03130.3132300.9980.03697.8
9.84-503.5960.02732.0617370.9980.03297.2

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PARROT位相決定
ARPモデル構築
Cootモデル構築
PHENIXdev_2849精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→46.071 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.14 / 位相誤差: 19
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1884 1970 2.42 %0, random
Rwork0.1504 ---
obs0.1513 81463 99.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.69 Å2 / Biso mean: 36.554 Å2 / Biso min: 8.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→46.071 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11208 0 66 784 12058
Biso mean--32.53 39.69 -
残基数----1457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811616
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91115874
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581730
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062096
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9126862
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6360X-RAY DIFFRACTION7.745TORSIONAL
12B6360X-RAY DIFFRACTION7.745TORSIONAL
13C6360X-RAY DIFFRACTION7.745TORSIONAL
14D6360X-RAY DIFFRACTION7.745TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2001-2.25510.19931150.168556805795
2.2551-2.31610.17651160.160257035819
2.3161-2.38420.21631340.156256785812
2.3842-2.46120.21351480.161756075755
2.4612-2.54910.21531680.164656215789
2.5491-2.65120.26711470.165556745821
2.6512-2.77180.22471220.1656705792
2.7718-2.9180.17271380.172256905828
2.918-3.10070.2421230.178357005823
3.1007-3.34010.19811620.166356215783
3.3401-3.67610.18211710.150156965867
3.6761-4.20770.16591710.129556395810
4.2077-5.30.14661170.116457515868
5.3-46.08080.17781380.150457635901
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2826-1.5021-0.81784.1894-0.36911.08660.07910.2625-0.3523-0.1237-0.1555-0.06330.14230.03070.07880.24650.0119-0.00740.3748-0.01350.270671.734665.333812.5043
21.4086-0.1095-0.00831.835-0.02221.0860.02490.19730.2554-0.0274-0.0733-0.1338-0.28430.14390.03760.2224-0.0318-0.02780.26940.0670.261560.28985.596720.4242
30.91850.09410.19840.7358-0.0410.7585-0.0060.12020.09990.0176-0.05180.1215-0.065-0.12330.04770.22750.01220.03720.3119-0.01930.263135.678460.5602-24.22
42.5571-1.17351.02743.5811-0.06611.18720.31130.55740.0663-0.6062-0.34160.2352-0.0639-0.09230.04250.30270.0818-0.03190.4588-0.01460.285922.550862.8728-40.481
51.4226-0.1774-0.01911.81920.16761.1350.00910.1806-0.2905-0.0086-0.09130.17240.2718-0.15380.06890.2188-0.0360.03620.2756-0.07280.283932.888944.3359-28.6463
60.72290.44760.55341.1498-0.21261.50760.003-0.08810.03680.0912-0.02670.0610.0156-0.1680.03220.1989-0.00180.02950.2790.00340.226740.91664.169428.233
72.6294-0.6810.01572.5348-0.14531.6828-0.00220.07350.2041-0.11250.07540.0549-0.1208-0.3738-0.08390.2191-0.01050.01520.35290.00430.283926.176170.873811.8401
81.10081.12351.95262.09911.52153.539-0.08770.08780.1516-0.36230.0367-0.0983-0.2814-0.00080.02990.2297-0.02730.07740.30530.05810.265137.252773.993510.0859
90.82050.02980.28892.37750.49171.61220.0263-0.0503-0.1712-0.0464-0.01050.09240.396-0.23250.00930.2862-0.05890.02280.28480.03190.234933.968950.931120.2099
101.41530.20691.02972.2240.96493.12080.09290.2577-0.2954-0.56270.0865-0.37760.580.135-0.14260.5563-0.04160.06070.2246-0.060.373540.205540.27746.8374
110.1844-0.2152-0.40220.9741.29731.9289-0.09410.1312-0.58010.0646-0.0430.24350.5927-0.13720.0990.5068-0.1155-0.00910.2587-0.02160.421533.421738.477811.5794
120.4491.5621-0.52538.314-1.36333.49530.0225-0.1233-0.10760.6079-0.1337-0.75590.21360.35240.12030.25370.0071-0.05690.3270.00160.279452.549659.6141-8.571
131.6846-0.2106-0.81451.53790.55591.77-0.0141-0.0433-0.0644-0.0181-0.03460.0944-0.12660.15550.04670.1905-0.0261-0.01760.24260.00350.202152.256668.3046-26.1858
142.7472-0.71650.18632.75110.09521.4654-0.01720.0492-0.2001-0.13650.0686-0.09520.14980.373-0.06130.21810.0052-0.0010.3471-0.00770.281167.10859.1009-37.0554
151.26690.8888-1.69891.574-0.59282.5371-0.10990.1107-0.1842-0.18930.09120.11890.0779-0.1243-0.03950.2165-0.0144-0.07140.3353-0.06790.272755.911556.2382-38.9297
160.84710.1056-0.26152.2855-0.56171.54440.03-0.02060.2179-0.0954-0.0005-0.0166-0.43540.1711-0.010.308-0.0509-0.01290.2361-0.02550.231257.882881.5605-32.0645
170.1906-0.18220.41780.9781-1.28421.9647-0.08110.07170.4902-0.0107-0.0033-0.2083-0.67850.12440.11040.5088-0.10540.02410.27460.00630.396259.93291.4552-37.3753
181.05770.1652-0.24770.83260.16190.6443-0.01140.1061-0.12480.0433-0.0557-0.1460.04340.10260.0760.22370.0114-0.0310.2970.01740.256457.421269.416924.8689
192.4705-1.14491.01335.1107-0.73187.35130.49560.78190.1914-1.1842-0.4698-0.0978-0.14220.2986-0.09570.36990.18240.0760.70150.05660.370869.383169.11263.6344
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 152 through 175 )C152 - 175
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 176 through 365 )C176 - 365
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 6 through 129 )D6 - 129
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 130 through 175 )D130 - 175
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 176 through 365 )D176 - 365
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 2 through 94 )A2 - 94
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 95 through 175 )A95 - 175
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 176 through 202 )A176 - 202
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 203 through 302 )A203 - 302
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 303 through 338 )A303 - 338
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 339 through 369 )A339 - 369
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1 through 31 )B1 - 31
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 32 through 94 )B32 - 94
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 95 through 175 )B95 - 175
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 176 through 202 )B176 - 202
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 203 through 338 )B203 - 338
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 339 through 369 )B339 - 369
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 6 through 129 )C6 - 129
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 130 through 151 )C130 - 151

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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