PDB-6ans: Crystal structure of a putative uncharacterized protein from Burk...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ans

タイトル

Crystal structure of a putative uncharacterized protein from Burkholderia cenocepacia

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / SSGCID / structural genomics / Burkholderia cenocepacia / phosphate / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

Domain of unknown function DUF1214 / Protein of unknown function (DUF1214) / PHOSPHATE ION / DUF1214 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia cenocepacia (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative uncharacterized protein from Burkholderia cenocepacia
著者: Bowatte, K. / Delker, S.L. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2017年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ans.cif.gz	590.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ans.ent.gz	487.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ans.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ans_validation.pdf.gz	470.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ans_full_validation.pdf.gz	474.2 KB	表示
XML形式データ	6ans_validation.xml.gz	63.9 KB	表示
CIF形式データ	6ans_validation.cif.gz	88 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/6ans ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/6ans	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5cer-2 5cer-6 5ced-d 6lcu-d 5cec-d 6hbv-d 6eeq-1 3ntj-2 3lg0-2 6tbl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BuceA.18021.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

176 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, dimeric
88.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Uncharacterized protein

D: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
88.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	62.100, 134.470, 98.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.430, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...
2	1	(chain B and ((resid 6 through 7 and (name N...
3	1	(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...
4	1	(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	GLY	GLY	(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...	A	A	6 - 27	27 - 48
1	2	GLN	GLN	LEU	LEU	(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...	A	A	29 - 52	50 - 73
1	3	ARG	ARG	PHE	PHE	(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...	A	A	54 - 72	75 - 93
1	4	PRO	PRO	HIS	HIS	(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...	A	A	74 - 76	95 - 97
1	5	THR	THR	TYR	TYR	(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...	A	A	78 - 101	99 - 122
1	6	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...	A	A	102	123
1	7	THR	THR	PO4	PO4	(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...	A	A - E	2 - 401	23
1	8	THR	THR	PO4	PO4	(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...	A	A - E	2 - 401	23
1	9	THR	THR	PO4	PO4	(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...	A	A - E	2 - 401	23
1	10	THR	THR	PO4	PO4	(chain A and (resid 6 through 27 or resid 29...	A	A - E	2 - 401	23
2	1	ARG	ARG	ALA	ALA	(chain B and ((resid 6 through 7 and (name N...	B	B	6 - 7	27 - 28
2	2	MSE	MSE	PO4	PO4	(chain B and ((resid 6 through 7 and (name N...	B	B - I	1 - 401	22
2	3	MSE	MSE	PO4	PO4	(chain B and ((resid 6 through 7 and (name N...	B	B - I	1 - 401	22
2	4	MSE	MSE	PO4	PO4	(chain B and ((resid 6 through 7 and (name N...	B	B - I	1 - 401	22
2	5	MSE	MSE	PO4	PO4	(chain B and ((resid 6 through 7 and (name N...	B	B - I	1 - 401	22
3	1	ARG	ARG	GLY	GLY	(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...	C	C	6 - 27	27 - 48
3	2	GLN	GLN	LEU	LEU	(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...	C	C	29 - 52	50 - 73
3	3	ARG	ARG	PHE	PHE	(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...	C	C	54 - 72	75 - 93
3	4	PRO	PRO	HIS	HIS	(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...	C	C	74 - 76	95 - 97
3	5	THR	THR	GLU	GLU	(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...	C	C	78 - 140	99 - 161
3	6	ILE	ILE	ALA	ALA	(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...	C	C	141 - 142	162 - 163
3	7	ARG	ARG	NA	NA	(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...	C	C - M	6 - 401	27
3	8	ARG	ARG	NA	NA	(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...	C	C - M	6 - 401	27
3	9	ARG	ARG	NA	NA	(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...	C	C - M	6 - 401	27
3	10	ARG	ARG	NA	NA	(chain C and (resid 6 through 27 or resid 29...	C	C - M	6 - 401	27
4	1	ARG	ARG	GLY	GLY	(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...	D	D	6 - 27	27 - 48
4	2	GLN	GLN	LEU	LEU	(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...	D	D	29 - 52	50 - 73
4	3	ARG	ARG	PHE	PHE	(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...	D	D	54 - 72	75 - 93
4	4	PRO	PRO	HIS	HIS	(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...	D	D	74 - 76	95 - 97
4	5	THR	THR	TYR	TYR	(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...	D	D	78 - 101	99 - 122
4	6	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...	D	D	102	123
4	7	ARG	ARG	NA	NA	(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...	D	D - R	6 - 401	27
4	8	ARG	ARG	NA	NA	(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...	D	D - R	6 - 401	27
4	9	ARG	ARG	NA	NA	(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...	D	D - R	6 - 401	27
4	10	ARG	ARG	NA	NA	(chain D and (resid 6 through 27 or resid 29...	D	D - R	6 - 401	27

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Uncharacterized protein / BuceA.18021.a.A1 分子量: 43751.543 Da / 分子数: 4 / 断片: BuceA.18021.a.A1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (バクテリア) 株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 遺伝子: BCAL2258 / プラスミド: BuceA.18021.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4EDY7

#1: タンパク質

Uncharacterized protein / BuceA.18021.a.A1

分子量: 43751.543 Da / 分子数: 4 / 断片: BuceA.18021.a.A1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (バクテリア)
株: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610
遺伝子: BCAL2258 / プラスミド: BuceA.18021.a.A1 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4EDY7

-
非ポリマー , 5種, 789分子

#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 771 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Microlytic MCSG 1 screen, B1 (100 mM MES/sodium hydroxide, pH 6.5, 20% w/v PEG4000, 0.6 M sodium chloride), 20 mg/mL BuceA.18021.a.A1.PD00490 (SE-MET), cryoprotectant: 20% ethylene glycol, ...詳細: Microlytic MCSG 1 screen, B1 (100 mM MES/sodium hydroxide, pH 6.5, 20% w/v PEG4000, 0.6 M sodium chloride), 20 mg/mL BuceA.18021.a.A1.PD00490 (SE-MET), cryoprotectant: 20% ethylene glycol, tray 290946 B1, puck QUF9-5

結晶

マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Microlytic MCSG 1 screen, B1 (100 mM MES/sodium hydroxide, pH 6.5, 20% w/v PEG4000, 0.6 M sodium chloride), 20 mg/mL BuceA.18021.a.A1.PD00490 (SE-MET), cryoprotectant: 20% ethylene glycol, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月23日

放射

モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→46.071 Å / Num. obs: 81463 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.863 % / B_iso Wilson estimate: 29.6 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.085 / R_rim(I) all: 0.099 / Χ²: 1.262 / Net I/σ(I): 12.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.26	3.882	0.528	2.84	11897	0.879	0.612	99.9
2.26-2.32	3.887	0.467	3.37	11688	0.893	0.541	99.8
2.32-2.39	3.893	0.375	4.09	11290	0.927	0.434	99.9
2.39-2.46	3.89	0.314	4.85	10906	0.95	0.364	100
2.46-2.54	3.893	0.273	5.69	10613	0.959	0.316	100
2.54-2.63	3.898	0.238	6.57	10277	0.968	0.276	100
2.63-2.73	3.898	0.187	8.13	9992	0.98	0.217	100
2.73-2.84	3.902	0.156	9.56	9530	0.985	0.181	100
2.84-2.97	3.899	0.136	10.9	9224	0.988	0.157	100
2.97-3.11	3.895	0.114	12.87	8726	0.99	0.132	100
3.11-3.28	3.886	0.087	15.82	8328	0.994	0.102	100
3.28-3.48	3.868	0.069	18.99	7822	0.996	0.081	100
3.48-3.72	3.857	0.058	21.73	7415	0.997	0.067	99.9
3.72-4.02	3.846	0.05	24.32	6844	0.997	0.058	99.9
4.02-4.4	3.814	0.041	26.73	6350	0.998	0.048	100
4.4-4.92	3.774	0.037	28.21	5703	0.998	0.043	99.7
4.92-5.68	3.758	0.038	27.31	5046	0.998	0.044	99.6
5.68-6.96	3.681	0.039	26.47	4164	0.998	0.046	97.9
6.96-9.84	3.68	0.031	30.31	3230	0.998	0.036	97.8
9.84-50	3.596	0.027	32.06	1737	0.998	0.032	97.2

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.7.17	位相決定
PARROT		位相決定
ARP		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX	dev_2849	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→46.071 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.14 / 位相誤差: 19

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1884	1970	2.42 %	0, random
R_work	0.1504	-	-	-
obs	0.1513	81463	99.91 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.69 Å² / B_iso mean: 36.554 Å² / B_iso min: 8.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→46.071 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11208	0	66	784	12058
B_iso mean	-	-	32.53	39.69	-
残基数	-	-	-	-	1457

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	11616
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.911	15874
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	1730
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2096
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.912	6862

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	6360	X-RAY DIFFRACTION	7.745	TORSIONAL
1	2	B	6360	X-RAY DIFFRACTION	7.745	TORSIONAL
1	3	C	6360	X-RAY DIFFRACTION	7.745	TORSIONAL
1	4	D	6360	X-RAY DIFFRACTION	7.745	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.2001-2.2551	0.1993	115	0.1685	5680	5795
2.2551-2.3161	0.1765	116	0.1602	5703	5819
2.3161-2.3842	0.2163	134	0.1562	5678	5812
2.3842-2.4612	0.2135	148	0.1617	5607	5755
2.4612-2.5491	0.2153	168	0.1646	5621	5789
2.5491-2.6512	0.2671	147	0.1655	5674	5821
2.6512-2.7718	0.2247	122	0.16	5670	5792
2.7718-2.918	0.1727	138	0.1722	5690	5828
2.918-3.1007	0.242	123	0.1783	5700	5823
3.1007-3.3401	0.1981	162	0.1663	5621	5783
3.3401-3.6761	0.1821	171	0.1501	5696	5867
3.6761-4.2077	0.1659	171	0.1295	5639	5810
4.2077-5.3	0.1466	117	0.1164	5751	5868
5.3-46.0808	0.1778	138	0.1504	5763	5901

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2826	-1.5021	-0.8178	4.1894	-0.3691	1.0866	0.0791	0.2625	-0.3523	-0.1237	-0.1555	-0.0633	0.1423	0.0307	0.0788	0.2465	0.0119	-0.0074	0.3748	-0.0135	0.2706	71.7346	65.3338	12.5043
2	1.4086	-0.1095	-0.0083	1.835	-0.0222	1.086	0.0249	0.1973	0.2554	-0.0274	-0.0733	-0.1338	-0.2843	0.1439	0.0376	0.2224	-0.0318	-0.0278	0.2694	0.067	0.2615	60.289	85.5967	20.4242
3	0.9185	0.0941	0.1984	0.7358	-0.041	0.7585	-0.006	0.1202	0.0999	0.0176	-0.0518	0.1215	-0.065	-0.1233	0.0477	0.2275	0.0122	0.0372	0.3119	-0.0193	0.2631	35.6784	60.5602	-24.22
4	2.5571	-1.1735	1.0274	3.5811	-0.0661	1.1872	0.3113	0.5574	0.0663	-0.6062	-0.3416	0.2352	-0.0639	-0.0923	0.0425	0.3027	0.0818	-0.0319	0.4588	-0.0146	0.2859	22.5508	62.8728	-40.481
5	1.4226	-0.1774	-0.0191	1.8192	0.1676	1.135	0.0091	0.1806	-0.2905	-0.0086	-0.0913	0.1724	0.2718	-0.1538	0.0689	0.2188	-0.036	0.0362	0.2756	-0.0728	0.2839	32.8889	44.3359	-28.6463
6	0.7229	0.4476	0.5534	1.1498	-0.2126	1.5076	0.003	-0.0881	0.0368	0.0912	-0.0267	0.061	0.0156	-0.168	0.0322	0.1989	-0.0018	0.0295	0.279	0.0034	0.2267	40.916	64.1694	28.233
7	2.6294	-0.681	0.0157	2.5348	-0.1453	1.6828	-0.0022	0.0735	0.2041	-0.1125	0.0754	0.0549	-0.1208	-0.3738	-0.0839	0.2191	-0.0105	0.0152	0.3529	0.0043	0.2839	26.1761	70.8738	11.8401
8	1.1008	1.1235	1.9526	2.0991	1.5215	3.539	-0.0877	0.0878	0.1516	-0.3623	0.0367	-0.0983	-0.2814	-0.0008	0.0299	0.2297	-0.0273	0.0774	0.3053	0.0581	0.2651	37.2527	73.9935	10.0859
9	0.8205	0.0298	0.2889	2.3775	0.4917	1.6122	0.0263	-0.0503	-0.1712	-0.0464	-0.0105	0.0924	0.396	-0.2325	0.0093	0.2862	-0.0589	0.0228	0.2848	0.0319	0.2349	33.9689	50.9311	20.2099
10	1.4153	0.2069	1.0297	2.224	0.9649	3.1208	0.0929	0.2577	-0.2954	-0.5627	0.0865	-0.3776	0.58	0.135	-0.1426	0.5563	-0.0416	0.0607	0.2246	-0.06	0.3735	40.2055	40.2774	6.8374
11	0.1844	-0.2152	-0.4022	0.974	1.2973	1.9289	-0.0941	0.1312	-0.5801	0.0646	-0.043	0.2435	0.5927	-0.1372	0.099	0.5068	-0.1155	-0.0091	0.2587	-0.0216	0.4215	33.4217	38.4778	11.5794
12	0.449	1.5621	-0.5253	8.314	-1.3633	3.4953	0.0225	-0.1233	-0.1076	0.6079	-0.1337	-0.7559	0.2136	0.3524	0.1203	0.2537	0.0071	-0.0569	0.327	0.0016	0.2794	52.5496	59.6141	-8.571
13	1.6846	-0.2106	-0.8145	1.5379	0.5559	1.77	-0.0141	-0.0433	-0.0644	-0.0181	-0.0346	0.0944	-0.1266	0.1555	0.0467	0.1905	-0.0261	-0.0176	0.2426	0.0035	0.2021	52.2566	68.3046	-26.1858
14	2.7472	-0.7165	0.1863	2.7511	0.0952	1.4654	-0.0172	0.0492	-0.2001	-0.1365	0.0686	-0.0952	0.1498	0.373	-0.0613	0.2181	0.0052	-0.001	0.3471	-0.0077	0.2811	67.108	59.1009	-37.0554
15	1.2669	0.8888	-1.6989	1.574	-0.5928	2.5371	-0.1099	0.1107	-0.1842	-0.1893	0.0912	0.1189	0.0779	-0.1243	-0.0395	0.2165	-0.0144	-0.0714	0.3353	-0.0679	0.2727	55.9115	56.2382	-38.9297
16	0.8471	0.1056	-0.2615	2.2855	-0.5617	1.5444	0.03	-0.0206	0.2179	-0.0954	-0.0005	-0.0166	-0.4354	0.1711	-0.01	0.308	-0.0509	-0.0129	0.2361	-0.0255	0.2312	57.8828	81.5605	-32.0645
17	0.1906	-0.1822	0.4178	0.9781	-1.2842	1.9647	-0.0811	0.0717	0.4902	-0.0107	-0.0033	-0.2083	-0.6785	0.1244	0.1104	0.5088	-0.1054	0.0241	0.2746	0.0063	0.3962	59.932	91.4552	-37.3753
18	1.0577	0.1652	-0.2477	0.8326	0.1619	0.6443	-0.0114	0.1061	-0.1248	0.0433	-0.0557	-0.146	0.0434	0.1026	0.076	0.2237	0.0114	-0.031	0.297	0.0174	0.2564	57.4212	69.4169	24.8689
19	2.4705	-1.1449	1.0133	5.1107	-0.7318	7.3513	0.4956	0.7819	0.1914	-1.1842	-0.4698	-0.0978	-0.1422	0.2986	-0.0957	0.3699	0.1824	0.076	0.7015	0.0566	0.3708	69.3831	69.1126	3.6344

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 152 through 175 )	C	152 - 175
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 176 through 365 )	C	176 - 365
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'D' and (resid 6 through 129 )	D	6 - 129
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 130 through 175 )	D	130 - 175
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 176 through 365 )	D	176 - 365
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 2 through 94 )	A	2 - 94
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 95 through 175 )	A	95 - 175
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 176 through 202 )	A	176 - 202
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 203 through 302 )	A	203 - 302
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 303 through 338 )	A	303 - 338
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 339 through 369 )	A	339 - 369
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 1 through 31 )	B	1 - 31
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 32 through 94 )	B	32 - 94
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 95 through 175 )	B	95 - 175
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 176 through 202 )	B	176 - 202
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 203 through 338 )	B	203 - 338
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 339 through 369 )	B	339 - 369
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 6 through 129 )	C	6 - 129
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 130 through 151 )	C	130 - 151

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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