[日本語] English
万見
- PDB-6amz: Crystal structure of a domain swapped 2,3,4,5-tetrahydropyridine-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6amz
タイトルCrystal structure of a domain swapped 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase from Acinetobacter baumannii
要素2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
キーワードTRANSFERASE / NIAID / structural genomics / dapD / hospital-derived bacterial infection / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase, transferase hexapeptide repeat family / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, chain A, domain 1 / Tetrahydrodipicolinate-N-succinyltransferase, N-terminal domain superfamily / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase N-terminal / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a domain swapped 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase from Acinetobacter baumannii
著者: Edwards, T.E. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
履歴
登録2017年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7713
ポリマ－30,6131
非ポリマー1582
水2,666148
1
A: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
ヘテロ分子

A: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
ヘテロ分子

A: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,3139
ポリマ－91,8383
非ポリマー4756
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area18790 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area28560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.250, 92.250, 218.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

CA

21A-410-

HOH

31A-449-

HOH

41A-540-

HOH

51A-548-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase / Tetrahydropicolinate succinylase


分子量: 30612.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: dapD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5DL43, 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.3
詳細: AcbaC.00002.a.B1.PS02398 at 23.06 mg/mL against JCSG A4 optimization screen containing 20 mM CaCl2, 38% MPD, 0.1 M sodium acetate pH 4.3, crystal tracking ID 291434c11, unique puck ID stc4-1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→38.331 Å / Num. obs: 22813 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.612 % / Biso Wilson estimate: 35.71 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 29.09
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.05-2.18.740.5183.9116480.9390.551100
2.1-2.168.7240.385.4216110.9640.404100
2.16-2.228.7130.3026.7615820.9780.321100
2.22-2.298.7010.258.3615200.9830.265100
2.29-2.378.7440.18710.7815140.9910.199100
2.37-2.458.7140.15612.7614360.9940.165100
2.45-2.548.7050.1513.113880.9940.159100
2.54-2.658.7450.11117.6313580.9970.118100
2.65-2.768.6710.08322.812840.9980.088100
2.76-2.98.710.06728.7712430.9990.071100
2.9-3.068.6670.04737.5611690.9990.049100
3.06-3.248.5720.04242.9311270.9990.044100
3.24-3.478.5920.03452.69105010.036100
3.47-3.748.5290.0359.6597510.032100
3.74-4.18.4440.02567.0992610.027100
4.1-4.588.4570.02371.5582010.02499.8
4.58-5.298.3880.02272.974210.023100
5.29-6.488.1960.02470.6262810.026100
6.48-9.177.9880.02273.1250310.02399.8
9.17-38.3317.1210.0274.1128910.02296.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3gos

3gos


解像度: 2.05→38.331 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1822 1827 8.02 %
Rwork0.1553 --
obs0.1575 22789 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 109.31 Å2 / Biso mean: 44.8379 Å2 / Biso min: 20.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→38.331 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1931 0 9 149 2089
Biso mean--38.32 50.53 -
残基数----256
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7752751
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005359
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0381209
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.10540.29431490.206215521701100
2.1054-2.16740.23281270.184615861713100
2.1674-2.23730.22011190.172516191738100
2.2373-2.31730.2061610.172515901751100
2.3173-2.41010.18461380.159815901728100
2.4101-2.51970.24711400.179515921732100
2.5197-2.65250.23411250.177216251750100
2.6525-2.81870.20561430.177216141757100
2.8187-3.03620.19861640.154515771741100
3.0362-3.34160.19451200.153416461766100
3.3416-3.82480.15141350.140316291764100
3.8248-4.81730.13781500.128116331783100
4.8173-38.33770.17711560.15981709186599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.02760.8311-1.1964.33851.42554.3416-0.09210.63010.675-0.4145-0.0724-0.6047-0.74430.8130.11440.4486-0.17590.01240.69740.23890.566127.528516.997711.9576
21.51460.23810.29391.3219-0.11051.0677-0.06250.2389-0.1413-0.19850.0292-0.03620.0430.06750.02170.25820.01010.01550.2568-0.02560.23331.5306-3.430916.5693
32.79010.65281.28342.56671.42324.27280.0425-0.4503-0.2680.4215-0.07770.10020.3512-0.30850.03570.3056-0.01910.04370.26590.06360.2374-6.8189-11.13340.485
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 39 )A1 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 161 )A40 - 161
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 162 through 256 )A162 - 256

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る