PDB-6wqm: Crystal structure of 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate N-s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wqm

タイトル

Crystal structure of 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate N-succinyltransferase from Bartonella henselae

要素

2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / Bartonella henselae / 2 / 3 / 4 / 5-tetrahydropyridine-2 / 6-dicarboxylate N-succinyltransferase / dapD / DAP pathway / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bartonella henselae (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate N-succinyltransferase from Bartonella henselae
著者: Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2020年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年5月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wqm.cif.gz	653.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wqm.ent.gz	540.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wqm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/6wqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wq/6wqm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3eg4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3eg4-1 3bxy-1 6amy-d 2o2d-1 6ckt-1 1tdt-d 1iat-1 4n72-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BaheA.00606.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (4) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

B: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

C: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

D: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

E: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

F: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

ヘテロ分子

191 kDa, 6 ポリマー
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1

A: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

B: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

C: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
95.7 kDa, 3 ポリマー
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2

D: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

E: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

F: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.7 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	68.840, 228.220, 71.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 120.100, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 3 or (resid 4 and (name...
2	1	(chain B and (resid 3 or (resid 4 and (name...
3	1	(chain C and (resid 3 through 5 or (resid 6...
4	1	(chain D and (resid 3 or (resid 4 and (name...
5	1	(chain E and (resid 3 or (resid 4 and (name...
6	1	(chain F and (resid 3 through 11 or resid 13...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain A and (resid 3 or (resid 4 and (name...	A	A	3	3
1	2	LEU	LEU	LEU	LEU	(chain A and (resid 3 or (resid 4 and (name...	A	A	4	4
1	3	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain A and (resid 3 or (resid 4 and (name...	A	A	3 - 282	3 - 282
1	4	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain A and (resid 3 or (resid 4 and (name...	A	A	3 - 282	3 - 282
1	5	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain A and (resid 3 or (resid 4 and (name...	A	A	3 - 282	3 - 282
1	6	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain A and (resid 3 or (resid 4 and (name...	A	A	3 - 282	3 - 282
2	1	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain B and (resid 3 or (resid 4 and (name...	B	B	3	3
2	2	LEU	LEU	LEU	LEU	(chain B and (resid 3 or (resid 4 and (name...	B	B	4	4
2	3	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain B and (resid 3 or (resid 4 and (name...	B	B	3 - 281	3 - 281
2	4	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain B and (resid 3 or (resid 4 and (name...	B	B	3 - 281	3 - 281
2	5	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain B and (resid 3 or (resid 4 and (name...	B	B	3 - 281	3 - 281
2	6	ASP	ASP	ARG	ARG	(chain B and (resid 3 or (resid 4 and (name...	B	B	3 - 281	3 - 281
3	1	ASP	ASP	THR	THR	(chain C and (resid 3 through 5 or (resid 6...	C	C	3 - 5	3 - 5
3	2	GLN	GLN	GLN	GLN	(chain C and (resid 3 through 5 or (resid 6...	C	C	6	6
3	3	THR	THR	ARG	ARG	(chain C and (resid 3 through 5 or (resid 6...	C	C	2 - 281	2 - 281
4	1	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain D and (resid 3 or (resid 4 and (name...	D	D	3	3
4	2	LEU	LEU	LEU	LEU	(chain D and (resid 3 or (resid 4 and (name...	D	D	4	4
4	3	THR	THR	ASP	ASP	(chain D and (resid 3 or (resid 4 and (name...	D	D	2 - 282	2 - 282
4	4	THR	THR	ASP	ASP	(chain D and (resid 3 or (resid 4 and (name...	D	D	2 - 282	2 - 282
4	5	THR	THR	ASP	ASP	(chain D and (resid 3 or (resid 4 and (name...	D	D	2 - 282	2 - 282
4	6	THR	THR	ASP	ASP	(chain D and (resid 3 or (resid 4 and (name...	D	D	2 - 282	2 - 282
5	1	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain E and (resid 3 or (resid 4 and (name...	E	E	3	3
5	2	LEU	LEU	LEU	LEU	(chain E and (resid 3 or (resid 4 and (name...	E	E	4	4
5	3	THR	THR	CL	CL	(chain E and (resid 3 or (resid 4 and (name...	E	E - M	2 - 300	2
5	4	THR	THR	CL	CL	(chain E and (resid 3 or (resid 4 and (name...	E	E - M	2 - 300	2
5	5	THR	THR	CL	CL	(chain E and (resid 3 or (resid 4 and (name...	E	E - M	2 - 300	2
5	6	THR	THR	CL	CL	(chain E and (resid 3 or (resid 4 and (name...	E	E - M	2 - 300	2
6	1	ASP	ASP	ILE	ILE	(chain F and (resid 3 through 11 or resid 13...	F	F	3 - 11	3 - 11
6	2	LYS	LYS	ASP	ASP	(chain F and (resid 3 through 11 or resid 13...	F	F	13 - 16	13 - 16
6	3	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain F and (resid 3 through 11 or resid 13...	F	F	17	17
6	4	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain F and (resid 3 through 11 or resid 13...	F	F	3 - 282	3 - 282
6	5	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain F and (resid 3 through 11 or resid 13...	F	F	3 - 282	3 - 282
6	6	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain F and (resid 3 through 11 or resid 13...	F	F	3 - 282	3 - 282
6	7	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain F and (resid 3 through 11 or resid 13...	F	F	3 - 282	3 - 282

#1: タンパク質	2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase / Tetrahydropicolinate succinylase 分子量: 31863.631 Da / 分子数: 6 / 断片: BaheA.00606.a.AE1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア) 株: ATCC 49882 / DSM 28221 / Houston 1 / 遺伝子: dapD, BH00720 / プラスミド: BaheA.00606.a.AE1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q6G549, 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.49 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Microlytic MCSG-1 screen, condition B9: 200mM MgCl2, 20% (w/V) PEG 3350: BaheA.00606.a.AE1.PS38599 at 31.38mg/ml, cryo: 20% EG in 2 steps, tray 312827b9, puck ocl1-1

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2020年1月8日

放射

モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX HR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→46.89 Å / Num. obs: 101155 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 12.834 % / B_iso Wilson estimate: 40.945 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_rim(I) all: 0.093 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 19.06 / Num. measured all: 1298212 / Scaling rejects: 692

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.15-2.21	6.505	0.328	4.81	42440	7581	6524	0.896	0.354	86.1
2.21-2.27	7.935	0.271	6.89	56836	7382	7163	0.93	0.289	97
2.27-2.33	10.171	0.254	8.41	72815	7256	7159	0.964	0.268	98.7
2.33-2.4	11.923	0.234	9.8	82211	6984	6895	0.975	0.245	98.7
2.4-2.48	12.543	0.21	11.06	84463	6783	6734	0.981	0.219	99.3
2.48-2.57	13.182	0.191	12.47	85830	6561	6511	0.985	0.199	99.2
2.57-2.67	13.677	0.164	14.79	86261	6337	6307	0.989	0.17	99.5
2.67-2.78	14.129	0.146	17.12	86173	6122	6099	0.991	0.152	99.6
2.78-2.9	14.454	0.128	19.86	83966	5830	5809	0.993	0.133	99.6
2.9-3.04	14.578	0.109	23.75	81185	5591	5569	0.995	0.113	99.6
3.04-3.21	14.69	0.102	25.63	77812	5312	5297	0.995	0.105	99.7
3.21-3.4	14.697	0.095	27.64	73987	5055	5034	0.996	0.099	99.6
3.4-3.63	14.716	0.088	30.33	69180	4725	4701	0.996	0.091	99.5
3.63-3.93	14.675	0.083	31.91	64425	4404	4390	0.997	0.086	99.7
3.93-4.3	14.76	0.079	32.81	59865	4077	4056	0.997	0.082	99.5
4.3-4.81	14.78	0.076	33.43	53992	3672	3653	0.997	0.078	99.5
4.81-5.55	14.806	0.076	33.03	47985	3260	3241	0.998	0.078	99.4
5.55-6.8	14.864	0.075	32.26	40563	2743	2729	0.998	0.078	99.5
6.8-9.62	14.765	0.065	33.5	31361	2148	2124	0.999	0.068	98.9
9.62-46.89	14.536	0.053	34.2	16862	1190	1160	0.998	0.055	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.18rc7	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
MoRDa		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3eg4 as per MoRDa

3eg4

解像度: 2.15→46.89 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2528	1950	1.93 %	0
R_work	0.2061	-	-	-
obs	0.207	101149	98.54 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 150.84 Å² / B_iso mean: 46.8224 Å² / B_iso min: 17.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→46.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12570	0	7	624	13201
B_iso mean	-	-	35.16	39	-
残基数	-	-	-	-	1681

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	12884
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.955	17561
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.529	4557
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.061	2031
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2274

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	7115	X-RAY DIFFRACTION	9.699	TORSIONAL
1	2	B	7115	X-RAY DIFFRACTION	9.699	TORSIONAL
1	3	C	7115	X-RAY DIFFRACTION	9.699	TORSIONAL
1	4	D	7115	X-RAY DIFFRACTION	9.699	TORSIONAL
1	5	E	7115	X-RAY DIFFRACTION	9.699	TORSIONAL
1	6	F	7115	X-RAY DIFFRACTION	9.699	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.15-2.2	0.3335	167	0.2831	6093	6260	86
2.2-2.26	0.3165	150	0.2641	6936	7086	97
2.26-2.33	0.2851	163	0.2537	7118	7281	99
2.33-2.41	0.2758	181	0.2429	7046	7227	99
2.41-2.49	0.277	187	0.2354	7088	7275	100
2.49-2.59	0.3339	124	0.2414	7197	7321	100
2.59-2.71	0.3347	106	0.2441	7199	7305	100
2.71-2.85	0.3014	119	0.2453	7195	7314	100
2.85-3.03	0.3012	119	0.2264	7200	7319	100
3.03-3.26	0.2563	114	0.2279	7227	7341	100
3.26-3.59	0.2716	119	0.2132	7199	7318	100
3.59-4.11	0.2287	96	0.1841	7279	7375	100
4.11-5.18	0.1959	150	0.1584	7182	7332	100
5.18-46.89	0.1919	155	0.1656	7240	7395	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3439	-1.0281	0.7163	0.4261	0.0244	3.1873	0.2329	0.8074	-0.276	-0.0375	-0.072	-0.1914	0.2091	1.0093	-0.155	0.2474	0.0381	-0.0135	0.6604	-0.1641	0.4348	6.926	-8.0378	6.6928
2	2.9572	-0.9524	0.3192	1.8156	-0.5702	2.4602	0.0239	-0.1913	-0.5523	0.1325	0.1724	-0.0615	0.3655	0.8131	-0.1884	0.1851	0.0515	-0.0154	0.4851	-0.073	0.4335	4.2522	-10.0516	20.896
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精密化 TLSグループ

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12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 167 through 206 )	B	167 - 206
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 207 through 229 )	B	207 - 229
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 230 through 265 )	B	230 - 265
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 266 through 281 )	B	266 - 281
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 2 through 26 )	C	2 - 26
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 27 through 42 )	C	27 - 42
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 43 through 59 )	C	43 - 59
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 60 through 186 )	C	60 - 186
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 187 through 229 )	C	187 - 229
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 230 through 265 )	C	230 - 265
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 266 through 281 )	C	266 - 281
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 2 through 16 )	D	2 - 16
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 17 through 59 )	D	17 - 59
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 60 through 148 )	D	60 - 148
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 149 through 208 )	D	149 - 208
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 209 through 265 )	D	209 - 265
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 266 through 282 )	D	266 - 282
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 2 through 42 )	E	2 - 42
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 43 through 59 )	E	43 - 59
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 60 through 186 )	E	60 - 186
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 187 through 229 )	E	187 - 229
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 230 through 265 )	E	230 - 265
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 266 through 282 )	E	266 - 282
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 3 through 26 )	F	3 - 26
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 27 through 59 )	F	27 - 59
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 60 through 116 )	F	60 - 116
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 117 through 188 )	F	117 - 188
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 189 through 208 )	F	189 - 208
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 209 through 229 )	F	209 - 229
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 230 through 265 )	F	230 - 265
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 266 through 282 )	F	266 - 282

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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