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Yorodumi- PDB-6amz: Crystal structure of a domain swapped 2,3,4,5-tetrahydropyridine-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6amz | ||||||
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Title | Crystal structure of a domain swapped 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase from Acinetobacter baumannii | ||||||
Components | 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / NIAID / structural genomics / dapD / hospital-derived bacterial infection / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acinetobacter baumannii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of a domain swapped 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase from Acinetobacter baumannii Authors: Edwards, T.E. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6amz.cif.gz | 119.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6amz.ent.gz | 90 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6amz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6amz_validation.pdf.gz | 433.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6amz_full_validation.pdf.gz | 433.4 KB | Display | |
Data in XML | 6amz_validation.xml.gz | 12.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6amz_validation.cif.gz | 17.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/6amz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/6amz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3gosS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30612.654 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acinetobacter baumannii (bacteria) / Gene: dapD / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q5DL43, 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase |
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#2: Chemical | ChemComp-MRD / ( |
#3: Chemical | ChemComp-CA / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.3 Details: AcbaC.00002.a.B1.PS02398 at 23.06 mg/mL against JCSG A4 optimization screen containing 20 mM CaCl2, 38% MPD, 0.1 M sodium acetate pH 4.3, crystal tracking ID 291434c11, unique puck ID stc4-1 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 23, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→38.331 Å / Num. obs: 22813 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 8.612 % / Biso Wilson estimate: 35.71 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.047 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 29.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3gos Resolution: 2.05→38.331 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.89
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 109.31 Å2 / Biso mean: 44.8379 Å2 / Biso min: 20.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.05→38.331 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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