PDB-6amy: Crystal structure of a 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxyla...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6amy

タイトル

Crystal structure of a 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase from Acinetobacter baumannii

要素

2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / NIAID / structural genomics / dapD / hospital-derived bacterial infection / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / nucleotidyltransferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase from Acinetobacter baumannii
著者: Edwards, T.E. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

履歴

登録	2017年8月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6amy.cif.gz	301.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6amy.ent.gz	244.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6amy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6amy_validation.pdf.gz	439.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6amy_full_validation.pdf.gz	443.9 KB	表示
XML形式データ	6amy_validation.xml.gz	27.4 KB	表示
CIF形式データ	6amy_validation.cif.gz	37.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/6amy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/6amy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gosS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1tdt-d 3gos-d 6ckt-1 3eg4-1 6amz-1 1hdm-2 6wqm-1 6zlo-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: AcbaC.00002.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (4) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

B: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

C: 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

91.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.360, 83.210, 148.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase / Tetrahydropicolinate succinylase 分子量: 30612.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: dapD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5DL43, 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase / Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase / Tetrahydropicolinate succinylase

分子量: 30612.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: dapD / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5DL43, 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.01 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: AcbaC.00002.a.B1.PS02398 at 23.06 mg/mL against MCSG1 condition C12 0.1 M BisTris pH 6.5, 25% PEG 3350, crystal tracking ID 263652c12, unique puck ID tvb4-5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.85→41.946 Å / Num. obs: 19263 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.11 % / B_iso Wilson estimate: 64.1 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_rim(I) all: 0.065 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 24.34 / Num. measured all: 156216 / Scaling rejects: 0

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.85-2.92	8.318	0.526	3.97	1423	0.904	0.561	100
2.92-3	8.305	0.371	5.5	1344	0.961	0.396	100
3-3.09	8.273	0.267	7.41	1336	0.982	0.285	100
3.09-3.19	8.327	0.24	8.36	1286	0.986	0.256	100
3.19-3.29	8.258	0.186	10.75	1238	0.989	0.198	100
3.29-3.41	8.262	0.153	12.93	1212	0.992	0.163	100
3.41-3.54	8.253	0.112	16.75	1166	0.996	0.12	100
3.54-3.68	8.266	0.083	22.12	1127	0.997	0.088	100
3.68-3.84	8.155	0.067	26.75	1087	0.999	0.071	100
3.84-4.03	8.182	0.057	31.13	1060	0.998	0.061	100
4.03-4.25	8.157	0.054	33.38	990	0.999	0.057	100
4.25-4.51	8.091	0.044	39.36	935	0.999	0.047	100
4.51-4.82	8.018	0.04	43.38	884	0.999	0.042	100
4.82-5.2	7.974	0.039	42.96	846	0.999	0.042	100
5.2-5.7	7.906	0.042	41.11	764	0.999	0.045	99.9
5.7-6.37	7.842	0.04	41.1	708	0.999	0.043	100
6.37-7.36	7.794	0.035	45.77	625	0.999	0.038	100
7.36-9.01	7.574	0.028	52.65	545	0.999	0.03	100
9.01-12.75	7.17	0.027	55.16	436	0.999	0.029	100
12.75-41.946	6.183	0.027	52.86	251	0.999	0.029	93.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3gos

3gos

解像度: 2.85→41.946 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	1113	5.97 %
R_work	0.1767	-	-
obs	0.1813	18628	96.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→41.946 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5642	0	0	19	5661

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5748
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.007	7844
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.844	3366
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.063	928
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1014

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8501-2.9798	0.3943	126	0.25	2016	X-RAY DIFFRACTION	91
2.9798-3.1368	0.2784	137	0.2136	2084	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1368-3.3333	0.304	145	0.1937	2127	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3333-3.5905	0.2897	142	0.1922	2165	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5905-3.9516	0.2337	138	0.1663	2223	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9516-4.5228	0.2424	136	0.1469	2238	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5228-5.696	0.2172	135	0.1514	2288	X-RAY DIFFRACTION	100
5.696-41.9503	0.2457	154	0.19	2374	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8879	0.4808	-0.6133	2.5874	0.9789	1.856	-0.0331	0.5686	-1.0811	-0.4979	0.0587	1.2093	0.4905	-0.8675	0.2057	0.8789	-0.6025	-0.5451	0.7851	0.2661	1.2473	-26.5847	-25.4612	18.9829
2	1.8452	-0.2926	0.9766	3.4558	0.7491	2.138	-0.015	-0.5917	-0.0816	-0.1265	0.2847	0.8557	0.3909	-0.4189	-0.18	0.3803	-0.1672	0.0065	0.6996	0.2118	0.5569	-16.9882	-12.0842	30.5244
3	2.0067	-0.5634	0.6804	1.912	-2.0042	2.1117	0.2703	0.4913	-0.3136	-1.825	0.005	-0.4921	0.3867	0.2832	-0.0042	1.2198	-0.128	0.1884	0.5862	-0.0356	0.4005	-4.4257	-12.6141	9.4761
4	3.5478	-1.5715	3.7877	3.0975	-3.5208	7.0472	-0.394	-0.2684	-0.1734	-0.2213	0.2261	-0.487	-0.769	0.5497	0.0639	1.0509	0.0638	0.6011	0.8535	0.1198	0.7252	6.8817	-10.3826	9.1438
5	1.9781	-0.1334	0.3831	5.2295	-1.1641	2.4875	-0.3356	-0.3175	0.0675	0.4592	0.3365	-0.7894	-0.0878	-0.1331	0.0169	0.3293	0.0455	-0.0296	0.4878	-0.0962	0.4242	-0.363	3.0959	37.793
6	0.9266	-0.0767	-1.2841	0.5657	-1.3279	5.7368	-0.1066	0.5438	0.2185	-0.9202	0.2924	-1.1702	-0.0532	0.6083	-0.0169	0.7185	-0.2098	0.3972	0.7044	-0.0349	0.9206	6.8684	8.1323	13.827
7	0.5953	0.3009	0.0278	0.4467	-0.5623	1.1175	-0.3608	0.4168	-0.3331	-0.6615	0.4739	-0.5249	-0.0467	-0.2925	-0.3838	1.086	-0.1346	0.6707	0.6441	-0.0191	0.603	8.1975	7.2553	5.0918
8	6.834	2.5471	-2.5428	3.7698	0.8277	6.7782	0.0121	-0.3891	0.0709	0.4019	1.1543	0.821	-0.7985	-0.7239	-0.646	1.0501	0.3353	-0.337	0.7365	0.1061	1.0162	-27.8054	32.0894	27.3574
9	1.0024	-0.748	0.6428	4.0706	-1.4267	3.2518	-0.2274	-0.3272	0.1574	-0.2067	0.472	1.0554	-0.2018	-0.9968	-0.1395	0.3636	0.0952	-0.1198	0.8293	0.0923	0.8399	-26.899	16.7127	25.7563
10	1.5229	0.6972	0.8041	0.6204	0.663	0.8033	-0.0726	-0.0001	0.284	-0.1004	-0.0144	1.4928	0.0141	-0.5806	0.1935	0.327	-0.2007	-0.0522	0.9438	0.1934	1.0291	-31.2187	-0.46	25.6916
11	1.0854	-0.2642	0.048	3.4704	-0.4617	1.0042	-0.1408	-0.1426	-0.0453	-1.12	0.1661	1.0277	0.2579	-0.8799	0.0473	0.566	-0.1051	-0.2335	0.7308	0.1178	0.6	-24.5712	5.0912	17.2085
12	4.1124	-2.1919	-2.3953	3.2086	1.6666	4.952	0.1884	0.2174	0.0398	-1.756	0.1681	0.2075	0.1771	0.0961	-0.2895	1.033	-0.1785	-0.0636	0.5496	0.0511	0.5027	-15.8815	9.7951	6.7589
13	3.936	-1.1608	-1.3525	1.4616	-0.13	2.8248	0.3476	1.0363	0.2601	-1.351	-0.1223	-0.1148	-0.1325	0.2098	-0.0969	1.7402	-0.2454	0.1666	0.8507	0.0401	0.4302	-7.6428	6.3253	-3.4299

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 143 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 144 through 245 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 246 through 271 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 181 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 182 through 239 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 240 through 259 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 2 through 24 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 25 through 94 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 95 through 111 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 112 through 161 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 162 through 216 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 217 through 270 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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