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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6amo | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE (RT) TERNARY COMPLEX WITH A DOUBLE STRANDED DNA AND AN INCOMING D4TTP AT PH 7.0 | ||||||
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![]() | transferase/dna / TERNARY N SITE COMPLEX / D4T (STAVUDINE) / DNA TEMPLATE/PRIMER / CROSSLINK / VIRAL PROTEIN / viral protein-dna complex / transferase-dna complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Martinez, S.E. / Das, K. / Arnold, E. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of HIV-1 reverse transcriptase/d4TTP complex: Novel DNA cross-linking site and pH-dependent conformational changes. 著者: Martinez, S.E. / Bauman, J.D. / Das, K. / Arnold, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 932.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 766.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 78.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 107.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 64038.367 Da / 分子数: 2 / 変異: I63C, C280S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pCDF-2 Ek/LIC / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase #2: タンパク質 | 分子量: 51928.629 Da / 分子数: 2 / 変異: C879S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: isolate BH10 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pCDF-2 Ek/LIC / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P03366, RNA-directed DNA polymerase, DNA-directed DNA polymerase |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 TEPF
#3: DNA鎖 | 分子量: 8376.399 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: DNA鎖 | 分子量: 6400.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 4種, 672分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/D4T.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/D4T.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-GOL / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.94 % / 解説: PARALLELOGRAMS |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: PEG 8000, NaCl, CHES (N-Cyclohexyl-2-aminoethanesulfonic acid), TRIS (tris(hydroxymethyl)aminomethane), MgCl2, d4T triphosphate PH範囲: 9.5 - 10.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月10日 詳細: 100White beam collimating mirror, horizontally focusing monochromator using single bent triangular Si(111) crystal, vertically focusing Rh-coated Si mirror | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI (111) SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9177 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.497→50 Å / Num. obs: 111018 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 56.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.075 / Net I/av σ(I): 21.47 / Net I/σ(I): 11.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDBID 4PQU 解像度: 2.497→43.518 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.5
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 320.99 Å2 / Biso mean: 93.9048 Å2 / Biso min: 20.99 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.497→43.518 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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