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- PDB-6ako: Crystal Structure of FOXC2 DBD Bound to DBE2 DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ako
タイトルCrystal Structure of FOXC2 DBD Bound to DBE2 DNA
要素
  • DNA (5'-D(CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
  • DNA (5'-D(TP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
  • Forkhead box protein C2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / FOXC / DNA binding domain / DNA recognition / Crystal Structure / Lymphoedema distichiasis syndrome / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / paraxial mesodermal cell fate commitment / positive regulation of vascular wound healing / Formation of intermediate mesoderm / glomerular endothelium development / embryonic viscerocranium morphogenesis / Formation of the ureteric bud / lymphangiogenesis / podocyte differentiation ...apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of apoptotic process involved in outflow tract morphogenesis / paraxial mesodermal cell fate commitment / positive regulation of vascular wound healing / Formation of intermediate mesoderm / glomerular endothelium development / embryonic viscerocranium morphogenesis / Formation of the ureteric bud / lymphangiogenesis / podocyte differentiation / glomerular mesangial cell development / neural crest cell development / regulation of organ growth / metanephros development / camera-type eye development / embryonic heart tube development / collagen fibril organization / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cold-induced thermogenesis / ureteric bud development / artery morphogenesis / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / DNA-binding transcription activator activity / mesoderm development / blood vessel remodeling / anatomical structure morphogenesis / cardiac muscle cell proliferation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / somitogenesis / response to hormone / Notch signaling pathway / positive regulation of endothelial cell migration / ossification / blood vessel diameter maintenance / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / promoter-specific chromatin binding / chromatin DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / insulin receptor signaling pathway / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. ...: / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Forkhead box protein C2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.396 Å
データ登録者Chen, X. / Wei, H. / Li, J. / Liang, X. / Dai, S. / Jiang, L. / Guo, M. / Chen, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81372904 中国
National Natural Science Foundation of China81570537 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural basis for DNA recognition by FOXC2.
著者: Chen, X. / Wei, H. / Li, J. / Liang, X. / Dai, S. / Jiang, L. / Guo, M. / Qu, L. / Chen, Z. / Chen, L. / Chen, Y.
履歴
登録2018年9月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')
B: DNA (5'-D(TP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3')
C: Forkhead box protein C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1474
ポリマ－22,1233
非ポリマー241
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area10440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.540, 72.924, 99.047
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(CP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*A)-3')


分子量: 4932.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(TP*CP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*G)-3')


分子量: 4860.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Forkhead box protein C2 / Forkhead-related protein FKHL14 / Mesenchyme fork head protein 1 / MFH-1 protein / Transcription factor FKH-14


分子量: 12330.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOXC2, FKHL14, MFH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99958
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50 mM Bis-Tris propane (pH 6.68), 14% PEG4K, 200 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 1 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 85 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.587 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.396→40.97 Å / Num. obs: 11726 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 12.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04052 / Net I/σ(I): 34.65
反射 シェル解像度: 2.396→2.482 Å / Rmerge(I) obs: 0.3016 / Num. unique obs: 780 / CC1/2: 0.979

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X07

5x07


解像度: 2.396→40.97 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2503 1162 9.99 %
Rwork0.2277 --
obs0.23 11631 91.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.396→40.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数812 650 1 10 1473
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031564
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6112247
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.676819
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003180
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3963-2.50530.37591010.3423905X-RAY DIFFRACTION65
2.5053-2.63740.34631220.34741108X-RAY DIFFRACTION80
2.6374-2.80260.40941470.34991333X-RAY DIFFRACTION95
2.8026-3.01890.36431540.34471390X-RAY DIFFRACTION99
3.0189-3.32260.30551540.27411371X-RAY DIFFRACTION97
3.3226-3.80310.25691540.23271397X-RAY DIFFRACTION99
3.8031-4.79040.20851600.19771446X-RAY DIFFRACTION100
4.7904-40.97520.19711700.16851519X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7258-0.7520.2898.6502-5.25326.25950.64540.0840.65160.88260.15281.3843-3.39410.8272-0.65591.4645-0.0410.06250.93120.04210.7022-10.29995.6092-8.6848
22.2155-0.3551-1.20152.88420.97312.9438-0.6506-0.52260.36170.04540.4491-0.0126-1.94550.7060.25650.90230.0012-0.03730.7139-0.04380.6054-5.02451.27878.0135
32.2937-1.5533-1.31612.9878-1.44864.86950.7722-1.1970.35340.8613-0.39110.8488-1.03080.6639-0.34961.03560.05490.09670.9866-0.20050.674-16.71481.44522.9517
48.10353.2940.47623.6131.99427.46750.5174-0.4005-1.9574-0.02111.03571.7431-0.04780.2049-0.86631.4784-0.1685-0.04721.64850.08990.9407-18.6559-9.105930.4288
53.3825-0.39431.01343.61131.12796.52180.1423-0.33570.2718-0.12250.2925-0.7079-1.93260.9729-0.25480.9260.13280.05041.17060.00850.603-11.6898-6.2524.0024
61.3599-1.1431-1.11014.26971.20722.94770.1056-0.32460.5669-0.07940.3935-0.0641-1.67290.0865-0.31840.97140.055-0.08040.7561-0.00440.6148-8.34624.20843.1286
72.79124.1508-1.16448.31521.40587.23660.81721.4513-1.766-0.5143-1.20270.7849-1.24390.5922-0.05460.82680.0088-0.31521.723-0.06150.948-10.0827-0.3438-13.8795
83.4064-0.8370.56612.11250.56772.69750.0596-0.5941-0.68390.3718-0.0399-0.13730.07880.0542-0.11950.44690.0076-0.04140.50350.00270.4887-6.4871-16.42328.3281
93.9711-0.0026-0.17133.9623-0.09614.3460.18430.18120.70970.42770.1273-0.7195-0.7010.8179-0.19210.597-0.08220.02410.7269-0.14230.5299-3.3946-8.15812.3321
103.57051.2631-2.85351.89510.69427.30380.1682-0.16350.35220.0036-0.39760.0369-1.1722-0.620.4960.44860.0423-0.09610.73670.07170.7038-18.9685-9.95396.4513
110.9256-0.6491.13373.7245-0.05761.7347-0.5981.02790.01322.23270.3109-0.30330.3463-0.52160.92751.15420.03020.260.75520.07870.631-19.9953-19.069721.3646
122.62010.0312-0.35053.03490.6623.0353-0.09870.5052-0.3497-0.5799-0.1703-0.13580.2344-0.00570.17470.50430.0876-0.03170.8097-0.02360.5364-15.4982-15.67770.5278
136.0962-2.14150.66234.7311-0.093.0585-0.42880.8266-0.3612-0.40410.03420.6743-1.18270.55360.17070.5384-0.1573-0.11950.65120.06890.5497-8.3829-12.9786-6.6413
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 5 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 6 through 10 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 11 through 15 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 16 through 16 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 5 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 6 through 15 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 16 through 16 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 70 through 105 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 106 through 126 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 127 through 133 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 134 through 144 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 145 through 158 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 159 through 166 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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