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万見
- PDB-6ak3: Crystal structure of the human prostaglandin E receptor EP3 bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ak3
タイトルCrystal structure of the human prostaglandin E receptor EP3 bound to prostaglandin E2
要素Prostaglandin E2 receptor EP3 subtype,Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / lipid / signaling protein / prostanoid receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of gastric acid secretion / intestine smooth muscle contraction / prostaglandin E receptor activity / Prostanoid ligand receptors / cell death / positive regulation of fever generation / electron transport chain / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / nuclear envelope / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration ...negative regulation of gastric acid secretion / intestine smooth muscle contraction / prostaglandin E receptor activity / Prostanoid ligand receptors / cell death / positive regulation of fever generation / electron transport chain / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / nuclear envelope / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / periplasmic space / electron transfer activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / iron ion binding / heme binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prostanoid EP3 receptor / Prostanoid EP3 receptor, type 2 / Prostaglandin DP receptor / Prostanoid receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P2E / Chem-POV / Soluble cytochrome b562 / Prostaglandin E2 receptor EP3 subtype
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Morimoto, K. / Suno, R. / Iwata, S. / Kobayashi, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18gm0910007 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0101079 日本
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the endogenous agonist-bound prostanoid receptor EP3.
著者: Morimoto, K. / Suno, R. / Hotta, Y. / Yamashita, K. / Hirata, K. / Yamamoto, M. / Narumiya, S. / Iwata, S. / Kobayashi, T.
履歴
登録2018年8月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月12日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22018年12月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_related_exp_data_set
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Prostaglandin E2 receptor EP3 subtype,Soluble cytochrome b562
A: Prostaglandin E2 receptor EP3 subtype,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,3146
ポリマ－92,0892
非ポリマー2,2254
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area26250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.090, 42.280, 161.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Prostaglandin E2 receptor EP3 subtype,Soluble cytochrome b562 / PGE2 receptor EP3 subtype / PGE2-R / Prostanoid EP3 receptor / Cytochrome b-562


分子量: 46044.707 Da / 分子数: 2
変異: A173I,V185S,N217Q,S258D,C289L,N308Q,M1007W,R1098I,H1102I
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: PTGER3, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43115, UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-P2E / (Z)-7-[(1R,2R,3R)-3-hydroxy-2-[(E,3S)-3-hydroxyoct-1-enyl]-5-oxo-cyclopentyl]hept-5-enoic acid / Prostaglandin E2 / プロスタグランジンE2


分子量: 352.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H32O5 / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-POV / (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / POPC


分子量: 760.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / コメント: リン脂質*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: buffer A (0.1 M MES-NaOH (pH 6.0), 35 % PEG300, 400 mM Na2SO4, 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.2 mM ONO-AE3-240), buffer B (0.1 M MES-NaOH (pH 5.5-6.0), 30-40 % PEG300, 100 mM NaCl, 100 mM Li2SO4, ...詳細: buffer A (0.1 M MES-NaOH (pH 6.0), 35 % PEG300, 400 mM Na2SO4, 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.2 mM ONO-AE3-240), buffer B (0.1 M MES-NaOH (pH 5.5-6.0), 30-40 % PEG300, 100 mM NaCl, 100 mM Li2SO4, 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.2 mM ONO-AE3-240), buffer C (0.1 M MES-NaOH (pH 6.1) or 0.1 M Tris-HCl (pH 7.5-8.0), 30 % PEG500MME, 200 mM (NH4)2SO4, 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.2 mM ONO-AE3-240), buffer D (0.1 M MES-NaOH (pH 5.8-6.1), 30 % PEG300, 100 mM MgSO4, 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.2 mM ONO-AE3-240), buffer E (0.1 M MES-NaOH (pH 5.5), 30 % PEG300, 100 mM K2SO4, 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.2 mM ONO-AE3-240)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 20206 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 43.4 % / Net I/σ(I): 1.15
反射 シェル解像度: 2.9→3.08 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.9→48.377 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2952 967 4.79 %
Rwork0.2508 --
obs0.2529 20175 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.377 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4109 0 142 0 4251
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024329
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4375830
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.9242480
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035702
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003679
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-3.0530.34861290.29412695X-RAY DIFFRACTION100
3.053-3.24420.30041510.26722718X-RAY DIFFRACTION100
3.2442-3.49470.29451200.23612726X-RAY DIFFRACTION100
3.4947-3.84620.25221420.222730X-RAY DIFFRACTION100
3.8462-4.40240.29711450.22472712X-RAY DIFFRACTION100
4.4024-5.54530.29071310.25182782X-RAY DIFFRACTION100
5.5453-48.38390.30631490.27932845X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.07651.47630.20123.14330.74653.2029-0.068-0.00030.1724-0.0221-0.04630.1104-0.39980.093-0.07130.138-0.0708-0.0010.11050.05970.431665.896455.2678211.8119
23.94450.73460.49842.70740.39461.8476-0.05480.24030.7531-0.28560.05590.5763-0.3771-0.1006-0.14230.16110.0005-0.01760.22260.13610.729451.173753.8619210.6267
33.79851.17760.32151.92320.05642.24760.03230.2765-0.0673-0.04240.20050.06560.3411-0.2258-0.20330.0011-0.0946-0.11890.19430.13570.34954.773939.6636209.2063
41.0013-0.56490.25951.2816-0.8781.7124-0.02580.57-0.438-0.47330.02560.44110.3363-0.2688-0.31130.299-0.2382-0.11040.5917-0.1950.425667.539238.8477190.9427
53.41721.16920.05562.7431-0.20363.3262-0.05190.1905-0.3683-0.27940.1494-0.15970.2958-0.0641-0.13790.1886-0.112-0.02490.1528-0.15130.397380.635234.743208.8639
63.44050.87930.09342.6756-0.21991.58440.17710.0874-0.6133-0.26230.2032-0.37480.28920.1973-0.06820.13680.0346-0.02280.2155-0.12210.662295.074734.18210.3399
73.29320.73750.36261.95420.15270.9691-0.06810.1161-0.0773-0.20640.0588-0.2869-0.00460.2369-0.027-0.0012-0.1318-0.01190.3001-0.06570.352896.580747.0508210.717
83.31071.1747-0.21492.744-0.07690.50660.09860.09520.1842-0.05750.0370.0751-0.14550.0465-0.04150.0683-0.04490.05090.1225-0.01670.284988.185348.9576210.4439
91.1242-0.5864-0.7280.59670.95681.6152-0.1010.77750.5754-0.44790.0154-0.4068-0.35750.2051-0.14250.2974-0.17040.03580.57940.26880.36881.04652.2088188.5217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 47 through 124 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 125 through 226 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 227 through 346 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 347 through 1106 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 47 through 116 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 117 through 202 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 203 through 263 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 264 through 346 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 347 through 1106 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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