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- PDB-6ak2: Crystal structure of the syntenin PDZ1 domain in complex with the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ak2
タイトルCrystal structure of the syntenin PDZ1 domain in complex with the peptide inhibitor KSL-128018
要素
  • Syntenin-1
  • peptide inhibitor KSL-128018
キーワードSIGNALING PROTEIN/INHIBITOR / Signaling protein / SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RIPK1-mediated regulated necrosis / Neurofascin interactions / Regulation of necroptotic cell death / Ephrin signaling / interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / neurexin family protein binding / presynapse assembly ...RIPK1-mediated regulated necrosis / Neurofascin interactions / Regulation of necroptotic cell death / Ephrin signaling / interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / neurexin family protein binding / presynapse assembly / positive regulation of exosomal secretion / negative regulation of receptor internalization / frizzled binding / Neutrophil degranulation / growth factor binding / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / cell adhesion molecule binding / ionotropic glutamate receptor binding / ephrin receptor binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / protein sequestering activity / regulation of mitotic cell cycle / adherens junction / melanosome / presynapse / positive regulation of cell growth / nuclear membrane / Ras protein signal transduction / cytoskeleton / positive regulation of cell migration / membrane raft / protein heterodimerization activity / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.868 Å
データ登録者Jin, Z.Y. / Park, J.H. / Yun, J.H. / Haugaard-Kedstrom, L.M. / Lee, W.T.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: A High-Affinity Peptide Ligand Targeting Syntenin Inhibits Glioblastoma.
著者: Haugaard-Kedstrom, L.M. / Clemmensen, L.S. / Sereikaite, V. / Jin, Z. / Fernandes, E.F.A. / Wind, B. / Abalde-Gil, F. / Daberger, J. / Vistrup-Parry, M. / Aguilar-Morante, D. / Leblanc, R. / ...著者: Haugaard-Kedstrom, L.M. / Clemmensen, L.S. / Sereikaite, V. / Jin, Z. / Fernandes, E.F.A. / Wind, B. / Abalde-Gil, F. / Daberger, J. / Vistrup-Parry, M. / Aguilar-Morante, D. / Leblanc, R. / Egea-Jimenez, A.L. / Albrigtsen, M. / Jensen, K.E. / Jensen, T.M.T. / Ivarsson, Y. / Vincentelli, R. / Hamerlik, P. / Andersen, J.H. / Zimmermann, P. / Lee, W. / Stromgaard, K.
履歴
登録2018年8月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.12023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Syntenin-1
B: Syntenin-1
D: peptide inhibitor KSL-128018
E: peptide inhibitor KSL-128018


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4824
ポリマ－19,4824
非ポリマー00
水2,252125
1
A: Syntenin-1
D: peptide inhibitor KSL-128018


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7412
ポリマ－9,7412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5290 Å2
手法PISA
2
B: Syntenin-1
E: peptide inhibitor KSL-128018


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7412
ポリマ－9,7412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.580, 38.396, 56.777
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Syntenin-1 / Syndecan-binding protein 1


分子量: 8837.221 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 113-193 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Sdcbp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9JI92
#2: タンパク質・ペプチド peptide inhibitor KSL-128018


分子量: 904.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.23 %
結晶化温度: 289 K / 手法: batch mode
詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium Acetate Trihydrate (pH4.6), 30%Polythylene Glycol Monomethyl Ether 2,000.

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.868→30.393 Å / Num. obs: 16918 / % possible obs: 97.63 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 22.63 Å2 / Net I/σ(I): 42.88
反射 シェル解像度: 1.868→1.923 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1W9E

1w9e


解像度: 1.868→30.393 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2407 1694 10.01 %
Rwork0.2086 --
obs0.2119 16918 97.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.868→30.393 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1346 0 0 125 1471
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071362
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9061831
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.89800
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062206
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005233
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8685-1.92340.26171290.24071200X-RAY DIFFRACTION93
1.9234-1.98550.27331410.20961263X-RAY DIFFRACTION98
1.9855-2.05650.24671400.20681250X-RAY DIFFRACTION98
2.0565-2.13880.23741380.21311291X-RAY DIFFRACTION98
2.1388-2.23610.23741370.20251251X-RAY DIFFRACTION98
2.2361-2.35390.23321400.20871269X-RAY DIFFRACTION98
2.3539-2.50140.24421380.22041279X-RAY DIFFRACTION99
2.5014-2.69440.25081500.21871269X-RAY DIFFRACTION99
2.6944-2.96530.25981400.21881286X-RAY DIFFRACTION99
2.9653-3.39390.24391490.20691295X-RAY DIFFRACTION99
3.3939-4.27410.21611440.19031306X-RAY DIFFRACTION99
4.2741-30.39730.2411480.21111265X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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