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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ajc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Trypanosoma cruzi cytosolic isocitrate dehydrogenase in complex with NADP+, isocitrate and ca2+ | ||||||
要素 | Isocitrate dehydrogenase [NADP] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Trypanosoma cruzi / metabolism / isocitrate dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / tricarboxylic acid cycle / NAD binding / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X. / Inaoka, D.K. / Shiba, T. / Balogun, E.O. / Ziebart, N. / Allman, S. / Watanabe, Y. / Nozaki, T. / Boshart, M. / Bringaud, F. ...Wang, X. / Inaoka, D.K. / Shiba, T. / Balogun, E.O. / Ziebart, N. / Allman, S. / Watanabe, Y. / Nozaki, T. / Boshart, M. / Bringaud, F. / Harada, S. / Kita, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Biochemical characterization of a novel Trypanosoma brucei glycosomal isocitrate dehydrogenase with dual coenzyme specificity (NADP+/NAD+) 著者: Wang, X. / Inaoka, D.K. / Shiba, T. / Balogun, E.O. / Ziebart, N. / Allman, S. / Watanabe, Y. / Nozaki, T. / Boshart, M. / Bringaud, F. / Harada, S. / Kita, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ajc.cif.gz | 646.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ajc.ent.gz | 538.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ajc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/6ajc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/6ajc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46881.633 Da / 分子数: 8 / 変異: M1S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ) 株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053506925.319 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4E4L7, isocitrate dehydrogenase (NADP+) #2: 化合物 | ChemComp-NAP / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | ChemComp-ICT / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG 8000, 100mM imidazole/HCl pH6.5, 3% MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 126184 / % possible obs: 86.7 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / % possible all: 88.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6AJ6 解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 11.252 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.383 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.14 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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