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- PDB-6ajc: Crystal structure of Trypanosoma cruzi cytosolic isocitrate dehyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ajc
タイトルCrystal structure of Trypanosoma cruzi cytosolic isocitrate dehydrogenase in complex with NADP+, isocitrate and ca2+
要素Isocitrate dehydrogenase [NADP]
キーワードOXIDOREDUCTASE / Trypanosoma cruzi / metabolism / isocitrate dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate metabolic process / isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / tricarboxylic acid cycle / NAD binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NADP-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOCITRIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Isocitrate dehydrogenase [NADP]
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wang, X. / Inaoka, D.K. / Shiba, T. / Balogun, E.O. / Ziebart, N. / Allman, S. / Watanabe, Y. / Nozaki, T. / Boshart, M. / Bringaud, F. ...Wang, X. / Inaoka, D.K. / Shiba, T. / Balogun, E.O. / Ziebart, N. / Allman, S. / Watanabe, Y. / Nozaki, T. / Boshart, M. / Bringaud, F. / Harada, S. / Kita, K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Biochemical characterization of a novel Trypanosoma brucei glycosomal isocitrate dehydrogenase with dual coenzyme specificity (NADP+/NAD+)
著者: Wang, X. / Inaoka, D.K. / Shiba, T. / Balogun, E.O. / Ziebart, N. / Allman, S. / Watanabe, Y. / Nozaki, T. / Boshart, M. / Bringaud, F. / Harada, S. / Kita, K.
履歴
登録2018年8月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
E: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
F: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
G: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
H: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)382,85832
ポリマ－375,0538
非ポリマー7,80524
水2,180121
1
A: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
B: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7148
ポリマ－93,7632
非ポリマー1,9516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11720 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area30980 Å2
手法PISA
2
C: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
D: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7148
ポリマ－93,7632
非ポリマー1,9516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11760 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area30590 Å2
手法PISA
3
E: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
F: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7148
ポリマ－93,7632
非ポリマー1,9516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11790 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area30680 Å2
手法PISA
4
G: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
H: Isocitrate dehydrogenase [NADP]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,7148
ポリマ－93,7632
非ポリマー1,9516
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11790 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area30510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.765, 123.485, 127.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Isocitrate dehydrogenase [NADP]


分子量: 46881.633 Da / 分子数: 8 / 変異: M1S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053506925.319 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4E4L7, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-ICT / ISOCITRIC ACID / D-イソくえん酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG 8000, 100mM imidazole/HCl pH6.5, 3% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 126184 / % possible obs: 86.7 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Rmerge(I) obs: 0.734 / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / % possible all: 88.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AJ6

6aj6


解像度: 2.4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 11.252 / SU ML: 0.263 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.383 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 5493 5 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.206 104805 76.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.85 Å20 Å2-0.91 Å2
2---1.17 Å20 Å2
3---2.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26288 0 496 121 26905
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01927424
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0225920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6571.96637040
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.014359736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.30553296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.45223.8961232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.369154888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.52715160
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.23992
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0230488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.026352
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1713.81213208
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1713.81113207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.475.70816496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.475.70916497
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.113.97614216
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1093.97614214
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3785.8620544
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.33429.67230932
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.33429.67330931
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 298 -
Rwork0.243 5621 -
obs--57.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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