PDB-6air: High resolution structure of perdeuterated high-potential iron-su...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6air

タイトル

High resolution structure of perdeuterated high-potential iron-sulfur protein

要素

High-potential iron-sulfur protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / IRON-SULFUR PROTEIN / METAL-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

aerobic electron transport chain / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.85 Å

データ登録者

Hanazono, Y. / Takeda, K. / Miki, K.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2020
タイトル: Characterization of perdeuterated high-potential iron-sulfur protein with high-resolution X-ray crystallography.
著者: Hanazono, Y. / Takeda, K. / Miki, K.

履歴

登録	2018年8月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6air.cif.gz	68.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6air.ent.gz	49.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6air.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6air_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6air_full_validation.pdf.gz	446.4 KB	表示
XML形式データ	6air_validation.xml.gz	7.1 KB	表示
CIF形式データ	6air_validation.cif.gz	9.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/6air ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/6air	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6aiqC 3a39S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3s63-2 7bwh-d 2ifq-3 6q6v-2 3d4t-d 4jvr-2 1svy-d 2vph-2 2vph-3 2cx6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: High-potential iron-sulfur protein

ヘテロ分子

9.81 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.287, 58.723, 23.489
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	High-potential iron-sulfur protein / HiPIP 分子量: 8793.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌) 遺伝子: hip / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80176
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-DOD / water / 重水分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: D₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6 M d-ammonium sulfate, 0.1 M Na d-citrate pD 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.7 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.85→50 Å / Num. obs: 56756 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.1 % / R_sym value: 0.096 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 0.85→0.86 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / R_sym value: 0.356 / % possible all: 87.9

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
SHELXL	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
MOLREP	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3A39

3a39

解像度: 0.85→36.35 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1075	2844	-	Random selection
R_work	0.0962	-	-	-
obs	-	56651	99 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.85→36.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	616	0	45	109	770

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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