PDB-6aex: Crystal structure of unoccupied murine uPAR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6aex

タイトル

Crystal structure of unoccupied murine uPAR

要素

Urokinase plasminogen activator surface receptor

キーワード

CELL INVASION / uPAR / TFPDs

機能・相同性

機能・相同性情報

Attachment of GPI anchor to uPAR / Dissolution of Fibrin Clot / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / mesenchymal cell differentiation / urokinase plasminogen activator signaling pathway / regulation of plasminogen activation / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / regulation of fibrinolysis / protein complex involved in cell-matrix adhesion / serine-type endopeptidase complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.393 Å

データ登録者

Min, L. / Huang, M.

資金援助

中国, 4件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China	31370737	中国
National Natural Science Foundation of China	31400637	中国
National Natural Science Foundation of China	31570745	中国
National Natural Science Foundation of China	31670739	中国

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the unoccupied murine urokinase-type plasminogen activator receptor (uPAR) reveals a tightly packed DII-DIII unit.
著者: Liu, M. / Lin, L. / Hoyer-Hansen, G. / Ploug, M. / Li, H. / Jiang, L. / Yuan, C. / Li, J. / Huang, M.

履歴

登録	2018年8月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6aex.ent.gz	61.1 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6aex_validation.pdf.gz	774.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6aex_full_validation.pdf.gz	777.3 KB	表示
XML形式データ	6aex_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	6aex_validation.cif.gz	11.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/6aex ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/6aex	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3laqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1g2e-d 7jo7-2 4mjs-5 4dov-2 4mjs-7 1fxl-d 4kyz-3 4mjs-11 4txq-2 4pwq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#54 - 2004年6月
アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (1)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (1)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)

登録構造単位

U: Urokinase plasminogen activator surface receptor

ヘテロ分子

30.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.820, 83.820, 81.398
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質

Urokinase plasminogen activator surface receptor / uPAR

分子量: 30170.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Plaur
発現宿主:

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P35456

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.4 / 詳細: 50mM Tris.Cl, 3M NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.04 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.393→37.261 Å / Num. obs: 11915 / % possible obs: 99.74 % / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 45.5
反射シェル	解像度: 2.393→2.479 Å / R_merge(I) obs: 0.786 / Num. unique obs: 585

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LAQ

3laq

解像度: 2.393→37.261 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2445	636	5.34 %
R_work	0.1948	-	-
obs	0.1976	11910	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.393→37.261 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1220	0	14	27	1261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1270
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.011	1728
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.525	739
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	187
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	227

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3933-2.5781	0.2906	116	0.2512	2190	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5781-2.8375	0.2526	102	0.2144	2239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8375-3.2478	0.282	151	0.2165	2209	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2478-4.0911	0.2481	120	0.1865	2266	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0911-37.2656	0.2207	147	0.1778	2370	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1625	0.3286	4.595	3.4832	2.9261	6.9305	-1.5436	-1.0501	0.8048	1.5421	-1.133	-0.1137	0.4289	2.594	1.1944	1.3021	-0.2089	-0.1777	1.805	0.1313	0.9468	60.8421	27.7826	47.6551
2	1.0861	-1.5152	0.3312	3.4293	0.003	2.8436	-0.2645	-0.0764	-0.4918	-0.1886	-0.1521	0.2171	0.4077	-0.126	0.3688	0.3487	-0.0202	0.0451	0.4588	0.1018	0.3805	59.8356	26.1644	31.4866
3	8.2535	7.897	1.9004	7.5404	1.6604	4.4454	-0.1145	-1.7195	3.5115	0.5856	0.6425	-1.7157	-0.6411	1.7672	-0.3818	0.5351	-0.1219	-0.2506	1.021	-0.1515	1.1965	74.3776	32.8935	42.3537
4	1.5963	-1.8696	1.1279	6.2059	0.469	3.371	0.4646	-0.4819	-0.2597	-0.0059	-0.4551	0.4492	-0.4714	0.2273	0.2036	0.2696	-0.041	0.0205	0.512	0.0352	0.3416	65.9468	28.1845	31.196
5	7.0272	1.2797	-2.4783	1.9053	0.0806	5.6395	0.3918	-0.0878	0.7563	-0.3876	-0.9175	-0.9738	-0.3584	-0.0834	0.5373	0.5483	0.0563	-0.0781	0.7651	0.1977	0.6612	72.8168	29.367	27.5488
6	5.463	3.8664	1.1978	8.4678	-1.2462	1.1694	-1.2384	-2.3526	0.9313	-2.2574	-0.6027	0.5314	-1.2209	0.1394	0.8372	1.2609	-0.2419	-0.1215	1.4446	0.208	1.7059	74.3676	37.7751	34.3606
7	0.0697	0.1096	-0.4578	0.1755	-0.7917	3.4553	-0.0879	-1.1357	0.5641	0.2992	0.3565	-1.5098	-1.8399	1.192	-0.1505	0.6137	-0.1161	0.0207	0.801	0.0108	1.2314	78.778	32.4647	36.7488
8	2.2085	1.962	-0.834	2.8278	-0.4257	1.5158	-0.3987	-0.5768	-1.0685	-0.0234	0.1849	-0.4626	0.0926	0.3493	-0.0002	0.422	0.0956	0.0333	0.6551	0.1941	0.5517	63.9357	19.9558	37.0491
9	5.0452	0.9745	0.1268	5.6759	0.0379	8.8384	0.6506	0.5707	0.3353	-1.428	0.1546	-0.9549	-0.4203	0.7617	-0.9576	0.5647	-0.0321	0.1839	0.4128	-0.0388	0.6625	68.0949	43.8175	5.688
10	3.4668	-1.4894	0.3026	5.4216	3.2017	2.34	-0.3978	0.3533	0.6475	2.4189	0.6189	3.2775	-0.5393	-0.0108	0.0071	1.0859	0.0078	0.312	0.542	0.1575	1.0161	61.2695	51.8884	20.0068
11	6.3607	-1.1063	-2.5168	3.5907	0.5068	8.5464	-1.2188	-1.4333	0.8117	0.1979	-0.3357	0.1154	-0.7539	0.6225	0.9459	0.853	0.1498	-0.0652	0.9788	0.2014	1.6098	54.9026	50.8997	14.7584
12	3.1656	-2.8536	-3.7076	3.9981	1.9865	6.8397	-0.4614	-0.8895	-0.5424	0.2127	0.2326	-0.7124	0.283	0.7295	0.1878	0.5946	0.1131	0.1312	0.3517	0.0419	0.6901	69.0592	47.1792	7.3901
13	3.875	1.3702	-0.1082	2.0895	-2.0289	3.2507	0.1809	1.8853	-1.7071	-0.6246	0.3559	-1.4042	-0.0003	2.0395	-0.2413	0.7401	-0.0139	0.1197	1.0727	0.209	1.245	74.7095	38.0188	7.921
14	3.6972	0.4568	-1.0865	1.4644	-0.6106	6.7741	0.1386	-0.4654	0.2031	0.7654	0.1458	0.4192	-2.4651	0.4376	-0.3116	0.9752	0.0212	0.1247	0.3614	-0.0236	0.6456	63.4798	41.8606	24.6322
15	2.2782	0.8932	-2.3474	6.2866	0.7827	9.1465	-0.6409	-0.4268	0.9575	0.0131	-0.0174	0.5109	0.0861	0.8601	0.3725	0.5345	0.0377	0.028	0.3471	-0.0234	0.5539	64.5261	44.6422	19.2132
16	0.2293	-0.4295	-0.7825	0.7808	1.4323	2.555	-1.405	-1.5161	0.5031	0.9809	0.0096	-0.9594	1.051	0.2209	1.3538	0.7477	0.2752	0.0231	0.7161	0.0736	1.0501	72.613	33.4718	15.0855
17	7.6263	-0.0878	-4.7525	4.5627	-0.3054	3.6932	0.5895	-1.035	0.4548	0.2429	0.1246	0.0578	-1.2306	0.8316	-0.7399	0.3444	0.002	0.0163	0.3241	0.011	0.5153	61.6358	33.3284	30.7052
18	1.8846	0.6334	-0.2756	1.2344	-0.6375	9.78	-0.0888	0.0278	-0.1281	-0.1635	0.1498	-0.3499	0.1187	0.0044	0.1651	0.5357	0.0082	0.0613	0.324	0.0021	0.4	64.344	35.874	16.8219
19	1.9246	1.1268	-0.9521	3.3157	-0.729	3.3503	0.3692	-0.256	-0.0014	0.3126	-0.1325	0.1719	-0.6422	-0.0491	-0.2498	0.3435	0.045	0.0881	0.3397	0.0714	0.428	55.5444	33.7442	22.0691
20	5.5388	5.7384	3.8678	6.8966	5.2859	6.7126	0.8501	-0.6269	0.3141	-0.1862	-0.582	-1.6768	-0.7338	-0.4488	-0.1198	0.5206	-0.0177	0.0868	0.6007	0.0473	0.7723	61.5133	29.3915	40.0867

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain U and resid 203:209)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain U and resid 210:223)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain U and resid 224:235)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain U and resid 236:244)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain U and resid 245:250)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain U and resid 251:256)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain U and resid 257:262)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain U and resid 263:274)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain U and resid 92:98)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain U and resid 99:106)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain U and resid 107:111)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain U and resid 112:117)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain U and resid 118:122)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain U and resid 123:139)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain U and resid 140:145)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain U and resid 146:152)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain U and resid 153:162)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain U and resid 163:172)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain U and resid 173:191)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain U and resid 192:197)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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