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- PDB-1g2e: CRYSTAL STRUCTURE OF HUD AND AU-RICH ELEMENT OF THE TUMOR NECROSI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g2e
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUD AND AU-RICH ELEMENT OF THE TUMOR NECROSIS FACTOR ALPHA RNA
要素
  • 5'-R(P*UP*AP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*A)-3'
  • PARANEOPLASTIC ENCEPHALOMYELITIS ANTIGEN HUD
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / PROTEIN-RNA COMPLEX / HuD / AU-Rich Element / TUMOR NECROSIS FACTOR / TRANSCRIPTION-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / pre-mRNA intronic pyrimidine-rich binding / cerebral cortex neuron differentiation / poly(A) binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / dendrite morphogenesis / RNA processing / RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding ...positive regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / pre-mRNA intronic pyrimidine-rich binding / cerebral cortex neuron differentiation / poly(A) binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / dendrite morphogenesis / RNA processing / RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / learning / locomotory behavior / mRNA processing / growth cone / perikaryon / ribonucleoprotein complex / axon / dendrite / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HuD, RNA recognition motif 3 / Splicing factor ELAV/Hu / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily ...HuD, RNA recognition motif 3 / Splicing factor ELAV/Hu / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / ELAV-like protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wang, X. / Hall, T.M.T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structural basis for recognition of AU-rich element RNA by the HuD protein.
著者: Wang, X. / Tanaka Hall, T.M.
履歴
登録2000年10月18日登録サイト: NDB / 処理サイト: NDB
改定 1.02001年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-R(P*UP*AP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*A)-3'
A: PARANEOPLASTIC ENCEPHALOMYELITIS ANTIGEN HUD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6332
ポリマ－21,6332
非ポリマー00
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.37, 100.15, 33.27
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 106.59, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(P*UP*AP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*A)-3'


分子量: 3085.820 Da / 分子数: 1
断片: FRAGMENT OF AU-RICH ELEMENT OF THE TUMOR NECROSIS FACTOR ALPHA RNA
由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PARANEOPLASTIC ENCEPHALOMYELITIS ANTIGEN HUD


分子量: 18547.186 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL TWO RRM-DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: BRAIN / プラスミド: PPROEXHTC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P26378
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 3350, Ammonium sulfate, Calcium chloride, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2(NH4)2SO411
3CaCl211
4Tris11
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 43 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130 %(w/v)PEG33501reservoir
250 mMTris1reservoir
3200 mM1reservoirNH4Cl
410 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30.38 Å / Num. all: 8327 / Num. obs: 8327 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 31.4 Å2 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 725 / Rsym value: 0.299 / % possible all: 83.8
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.106
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FXL

1fxl


解像度: 2.3→30.38 Å / Isotropic thermal model: Isotropic RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: A final round of refinement was performed by using all data including reflections set aside for cross-validation in a "free" R-factor set. For last nucleotide A11, only the 5' phosphate group ...詳細: A final round of refinement was performed by using all data including reflections set aside for cross-validation in a "free" R-factor set. For last nucleotide A11, only the 5' phosphate group and ribose group are observed.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 516 -RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.174 8121 95.5 %-
all-8327 --
原子変位パラメータBiso mean: 25.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1304 197 0 154 1655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.28
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 6 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 25.7 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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