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- PDB-6aeb: Crystal structure of xCas9 in complex with sgRNA and target DNA (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aeb
タイトルCrystal structure of xCas9 in complex with sgRNA and target DNA (AAG PAM)
要素
  • DNA (25-MER)
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*TP*G)-3')
  • DNA Nuclease
  • RNA (95-MER)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/RNA / enzyme / DNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / : / Cas9 RuvC domain / HNH endonuclease / CRISPR-associated endonuclease Cas9 ...CRISPR-associated endonuclease Cas9, PAM-interacting domain / CRISPR-associated endonuclease Cas9, bridge helix / CRISPR-associated endonuclease Cas9, REC lobe / REC lobe of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Bridge helix of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / PAM-interacting domain of CRISPR-associated endonuclease Cas9 / : / Cas9 RuvC domain / HNH endonuclease / CRISPR-associated endonuclease Cas9 / Cas9-type HNH domain / Cas9-type HNH domain profile. / HNH nuclease / Ribonuclease H superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / CRISPR-associated endonuclease Cas9/Csn1
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.004 Å
データ登録者Guo, M. / Ren, K. / Zhu, Y. / Huang, Z.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into a high fidelity variant of SpCas9.
著者: Guo, M. / Ren, K. / Zhu, Y. / Tang, Z. / Wang, Y. / Zhang, B. / Huang, Z.
履歴
登録2018年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (95-MER)
C: DNA (25-MER)
D: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*TP*G)-3')
B: DNA Nuclease
E: RNA (95-MER)
G: DNA (25-MER)
H: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*TP*G)-3')
F: DNA Nuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)405,5448
ポリマ－405,5448
非ポリマー00
水181
1
A: RNA (95-MER)
C: DNA (25-MER)
D: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*TP*G)-3')
B: DNA Nuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,7724
ポリマ－202,7724
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18630 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area76500 Å2
手法PISA
2
E: RNA (95-MER)
G: DNA (25-MER)
H: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*TP*G)-3')
F: DNA Nuclease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,7724
ポリマ－202,7724
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18650 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area76460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)361.853, 71.130, 198.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.75, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖 RNA (95-MER)


分子量: 32269.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
#2: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 8558.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*TP*TP*G)-3')


分子量: 3405.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
#4: タンパク質 DNA Nuclease


分子量: 158538.844 Da / 分子数: 2
Mutation: D10A, A263T, R324L, S409I, E480K, E543D, M694I, H840A, E1219V
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q99ZW2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Hepes, PH 7.5, 0.2M Ammonium sulfate, 10% ispropanol, and 16% (w/v) PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 98977 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 3→3.18 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OO8

4oo8


解像度: 3.004→49.452 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.12
詳細: The data completeness is 99.3%, calculated by software XDS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2828 3793 2.01 %
Rwork0.231 --
obs0.2321 98522 97.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.004→49.452 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20820 5530 0 1 26351
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00427416
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69838278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.51415866
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0424494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033930
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0035-3.04150.47471300.43046022X-RAY DIFFRACTION86
3.0415-3.08160.44751400.40326845X-RAY DIFFRACTION97
3.0816-3.12380.39481390.38336781X-RAY DIFFRACTION97
3.1238-3.16840.38761350.36776776X-RAY DIFFRACTION97
3.1684-3.21570.44411420.34696873X-RAY DIFFRACTION98
3.2157-3.26590.3751400.32776878X-RAY DIFFRACTION98
3.2659-3.31940.38581420.31876845X-RAY DIFFRACTION98
3.3194-3.37670.45581420.30836939X-RAY DIFFRACTION98
3.3767-3.43810.31541280.29236855X-RAY DIFFRACTION98
3.4381-3.50420.32181360.27946894X-RAY DIFFRACTION98
3.5042-3.57570.32591440.26066893X-RAY DIFFRACTION98
3.5757-3.65340.28031420.25386830X-RAY DIFFRACTION99
3.6534-3.73840.32671490.25117050X-RAY DIFFRACTION99
3.7384-3.83180.33571420.24166833X-RAY DIFFRACTION99
3.8318-3.93540.32291440.23846955X-RAY DIFFRACTION99
3.9354-4.05110.29181410.23546779X-RAY DIFFRACTION98
4.0511-4.18180.28771430.2266916X-RAY DIFFRACTION97
4.1818-4.33120.27331400.2076847X-RAY DIFFRACTION99
4.3312-4.50450.27431420.19926977X-RAY DIFFRACTION99
4.5045-4.70940.24981410.20056937X-RAY DIFFRACTION99
4.7094-4.95740.27061440.19376939X-RAY DIFFRACTION99
4.9574-5.26770.22291440.19836967X-RAY DIFFRACTION99
5.2677-5.67390.27181370.20236946X-RAY DIFFRACTION99
5.6739-6.24390.24621370.22146755X-RAY DIFFRACTION96
6.2439-7.1450.25291450.20676965X-RAY DIFFRACTION99
7.145-8.99320.21881420.17336944X-RAY DIFFRACTION99
8.9932-49.45910.17521420.1656690X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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