[日本語] English
万見
- PDB-6ac0: Crystal structure of TRADD death domain GlcNAcylated by EPEC effe... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ac0
タイトルCrystal structure of TRADD death domain GlcNAcylated by EPEC effector NleB
要素Tumor necrosis factor receptor type 1-associated DEATH domain protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / apoptosis
機能・相同性
機能・相同性情報


tumor necrosis factor receptor superfamily complex / death domain binding / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / positive regulation of hair follicle development / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TNF signaling / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand ...tumor necrosis factor receptor superfamily complex / death domain binding / Defective RIPK1-mediated regulated necrosis / positive regulation of hair follicle development / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TNF signaling / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / death-inducing signaling complex / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / tumor necrosis factor receptor binding / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / canonical NF-kappaB signal transduction / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway / signaling adaptor activity / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Regulation of TNFR1 signaling / Regulation of necroptotic cell death / cytoplasmic side of plasma membrane / kinase binding / positive regulation of inflammatory response / cellular response to tumor necrosis factor / protein-macromolecule adaptor activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cytoskeleton / receptor complex / positive regulation of cell migration / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein-containing complex binding / signal transduction / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TRADD, N-terminal / TRADD / TRADD, N-terminal domain superfamily / TRADD, N-terminal domain / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor type 1-associated DEATH domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.449 Å
データ登録者Ding, J. / Shao, F.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Structural and Functional Insights into Host Death Domains Inactivation by the Bacterial Arginine GlcNAcyltransferase Effector.
著者: Ding, J. / Pan, X. / Du, L. / Yao, Q. / Xue, J. / Yao, H. / Wang, D.C. / Li, S. / Shao, F.
履歴
登録2018年7月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor receptor type 1-associated DEATH domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5462
ポリマ－13,3251
非ポリマー2211
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.600, 28.600, 264.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor type 1-associated DEATH domain protein / TNFR1-associated DEATH domain protein / TNFRSF1A-associated via death domain


分子量: 13325.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRADD / プラスミド: pGEX6p / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15628
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 1.6 M Na/KPO4, pH 6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97899 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.449→28.6 Å / Num. obs: 20061 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.449→1.53 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 2913 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OQ9

3oq9


解像度: 1.449→28.435 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2242 1022 5.1 %
Rwork0.1844 --
obs0.1864 20047 95.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.449→28.435 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数919 0 14 104 1037
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006958
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8731296
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.633374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066143
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004174
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.449-1.52540.26931520.20352694X-RAY DIFFRACTION99
1.5254-1.6210.21861440.16482750X-RAY DIFFRACTION99
1.621-1.74610.22711550.16922732X-RAY DIFFRACTION99
1.7461-1.92180.25221430.17332762X-RAY DIFFRACTION98
1.9218-2.19980.23291620.16572727X-RAY DIFFRACTION96
2.1998-2.77110.20091410.1872677X-RAY DIFFRACTION93
2.7711-28.440.22161250.19822683X-RAY DIFFRACTION85

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る