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- PDB-6a8d: Crystal Structure of Chlamydomonas reinhardtii ARF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a8d
タイトルCrystal Structure of Chlamydomonas reinhardtii ARF
要素ARF/SAR superfamily small monomeric GTP binding protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Chlamydomonas reinhardtii / ARF / ADP-ribosylation factor
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle-mediated transport / intracellular protein transport / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase ...Small GTPase superfamily, ARF type / small GTPase Arf family profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Arf
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Kumari, S. / Goel, M. / Kateriya, S. / Sharma, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
インド
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Chlamydomonas reinhardtii Arf
著者: Kumari, S. / Sharma, P. / Kateriya, S. / Goel, M.
#1: ジャーナル: J. Phycol. / 年: 2014
タイトル: Cellular organelles facilitate dimerization of a newly identified Arf from Chlamydomonas reinhardtii
著者: Ranjan, P. / Kashyap, R.S. / Goel, M. / Veetil, S.K. / Kateriya, S.
履歴
登録2018年7月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARF/SAR superfamily small monomeric GTP binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3814
ポリマ－21,8171
非ポリマー5643
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area770 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area8990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.818, 44.244, 113.481
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ARF/SAR superfamily small monomeric GTP binding protein / Arf


分子量: 21817.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: CGL49, CHLRE_12g487850v5, CHLREDRAFT_78189 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: A8ILA3
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.23 % / 解説: ROD SHAPED CRYSTAL
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG8000, 200mM Ammonium Sulphate / PH範囲: 8.0-9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→56.75 Å / Num. obs: 9681 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 10.7 % / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 1.291 / Net I/σ(I): 35.71
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / CC1/2: 0.887 / Rpim(I) all: 0.259 / Rrim(I) all: 0.734 / Χ2: 1.008 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HUR, 1RRG, 3AQ4, 5A1U

1hur

1rrg

3aq4

5a1u


解像度: 2.34→56.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 10.438 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.363 / ESU R Free: 0.257 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26563 448 4.7 %RANDOM
Rwork0.22037 ---
obs0.22251 9171 98.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 57.58 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0 Å20 Å2
2--4.48 Å20 Å2
3----3.99 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.34→56.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1410 0 34 46 1490
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0191488
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9911.9562027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.13433095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8875182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.66423.53865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.1915239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.912159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02323
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.7925.857728
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.7935.85727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.2348.766910
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.238.773911
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8516.144760
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.8576.148748
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.1099.0811099
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.73468.0031722
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.73767.8731702
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.345→2.406 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 35 -
Rwork0.322 598 -
obs--90.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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