PDB-6a24: The crystal structure of Mandelate oxidase with 3-fluoropyruvate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a24

タイトル

The crystal structure of Mandelate oxidase with 3-fluoropyruvate

要素

4-hydroxymandelate oxidase

キーワード

FLAVOPROTEIN / FMN-dependent oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxymandelate oxidase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, oxygen as acceptor / vancomycin biosynthetic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amycolatopsis orientalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.39 Å

データ登録者

Li, T.L. / Lin, K.H.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structural and chemical trapping of flavin-oxide intermediates reveals substrate-directed reaction multiplicity.
著者: Lin, K.H. / Lyu, S.Y. / Yeh, H.W. / Li, Y.S. / Hsu, N.S. / Huang, C.M. / Wang, Y.L. / Shih, H.W. / Wang, Z.C. / Wu, C.J. / Li, T.L.

履歴

登録	2018年6月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_close_contact Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2
改定 2.1	2023年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a24.cif.gz	94 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a24.ent.gz	67.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a24.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/6a24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/6a24	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zztC 6a01C 6a0bC 6a1bC 6a1nC 6a1wC 6a36C 6a3dC 6a4gC 6a4hC 7bsrC 3sgzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ai7-1 2nzl-2 6gmc-1 5zzs-1 6a1w-1 6a1b-1 2rdw-1 6a0d-1 6a1p-1 6a21-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (2) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
162 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.096, 138.096, 111.203
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	4-hydroxymandelate oxidase 分子量: 40045.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis orientalis (バクテリア) 遺伝子: hmo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O52792, 4-hydroxymandelate oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸分子量: 88.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃
#4: 化合物	ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド分子量: 18.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 35% Tascimate, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.39→30 Å / Num. obs: 106950 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 41.2
反射シェル	解像度: 1.39→1.44 Å / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 10574 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SGZ

3sgz

解像度: 1.39→28.09 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.55

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1927	5125	4.98 %
R_work	0.1787	-	-
obs	0.1794	102876	96.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.39→28.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2636	0	38	347	3021

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2804
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.233	3835
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.116	1019
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	444
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	504

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3899-1.4057	0.2908	94	0.2454	1945	X-RAY DIFFRACTION	58
1.4057-1.4222	0.2686	127	0.2379	2307	X-RAY DIFFRACTION	69
1.4222-1.4396	0.2499	148	0.2315	2589	X-RAY DIFFRACTION	78
1.4396-1.4578	0.2736	157	0.2347	2878	X-RAY DIFFRACTION	86
1.4578-1.477	0.23	146	0.2321	3186	X-RAY DIFFRACTION	94
1.477-1.4972	0.2165	145	0.2282	3326	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4972-1.5186	0.244	165	0.2283	3358	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5186-1.5412	0.2345	155	0.2211	3397	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5412-1.5653	0.25	176	0.2121	3341	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5653-1.591	0.2089	183	0.2089	3351	X-RAY DIFFRACTION	100
1.591-1.6184	0.2153	163	0.2066	3370	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6184-1.6478	0.2145	174	0.2015	3375	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6478-1.6795	0.2305	193	0.1989	3356	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6795-1.7138	0.2267	161	0.1957	3366	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7138-1.7511	0.2142	201	0.1956	3354	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7511-1.7918	0.2093	182	0.1885	3377	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7918-1.8366	0.1788	171	0.1922	3370	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8366-1.8862	0.1931	177	0.1841	3384	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8862-1.9417	0.2096	179	0.188	3388	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9417-2.0044	0.1808	178	0.1842	3389	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0044-2.076	0.2013	189	0.1829	3357	X-RAY DIFFRACTION	100
2.076-2.1591	0.2086	188	0.174	3401	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1591-2.2573	0.195	195	0.1685	3368	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2573-2.3763	0.1972	181	0.1697	3404	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3763-2.5251	0.1754	172	0.1796	3411	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5251-2.7199	0.1862	178	0.1729	3431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7199-2.9933	0.2125	184	0.1759	3416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9933-3.4258	0.1799	183	0.1631	3459	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4258-4.3136	0.1377	162	0.1464	3512	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3136-28.0959	0.174	218	0.1616	3585	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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