+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6a01 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The crystal structure of Mandelate oxidase Y128F with 3,3-difluoro-2,2-dihydroxy-3-phenylpropionic acid | ||||||
![]() | 4-hydroxymandelate oxidase | ||||||
![]() | FLAVOPROTEIN / FMN-dependent oxidase | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4-hydroxymandelate oxidase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, oxygen as acceptor / vancomycin biosynthetic process / lactate oxidation / fatty acid alpha-oxidation / L-lactate dehydrogenase activity / peroxisome / FMN binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, T.L. / Lin, K.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and chemical trapping of flavin-oxide intermediates reveals substrate-directed reaction multiplicity. 著者: Lin, K.H. / Lyu, S.Y. / Yeh, H.W. / Li, Y.S. / Hsu, N.S. / Huang, C.M. / Wang, Y.L. / Shih, H.W. / Wang, Z.C. / Wu, C.J. / Li, T.L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 64.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 770.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 772.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5zztC ![]() 6a0bC ![]() 6a1bC ![]() 6a1nC ![]() 6a1wC ![]() 6a24C ![]() 6a36C ![]() 6a3dC ![]() 6a4gC ![]() 6a4hC ![]() 7bsrC ![]() 3sgzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40029.562 Da / 分子数: 1 / 変異: Y128F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: hmo / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 化合物 | ChemComp-9NO / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.85 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 35% Tascimate, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 44882 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 27.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.777 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4415 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3SGZ 解像度: 1.868→28.145 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.17
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.868→28.145 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|