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万見
- PDB-3sgz: High resolution crystal structure of rat long chain hydroxy acid ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sgz
タイトルHigh resolution crystal structure of rat long chain hydroxy acid oxidase in complex with the inhibitor 4-carboxy-5-[(4-chiorophenyl)sulfanyl]-1, 2, 3-thiadiazole.
要素Hydroxyacid oxidase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / FLAVOPROTEIN / HOMOLOGY / LONG CHAIN HYDROXY ACID OXIDASE / INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mandelate metabolic process / Peroxisomal lipid metabolism / Peroxisomal protein import / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / (S)-2-hydroxy-acid oxidase activity / fatty acid oxidation / peroxisomal matrix / peroxisome / FMN binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Alpha-hydroxy acid dehydrogenase, FMN-dependent / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase, active site / FMN hydroxy acid dehydrogenase domain / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenases active site. / FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase domain profile. / FMN-dependent dehydrogenase / FMN-dependent dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Chem-HO6 / 2-Hydroxyacid oxidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Chen, Z. / Vignaud, C. / Jaafar, A. / Gueritte, F. / Guenard, D. / Lederer, F. / Mathews, F.S.
引用
ジャーナル: Biochimie / 年: 2012
タイトル: High resolution crystal structure of rat long chain hydroxy acid oxidase in complex with the inhibitor 4-carboxy-5-[(4-chlorophenyl)sulfanyl]-1, 2, 3-thiadiazole. Implications for ...タイトル: High resolution crystal structure of rat long chain hydroxy acid oxidase in complex with the inhibitor 4-carboxy-5-[(4-chlorophenyl)sulfanyl]-1, 2, 3-thiadiazole. Implications for inhibitor specificity and drug design.
著者: Chen, Z.W. / Vignaud, C. / Jaafar, A. / Levy, B. / Gueritte, F. / Guenard, D. / Lederer, F. / Mathews, F.S.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Crystal structure analysis of recombinant rat kidney long-chain hydroxy acid oxidase
著者: Cunane, L.M. / Barton, J.D. / Chen, Z. / Diep Le, K.H. / Lederer, F. / Mathews, F.S.
履歴
登録2011年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxyacid oxidase 2
B: Hydroxyacid oxidase 2
C: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,3039
ポリマ－117,1773
非ポリマー2,1266
水19,8891104
1
A: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子

A: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,07112
ポリマ－156,2364
非ポリマー2,8358
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area14860 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area47660 Å2
手法PISA
2
B: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子

B: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子

B: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子

B: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,07112
ポリマ－156,2364
非ポリマー2,8358
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,-x,z1
Buried area15000 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area46540 Å2
手法PISA
3
C: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子

C: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子

C: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子

C: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,07112
ポリマ－156,2364
非ポリマー2,8358
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z1
Buried area14810 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area47450 Å2
手法PISA
4
A: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,14124
ポリマ－312,4728
非ポリマー5,66916
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area35080 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area89950 Å2
手法PISA
5
B: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子

B: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子

B: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子

B: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子

C: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子

C: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子

C: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子

C: Hydroxyacid oxidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,14124
ポリマ－312,4728
非ポリマー5,66916
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_645-x+1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,-x,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_645y+1,-x-1,z1
Buried area34910 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area88900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.450, 108.450, 491.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

-
要素

#1: タンパク質 Hydroxyacid oxidase 2 / HAOX2 / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / peroxisomal / Long chain alpha-hydroxy acid oxidase / Long- ...HAOX2 / (S)-2-hydroxy-acid oxidase / peroxisomal / Long chain alpha-hydroxy acid oxidase / Long-chain L-2-hydroxy acid oxidase


分子量: 39058.988 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Hao2, Hao3, Haox2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07523, (S)-2-hydroxy-acid oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-HO6 / 5-[(4-methylphenyl)sulfanyl]-1,2,3-thiadiazole-4-carboxylic acid / 4-carboxy-5-[(4-chlorophenyl)sulfanyl]-1, 2, 3-thiadiazole


分子量: 252.313 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8N2O2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.15 %
結晶化温度: 295 K / pH: 6.5
詳細: 2.8M NaCl and 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月18日
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→40 Å / Num. obs: 311329 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 13.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 26.6
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREPfrom ccp4位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1TB3

1tb3


解像度: 1.35→39.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 342133.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 15480 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.185 311329 98.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.16 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→39.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7814 0 141 1104 9059
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.43 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 2373 4.9 %
Rwork0.289 45811 -
obs--91.8 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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