PDB-6a1n: Mandelate oxidase mutant-Y128F with (2R,3S)-3-fluoro-2-hydroxy-3-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a1n

タイトル

Mandelate oxidase mutant-Y128F with (2R,3S)-3-fluoro-2-hydroxy-3-phenylpropanoic acid

要素

4-hydroxymandelate oxidase

キーワード

FLAVOPROTEIN / FMN-dependent oxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

4-hydroxymandelate oxidase / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, oxygen as acceptor / vancomycin biosynthetic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amycolatopsis orientalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.421 Å

データ登録者

Li, T.L. / Lin, K.H.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Structural and chemical trapping of flavin-oxide intermediates reveals substrate-directed reaction multiplicity.
著者: Lin, K.H. / Lyu, S.Y. / Yeh, H.W. / Li, Y.S. / Hsu, N.S. / Huang, C.M. / Wang, Y.L. / Shih, H.W. / Wang, Z.C. / Wu, C.J. / Li, T.L.

履歴

登録	2018年6月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a1n.cif.gz	94.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a1n.ent.gz	68.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a1n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/6a1n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/6a1n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zztC 6a01C 6a0bC 6a1bC 6a1wC 6a24C 6a36C 6a3dC 6a4gC 6a4hC 7bsrC 3sgzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6a0g-1 6a21-1 5zbm-1 6a01-1 6a1l-1 6a3t-1 6a1w-1 6a39-1 6a13-1 5zzy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

40.9 kDa, 1 ポリマー
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1

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

A: 4-hydroxymandelate oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
164 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	138.156, 138.156, 111.838
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質	4-hydroxymandelate oxidase 分子量: 40029.562 Da / 分子数: 1 / 変異: Y128F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis orientalis (バクテリア) 遺伝子: hmo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O52792, 4-hydroxymandelate oxidase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-9O6 / (2R,3S)-3-fluoro-2-hydroxy-3-phenylpropanoic acid 分子量: 184.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₉FO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 404 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 35% Tascimate, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→30 Å / Num. obs: 100805 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.8 % / R_merge(I) obs: 0.046 / R_pim(I) all: 0.021 / Χ²: 0.961 / Net I/σ(I): 35.4
反射シェル	解像度: 1.42→1.47 Å / 冗長度: 11.3 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 9981 / CC_1/2: 0.839 / R_pim(I) all: 0.3 / Χ²: 0.755 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	(1.11.1_2575)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SGZ

3sgz

解像度: 1.421→30 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.59

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1869	4871	4.99 %
R_work	0.169	-	-
obs	0.1699	97561	96.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.421→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2474	0	63	404	2941

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	2727
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.421	3734
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.769	1500
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.115	429
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	490

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4209-1.437	0.2287	95	0.2179	2046	X-RAY DIFFRACTION	64
1.437-1.4539	0.249	101	0.2242	2312	X-RAY DIFFRACTION	73
1.4539-1.4717	0.2365	130	0.2225	2604	X-RAY DIFFRACTION	82
1.4717-1.4903	0.2412	143	0.2207	2822	X-RAY DIFFRACTION	90
1.4903-1.5099	0.2532	160	0.2145	3028	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5099-1.5306	0.2656	189	0.2281	3114	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5306-1.5525	0.2369	174	0.2051	3134	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5525-1.5756	0.2151	165	0.2002	3186	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5756-1.6002	0.2368	133	0.1936	3207	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6002-1.6265	0.2308	183	0.1916	3125	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6265-1.6545	0.2108	177	0.1873	3169	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6545-1.6846	0.1929	177	0.1831	3171	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6846-1.717	0.1982	181	0.1813	3153	X-RAY DIFFRACTION	100
1.717-1.752	0.217	160	0.1831	3177	X-RAY DIFFRACTION	100
1.752-1.7901	0.19	156	0.1809	3193	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7901-1.8318	0.1928	174	0.1841	3184	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8318-1.8776	0.1977	160	0.1783	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8776-1.9283	0.1821	139	0.1823	3197	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9283-1.985	0.2006	160	0.1683	3186	X-RAY DIFFRACTION	100
1.985-2.0491	0.1831	166	0.1686	3207	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0491-2.1223	0.1728	178	0.1681	3197	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1223-2.2073	0.1708	170	0.1636	3189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2073-2.3077	0.1771	181	0.1619	3176	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3077-2.4293	0.1979	155	0.168	3233	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4293-2.5814	0.2047	189	0.1692	3177	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5814-2.7805	0.1813	165	0.1629	3236	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7805-3.06	0.1671	159	0.1626	3256	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.5021	0.1595	192	0.1469	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5021-4.4095	0.1664	183	0.1364	3266	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4095-28.1455	0.175	176	0.1677	3339	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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