PDB-6a1s: Charcot-Leyden crystal protein/Galectin-10 variant E33A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6a1s

タイトル

Charcot-Leyden crystal protein/Galectin-10 variant E33A

要素

Galectin-10

キーワード

PROTEIN BINDING / Charcot-Leyden crystal protein/Galectin-10

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of activated T cell proliferation / regulation of T cell cytokine production / T cell apoptotic process / regulation of T cell anergy / cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / carbohydrate binding / collagen-containing extracellular matrix / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Su, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2019
タイトル: Identification of key amino acid residues determining ligand binding specificity, homodimerization and cellular distribution of human galectin-10
著者: Su, J. / Song, C. / Si, Y. / Cui, L. / Yang, T. / Li, Y. / Wang, H. / Tai, G. / Zhou, Y.

履歴

登録	2018年6月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6a1s.cif.gz	47.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6a1s.ent.gz	32.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6a1s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/6a1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a1/6a1s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6a1tC 6a1uC 6a1vC 6a1xC 6a1yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1lcl-1 5xrk-1 2989 5xrh-1 5xrm-1 5xrp-1 5xrn-1 4exl-4 5zt9-1 5zt7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-10

16.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Galectin-10

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
33.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.929, 48.929, 261.549
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-259- HOH
2	1	A-330- HOH

#1: タンパク質	Galectin-10 / Gal-10 / Charcot-Leyden crystal protein 分子量: 16696.072 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-142 / 変異: E33A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05315
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bistris

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→19.64 Å / Num. obs: 24150 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 18.8 % / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 1.63→1.66 Å

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (1.13_2998: ???) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.63→19.637 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.87 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2019	1999	8.29 %
R_work	0.169	-	-
obs	0.1716	24112	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 54.77 Å² / B_iso mean: 15.1298 Å² / B_iso min: 5.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.63→19.637 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1125	0	0	254	1379
B_iso mean	-	-	-	26.56	-
残基数	-	-	-	-	141

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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