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- PDB-6a1c: Crystal structure of the CK2a1-go289 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6a1c
タイトルCrystal structure of the CK2a1-go289 complex
要素Casein kinase II subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / CK2a1 / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Maturation of hRSV A proteins / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Signal transduction by L1 / peptidyl-threonine phosphorylation / Hsp90 protein binding / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / rhythmic process / kinase activity / positive regulation of cell growth / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / cell cycle / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Casein Kinase 2, subunit alpha / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9NX / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Kinoshita, T. / Tsuyuguchi, M.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Cell-based screen identifies a new potent and highly selective CK2 inhibitor for modulation of circadian rhythms and cancer cell growth.
著者: Oshima, T. / Niwa, Y. / Kuwata, K. / Srivastava, A. / Hyoda, T. / Tsuchiya, Y. / Kumagai, M. / Tsuyuguchi, M. / Tamaru, T. / Sugiyama, A. / Ono, N. / Zolboot, N. / Aikawa, Y. / Oishi, S. / ...著者: Oshima, T. / Niwa, Y. / Kuwata, K. / Srivastava, A. / Hyoda, T. / Tsuchiya, Y. / Kumagai, M. / Tsuyuguchi, M. / Tamaru, T. / Sugiyama, A. / Ono, N. / Zolboot, N. / Aikawa, Y. / Oishi, S. / Nonami, A. / Arai, F. / Hagihara, S. / Yamaguchi, J. / Tama, F. / Kunisaki, Y. / Yagita, K. / Ikeda, M. / Kinoshita, T. / Kay, S.A. / Itami, K. / Hirota, T.
履歴
登録2018年6月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,53429
ポリマ－40,4781
非ポリマー2,05628
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5630 Å2
ΔGint74 kcal/mol
Surface area15540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.657, 78.831, 79.403
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha / CK II alpha


分子量: 40478.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-9NX / 5-bromanyl-2-methoxy-4-[(E)-(3-methylsulfanyl-5-phenyl-1,2,4-triazol-4-yl)iminomethyl]phenol


分子量: 419.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15BrN4O2S
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.41 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ethyleneglycol

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→55.95 Å / Num. obs: 37267 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 30.6
反射 シェル解像度: 1.68→1.71 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3war

3war


解像度: 1.68→55.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.409 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19627 1839 4.9 %RANDOM
Rwork0.13751 ---
obs0.14042 35376 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 23.406 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.63 Å20 Å2-0 Å2
2---1.37 Å2-0 Å2
3---2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.68→55.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2817 0 130 186 3133
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0193001
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022875
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9211.974006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92436582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6015335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.06523.057157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.92315515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4371526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0511.0621337
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0521.0621336
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4391.5991670
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4381.5991671
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3161.5451664
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2961.5451664
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5592.142336
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.88110.8873583
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.85610.8333576
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.20335876
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.536585
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.16255926
LS精密化 シェル解像度: 1.683→1.727 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 149 -
Rwork0.142 2463 -
obs--95.29 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.6302 Å / Origin y: 10.5032 Å / Origin z: 17.8378 Å
111213212223313233
T0.0095 Å20.0062 Å20.0031 Å2-0.0259 Å20.0059 Å2--0.0144 Å2
L1.8321 °20.3561 °2-0.4668 °2-1.1628 °2-0.1739 °2--0.7048 °2
S0.0454 Å °0.0111 Å °0.1466 Å °-0.0252 Å °0.0135 Å °0.0703 Å °-0.0213 Å °-0.0486 Å °-0.0589 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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