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- PDB-2pvm: Structure-Based Design of Pyrazolo[1,5-a][1,3,5]triazine Derivati... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2pvm | ||||||
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Title | Structure-Based Design of Pyrazolo[1,5-a][1,3,5]triazine Derivatives as Potent Inhibitors of Protein Kinase CK2 | ||||||
![]() | Casein kinase II subunit alpha | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Structure-Based Drug Design / Enzyme-Inhibitor Complex / Casein Kinase II / Protein Kinase CK2 | ||||||
Function / homology | ![]() protein kinase CK2 complex / regulation of cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nie, Z. / Perretta, C. / Erickson, P. / Margosiak, S. / Almassy, R. / Lu, J. / Averill, A. / Yager, K.M. / Chu, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure-based design, synthesis, and study of pyrazolo[1,5-a][1,3,5]triazine derivatives as potent inhibitors of protein kinase CK2. Authors: Nie, Z. / Perretta, C. / Erickson, P. / Margosiak, S. / Almassy, R. / Lu, J. / Averill, A. / Yager, K.M. / Chu, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 90.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 65.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2pvhC ![]() 2pvjC ![]() 2pvkC ![]() 2pvlC ![]() 2pvnC ![]() 1om1S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 41450.465 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: V256A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P28523, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: Chemical | ChemComp-P29 / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 46.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 12% PEG 4000, 0.10M Sodium Acetate, 0.10M TrisHCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 113 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Sep 23, 2005 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: OSMIC CONFOCAL MAX-FLUX MIRRORS / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. all: 25306 / Num. obs: 25306 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.052 / Net I/σ(I): 22.2 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 2495 / Χ2: 1.039 / % possible all: 99.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 1OM1 PROTEIN MODEL Resolution: 2→50 Å / FOM work R set: 0.866 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Displacement parameters | Biso mean: 22.896 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 48
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