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- PDB-6l23: Crystal structure of CK2a1 V116I with hematein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l23
タイトルCrystal structure of CK2a1 V116I with hematein
要素Casein kinase II subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / protein kinase / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphorylation and nuclear translocation of BMAL1 (ARNTL) and CLOCK / protein kinase CK2 complex / positive regulation of aggrephagy / regulation of chromosome separation / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Phosphorylation and nuclear translocation of the CRY:PER:kinase complex / Regulation of CDH1 posttranslational processing and trafficking to plasma membrane / Receptor Mediated Mitophagy ...Phosphorylation and nuclear translocation of BMAL1 (ARNTL) and CLOCK / protein kinase CK2 complex / positive regulation of aggrephagy / regulation of chromosome separation / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Phosphorylation and nuclear translocation of the CRY:PER:kinase complex / Regulation of CDH1 posttranslational processing and trafficking to plasma membrane / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / rhythmic process / Signal transduction by L1 / Hsp90 protein binding / peptidyl-serine phosphorylation / PML body / kinase activity / SPOP-mediated proteasomal degradation of PD-L1(CD274) / Regulation of PTEN stability and activity / double-strand break repair / positive regulation of protein catabolic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / positive regulation of cell growth / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / protein folding / heterochromatin formation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / regulation of cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / protein stabilization / negative regulation of translation / apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / DNA damage response / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / signal transduction / DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E3U / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9744942746 Å
データ登録者Tsuyuguchi, M. / Kinoshita, T.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Structural insights for producing CK2 alpha 1-specific inhibitors.
著者: Tsuyuguchi, M. / Nakaniwa, T. / Hirasawa, A. / Nakanishi, I. / Kinoshita, T.
履歴
登録2019年10月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,35111
ポリマ－40,4921
非ポリマー85910
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint28 kcal/mol
Surface area16180 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)51.861, 79.021, 79.775
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha / CK II alpha


分子量: 40492.219 Da / 分子数: 1 / 変異: V116I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-E3U / (6aR)-3,4,6a,10-tetrakis(oxidanyl)-6,7-dihydroindeno[2,1-c]chromen-9-one


分子量: 300.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.9 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 23632 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 18.5570689193 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 50.3
反射 シェル解像度: 1.97→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.65 / Num. unique obs: 2214

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692+SVN精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WAR

3war


解像度: 1.9744942746→38.0945946612 Å / SU ML: 0.174841527513 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3518212696 / 位相誤差: 21.660456986
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228733919588 1212 5.14060313017 %
Rwork0.179110694155 --
obs0.181669755913 23577 99.586061246 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.9822130972 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9744942746→38.0945946612 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2845 0 30 117 2992
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007579551974022981
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.109888695394025
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451705550116408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00477692708643509
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.86976746351117
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9745-2.05350.2462142681791170.1714035913492417X-RAY DIFFRACTION97.762345679
2.0535-2.1470.2567297189291450.1628455771812436X-RAY DIFFRACTION100
2.147-2.26020.221224461461450.1635240371852455X-RAY DIFFRACTION100
2.2602-2.40180.2617790112011280.1764067872472445X-RAY DIFFRACTION100
2.4018-2.58720.2212363228211390.1755759310332471X-RAY DIFFRACTION100
2.5872-2.84740.2340406194211260.1843058726922499X-RAY DIFFRACTION100
2.8474-3.25930.2328463309541460.1862769608572495X-RAY DIFFRACTION100
3.2593-4.10560.2049296523011310.17317757482530X-RAY DIFFRACTION100
4.1056-38.090.225632824781350.1919046354742617X-RAY DIFFRACTION98.5673352436

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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