[日本語] English
万見
- PDB-5zys: Structure of Nephrin/MAGI1 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zys
タイトルStructure of Nephrin/MAGI1 complex
要素
  • Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1
  • Nephrin
キーワードCELL ADHESION / Slit diaphragm / Nephrotic syndrome / MAGI1- Nephrin complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell-cell adhesion / alpha-actinin binding / bicellular tight junction / cell projection / adherens junction / cell-cell junction / nucleolus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding ...positive regulation of cell-cell adhesion / alpha-actinin binding / bicellular tight junction / cell projection / adherens junction / cell-cell junction / nucleolus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Unstructured region on MAGI / Unstructured region on MAGI / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / WW domain ...Unstructured region on MAGI / Unstructured region on MAGI / Guanylate kinase, conserved site / Guanylate kinase-like signature. / Guanylate kinase-like domain profile. / Guanylate kinase-like domain / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / PDZ domain / Pdz3 Domain / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Weng, Z.F. / Shng, Y. / Zhu, J.W. / Zhang, R.G.
引用ジャーナル: J. Am. Soc. Nephrol. / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Highly Specific Interaction between Nephrin and MAGI1 in Slit Diaphragm Assembly and Signaling.
著者: Weng, Z. / Shang, Y. / Ji, Z. / Ye, F. / Lin, L. / Zhang, R. / Zhu, J.
履歴
登録2018年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年12月11日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / diffrn ...atom_site / diffrn / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / refine / refine_hist / refine_ls_shell / reflns / software / struct_sheet_range
Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.formula_weight ..._diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.overall_FOM_work_R_set / _refine.pdbx_R_Free_selection_details / _refine.pdbx_method_to_determine_struct / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _reflns.pdbx_number_measured_all / _software.classification / _software.name / _software.version / _struct_sheet_range.end_auth_comp_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_comp_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
解説: Sequence discrepancy
詳細: there is one residue mismatch the nephrin sequence. So we replaced the previous sequence (LPFELPGHLV) with the real sequence (LPFELRGHLV) used in the crystal experiment.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1
B: Nephrin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7582
ポリマ－11,7582
非ポリマー00
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area5710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.731, 93.731, 93.731
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1011-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Membrane-associated guanylate kinase, WW and PDZ domain-containing protein 1 / BAI1-associated protein 1 / BAP-1 / Membrane-associated guanylate kinase inverted 1 / MAGI-1


分子量: 10576.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Magi1, Baiap1, Bap1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6RHR9
#2: タンパク質・ペプチド Nephrin


分子量: 1182.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.5M sodium chloride , 0.01M magnesium chloride hexahydrate , 0.01Mhexadecyltrimethylammonium bromide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 13086 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 18.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.754 / Net I/σ(I): 6.2 / Num. measured all: 51381
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.78-1.813.60.1726830.9520.1020.2020.56799.9
1.81-1.8440.1676310.9620.0930.1920.58399.2
1.84-1.884.10.1656580.960.0910.1890.67499.1
1.88-1.9240.1436480.9750.0790.1640.72298.5
1.92-1.963.90.1326560.9750.0740.1530.67598.9
1.96-23.90.1276390.9680.0720.1470.71398.9
2-2.053.70.1146700.9750.0650.1320.73999.4
2.05-2.113.80.1026490.9870.0570.1170.77299.8
2.11-2.1740.16510.9810.0550.1150.78999.5
2.17-2.2440.0926630.9820.0510.1060.74499.4
2.24-2.3240.0896770.9820.0490.1020.77799.1
2.32-2.423.90.0856260.9870.0470.0980.79497.4
2.42-2.533.70.0786640.9880.0450.0910.68998.5
2.53-2.6640.0756460.9860.0410.0860.70199.5
2.66-2.8340.0736680.9880.0380.0820.71398.7
2.83-3.0440.0676600.9920.0350.0760.80897.9
3.04-3.353.80.0626340.9910.0340.0710.80996.1
3.35-3.834.10.0576550.9910.030.0650.92697.2
3.83-4.8340.0576400.9930.030.0650.97693.7
4.83-5040.0576680.9940.030.0640.87592.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
d*TREKデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.78→46.865 Å / FOM work R set: 0.8774 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 19.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2044 639 4.88 %RANDOM
Rwork0.1812 12444 --
obs0.1822 13083 98.12 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.85 Å2 / Biso mean: 22.74 Å2 / Biso min: 9.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→46.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数773 0 0 88 861
Biso mean---30.97 -
残基数----100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006784
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1731063
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038118
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.579285
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.78-1.9170.22291290.1858249099
1.917-2.110.1971130.1726250099
2.11-2.41530.20631660.1791245199
2.4153-3.04290.19561240.1872251499
3.0429-46.8650.20691070.1803248995

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る