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- PDB-5zyq: The Structure of Human PAF1/CTR9 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zyq
タイトルThe Structure of Human PAF1/CTR9 complex
要素RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog,RNA polymerase II-associated factor 1 homolog
キーワードTRANSCRIPTION / Complex / TPR
機能・相同性
機能・相同性情報


blastocyst growth / inner cell mass cell differentiation / Cdc73/Paf1 complex / endodermal cell fate commitment / negative regulation of myeloid cell differentiation / blastocyst hatching / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / trophectodermal cell differentiation / mRNA 3'-end processing / negative regulation of gene expression, epigenetic ...blastocyst growth / inner cell mass cell differentiation / Cdc73/Paf1 complex / endodermal cell fate commitment / negative regulation of myeloid cell differentiation / blastocyst hatching / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / trophectodermal cell differentiation / mRNA 3'-end processing / negative regulation of gene expression, epigenetic / stem cell population maintenance / interleukin-6-mediated signaling pathway / RNA polymerase II complex binding / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / protein localization to nucleus / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / SH2 domain binding / transcription elongation by RNA polymerase II / euchromatin / fibrillar center / Wnt signaling pathway / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / cellular response to lipopolysaccharide / nuclear speck / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase-associated protein Ctr9 / RNA polymerase II associated factor Paf1 / Paf1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog / RNA polymerase II-associated factor 1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.531 Å
データ登録者Xie, Y. / Zheng, M. / Zhou, H. / Long, J.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2014CB910201 中国
National Natural Science Foundation of China31470755 中国
National Natural Science Foundation of China31670758 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Paf1 and Ctr9 subcomplex formation is essential for Paf1 complex assembly and functional regulation.
著者: Xie, Y. / Zheng, M. / Chu, X. / Chen, Y. / Xu, H. / Wang, J. / Zhou, H. / Long, J.
履歴
登録2018年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog,RNA polymerase II-associated factor 1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3741
ポリマ－36,3741
非ポリマー00
水1,856103
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, immunoprecipitation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14960 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)82.415, 82.415, 145.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase-associated protein CTR9 homolog,RNA polymerase II-associated factor 1 homolog / SH2 domain-binding protein 1 / hPAF1 / Pancreatic differentiation protein 2


分子量: 36374.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fusion protein of residues 1-249 from protein (UNP Q6PD62) and residues 57-116 from PAF1 (RNA polymerase II-associated factor 1 homolog, UNP Q8N7H5)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTR9, KIAA0155, SH2BP1, PAF1, PD2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6PD62, UniProt: Q8N7H5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.67 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, 27.5% PEG 400, 6.875% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→50 Å / Num. obs: 17813 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / Rpim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 28.9
反射 シェル解像度: 2.53→2.57 Å / Num. unique obs: 964 / Rpim(I) all: 0.208

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155_000)精密化
HKL-2000v714データ削減
HKL-2000v714データスケーリング
PHENIX(1.10_2155_000)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.531→41.207 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 863 4.84 %
Rwork0.2018 --
obs0.2037 17813 92.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.531→41.207 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2276 0 0 103 2379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092313
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0783122
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5831426
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055353
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5305-2.6890.2402810.21961859X-RAY DIFFRACTION61
2.689-2.89660.29931400.24332868X-RAY DIFFRACTION95
2.8966-3.1880.24811580.23483032X-RAY DIFFRACTION100
3.188-3.6490.30241430.22413038X-RAY DIFFRACTION100
3.649-4.59650.2261670.1793040X-RAY DIFFRACTION100
4.5965-41.21290.19791740.17373113X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.1453 Å / Origin y: 34.1302 Å / Origin z: 78.6203 Å
111213212223313233
T0.6318 Å20.3887 Å20.0602 Å2-0.2548 Å2-0.0512 Å2--0.1723 Å2
L0.9518 °20.0466 °2-0.7318 °2-1.4349 °20.1613 °2--1.2768 °2
S0.0658 Å °0.0176 Å °-0.3587 Å °-0.0602 Å °-0.2367 Å °-0.3618 Å °0.5155 Å °0.6413 Å °-0.189 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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