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- PDB-5zte: Crystal structure of PrxA C119S mutant from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zte
タイトルCrystal structure of PrxA C119S mutant from Arabidopsis thaliana
要素2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
キーワードOXIDOREDUCTASE / Arabidopsis thaliana / redox regulation / chloroplast thioredoxin systems / oxidative and photo-oxidative stress.
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin activity / stromule / salicylic acid binding / peroxiredoxin activity / apoplast / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / chloroplast envelope / thylakoid / chloroplast stroma / response to cold ...thioredoxin-dependent peroxiredoxin activity / stromule / salicylic acid binding / peroxiredoxin activity / apoplast / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / chloroplast envelope / thylakoid / chloroplast stroma / response to cold / cell redox homeostasis / chloroplast / peroxidase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily ...: / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Yang, Y. / Cai, W. / Wang, J. / Pan, W. / Liu, L. / Wang, M. / Zhang, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of Arabidopsis thaliana peroxiredoxin A C119S mutant.
著者: Yang, Y. / Cai, W. / Wang, J. / Pan, W. / Liu, L. / Wang, M. / Zhang, M.
履歴
登録2018年5月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity / struct
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.formula_weight / _struct.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
B: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
C: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
D: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
E: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
F: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
G: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
H: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
I: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
J: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,06010
ポリマ－229,06010
非ポリマー00
水9,188510
1
A: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
B: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
C: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
D: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
E: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic

A: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
B: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
C: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
D: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
E: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,06010
ポリマ－229,06010
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area27480 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area73720 Å2
手法PISA
2
F: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
G: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
H: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
I: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
J: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic

F: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
G: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
H: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
I: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic
J: 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,06010
ポリマ－229,06010
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area26520 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area72900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.212, 216.189, 98.449
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.470, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11F-345-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resid 73 through 259)
21(chain B and resid 73 through 259)
31(chain C and resid 73 through 259)
41(chain D and resid 73 through 259)
51(chain E and resid 73 through 259)
61(chain F and resid 73 through 259)
71chain G
81(chain H and resid 73 through 259)
91(chain I and resid 73 through 259)
101(chain J and resid 73 through 259)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Auth seq-ID: 73 - 259 / Label seq-ID: 2 - 188

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1(chain A and resid 73 through 259)AA
2(chain B and resid 73 through 259)BB
3(chain C and resid 73 through 259)CC
4(chain D and resid 73 through 259)DD
5(chain E and resid 73 through 259)EE
6(chain F and resid 73 through 259)FF
7chain GGG
8(chain H and resid 73 through 259)HH
9(chain I and resid 73 through 259)II
10(chain J and resid 73 through 259)JJ

-
要素

#1: タンパク質
2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic / 2-Cys peroxiredoxin A / Thiol-specific antioxidant protein A


分子量: 22905.967 Da / 分子数: 10 / 変異: C119S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: BAS1, At3g11630, F24K9.28, T19F11.3 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q96291, peroxiredoxin
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 510 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.24 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 26%(w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 74467 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 40.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.148 / Χ2: 0.982 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.693.40.97272810.6620.5891.1420.93294.1
2.69-2.83.40.73772400.7790.4490.8670.92293.9
2.8-2.933.50.51269240.8850.3080.6010.93589.3
2.93-3.083.80.35375740.9450.2050.4090.96397.5
3.08-3.283.80.26976430.9670.1550.3111.01198.3
3.28-3.533.90.17676180.9830.1010.2031.02698.5
3.53-3.883.80.12776360.9890.0740.1471.0498.4
3.88-4.453.70.08372740.9950.0490.0960.98293.4
4.45-5.640.06876810.9960.0390.0790.97299.1
5.6-503.70.05175960.9980.0290.0591.00996.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QPM

3qpm


解像度: 2.6→40.744 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 3762 5.06 %
Rwork0.196 --
obs0.1985 74312 95.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 114.47 Å2 / Biso mean: 39.7711 Å2 / Biso min: 17.58 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→40.744 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15320 0 0 510 15830
Biso mean---39.02 -
残基数----1939
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00615682
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81421223
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0542358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062722
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6449355
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A9162X-RAY DIFFRACTION9.836TORSIONAL
12B9162X-RAY DIFFRACTION9.836TORSIONAL
13C9162X-RAY DIFFRACTION9.836TORSIONAL
14D9162X-RAY DIFFRACTION9.836TORSIONAL
15E9162X-RAY DIFFRACTION9.836TORSIONAL
16F9162X-RAY DIFFRACTION9.836TORSIONAL
17G9162X-RAY DIFFRACTION9.836TORSIONAL
18H9162X-RAY DIFFRACTION9.836TORSIONAL
19I9162X-RAY DIFFRACTION9.836TORSIONAL
110J9162X-RAY DIFFRACTION9.836TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6004-2.63330.32861520.30242377252989
2.6333-2.6680.35241550.2982508266393
2.668-2.70450.37011320.28792603273595
2.7045-2.74320.33921210.29082539266093
2.7432-2.78410.34061130.28962606271995
2.7841-2.82760.34111270.26812565269293
2.8276-2.87390.29441390.25662335247487
2.8739-2.92350.2961200.25872426254689
2.9235-2.97660.32931280.24092704283297
2.9766-3.03390.28071350.2272695283098
3.0339-3.09580.29851330.21852650278397
3.0958-3.16310.24461290.22212705283498
3.1631-3.23660.29491540.2142637279198
3.2366-3.31750.29341740.20512666284098
3.3175-3.40720.27181550.19472689284498
3.4072-3.50740.24591530.19912678283199
3.5074-3.62050.24961340.19072706284099
3.6205-3.74980.24931460.18732705285198
3.7498-3.89980.23391570.17632657281498
3.8998-4.07720.19641410.15752659280097
4.0772-4.29190.19271080.15812403251187
4.2919-4.56050.18971190.14812680279998
4.5605-4.91210.19451450.14392739288499
4.9121-5.40540.17891570.16272738289599
5.4054-6.18520.23981430.18542703284699
6.1852-7.78380.2241520.19942650280297
7.7838-40.74890.17691400.16382527266791

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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